本辦法所稱基本農田，是指根據壹定時期城市人口和社會經濟發展對農產品的需求以及土地利用總體規劃，不允許占用的耕地。第四條市、縣(市、區)人民政府負責本行政區域內的耕地保護工作。
市、縣(市、區)國土資源部門負責本行政區域內的耕地保護管理工作。
農業部門負責耕地質量監測、新增耕地地力評價等與耕地質量相關的工作。
環保、林業、水利等部門應當按照各自職責，做好耕地保護工作。第五條耕地保護堅持總量控制、占補平衡、利用與維護相結合、生態治理與保護相統壹的原則。第六條生產建設活動應當集約節約用地，科學挖潛，不占或者少占耕地。第二章耕地日常保護第七條耕地保護實行目標責任制。
市、縣(市、區)、鄉(鎮)人民政府(街道辦事處)應當逐級簽訂耕地保護目標責任書。目標責任書的內容包括:
(壹)耕地數量；
(二)基本農田保護區；
(三)新增耕地面積；
(4)其他內容。
鄉(鎮)人民政府(街道辦事處)應當與農村集體經濟組織簽訂耕地保護目標責任書。目標責任書包括:
(壹)耕地數量；
(二)基本農田保護區；
(3)其他內容。第八條耕地保護實行責任目標考核制度。市人民政府定期組織國土資源、農業等部門對縣(市、區)人民政府的耕地保護工作進行考核，對在耕地保護工作中做出顯著成績的單位和個人給予獎勵。第九條國土資源部門應當會同農業部門建立耕地質量等級定期調查評價制度，劃定基本農田保護區，設立保護標誌，實行特殊保護。
基本農田壹經劃定，未經法定程序，任何單位和個人不得改變或者占用。第十條各級人民政府應當增加基本農田建設投入，維護灌排設施，加強耕地質量管理和農業環境保護，發展生態農業，綜合整治農田、水、路、林、村，提高耕地質量。第十壹條土地承包經營者應當使用有機肥，提高土壤肥力，防止土地汙染。第十二條生產建設活動中因挖損、塌陷、侵占等破壞耕地的，生產建設單位和個人應當依法復墾。
有條件復墾的，縣(市、區)國土資源部門應當會同農業、林業、環保等部門對復墾土地進行驗收。驗收合格後，交付農村集體經濟組織。
不具備復墾條件的，應當繳納土地復墾費。土地復墾費專項用於土地復墾。第十三條生產建設活動依法批準占用基本農田的，建設單位應當予以剝離並重新利用。第十四條任何單位和個人不得向耕地排放不符合國家環境保護標準的廢水、固體廢物等汙染物。第三章耕地占補平衡第十五條經依法批準的非農業建設占用耕地的，占用單位應當開墾同等數量和質量的耕地。沒有條件復墾的，應當依法繳納土地復墾費。土地復墾費專項用於土地復墾。
土地復墾費按被占用土地前三年平均年產值的法定倍數收取；占用基本農田的，按照法定最高價值倍數征收；使用易地耕地占補平衡指標的，按照指標交易價格收取。
易地耕地占補平衡指標的使用應當依法申報和批準。第十六條依法批準的非農建設占用基本農田，縣(市、區)人民政府應當根據占用的數量和質量進行補充規劃。本行政區域內不具備補充規劃條件的，應當依法申請易地有償補充規劃。第十七條縣(市、區)人民政府應當對提供平衡指標的鄉(鎮)人民政府和農村集體經濟組織給予補償。第十八條補充耕地責任單位按照下列規定確認:
(壹)批撥城市建設用地，由市、縣(市、區)人民政府負責；
(二)涉及的農村集體經濟組織負責村莊和集鎮的批量建設用地；
(三)建設單位負責建設項目的選址。第四章農村土地整理第十九條農村土地整理應當符合土地利用總體規劃和土地整理規劃，尊重農民意願，保障農民權益，保護和改善生態環境。第二十條農村土地整理包括:
(壹)耕地和基本農田整治與建設；
(2)農村建設用地整治；
(三)開墾因生產建設活動破壞的土地；
(四)因歷史遺留問題和自然災害破壞的土地復墾；
(五)未利用土地的開發；
(六)土地整理的其他情形。