可惜生物節律學沒有實驗證明，其理論也沒有準確的科學表述，因此受到質疑。反對者認為這是壹種正宗的命理學(使用出生日期、姓名等各種數字。來推斷人的性格和命運，並預測未來)和壹些基礎數學，而且是既定的偽科學。美國佩斯大學心理學教授特倫斯·海恩(Terence Hayne)曾在權威學術期刊《心理學報告》(Psychological Report)上發表論文，指出生物節律理論的不足之處:
1.節奏曲線的隨機性；
2.3周期中23、28、33天的隨機性；
3.基於軼事而不是實驗；
4.對人的行為進行不恰當的量化和概括；
5.缺乏理論的準確表達；
6.沒有重復性(重復性是規律性的體現，重復性原則可以說是實證科學中最重要的原則之壹)。
除了質疑三種節律，人們還質疑這些節律是否具有時間相關性。比如女性月經不受激素調節，就會不穩定，這是無法提前幾個月預測的。但是生物節律理論沒有提到任何相關因素，卻得出這個規律不變的結論，這是值得懷疑的。