秦始皇覺得確實是這樣。如果允許有舊思想的人到處傳播舊制度，那真的會妨礙他的統治。於是他決定接受李斯的建議，下令燒毀書籍。焚書的具體方法是:除了那些有關醫藥、占蔔、種樹的書籍外，凡是秦史家沒有記載，但政府沒有收藏的《詩經》、《尚書》和《百家爭鳴》的書籍，都要在命令下達後三十天內交給地方官焚燒。今後，凡私自談論古籍內容者，將被判死刑；凡是借古論今攻擊時政的，壹律全家處死。如果官員對此壹無所知，他將被判處同樣的罪行。
焚書令發出後，各郡官員立即嚴格遵照命令，挨家挨戶收集書籍。在很短的時間內，秦國以外幾乎所有的史書和包含百家學術思想的書籍都被燒毀。秦朝以前的許多史實和學術著作，自此失傳。這是秦始皇毀滅中國文化的壹大暴行。
秦始皇下令焚書，讓很多學者非常反感。不僅觀念陳舊的人反對秦始皇的暴行，就連宮廷裏的壹些博士也在暗暗討論，秦始皇做了太多破壞文化的事。
焚書第二年，也就是公元前212年，有兩個方士，侯生和魯生，向秦始皇要長生不老藥，暗地裏說:“秦始皇很殘忍，自信心太強。他用殘酷的刑罰統治世界，他不相信任何人。他不得不自己決定壹切大事小事。對於像他這樣渴望權力的人，我們最好不要為他求仙丹。”他們兩個帶著從秦始皇那裏得到的錢偷偷溜走了。
秦始皇聽說書生在背後說他壞話，侯生和魯生居然逃了出來。他非常生氣，決定嚴厲懲罰他們。於是秦始皇下令讓神醫調查那些在背後誹謗他的文人。被逮捕審問的人受不了這種殘酷的懲罰。為了開脫自己，他們和其他人壹個個爬上爬下，查出460多名方士和儒生有嫌疑。秦始皇壹怒之下，沒有核實，就讓人在鹹陽城外挖了壹個大坑，把他們都活埋了。其實這460多人，大部分都是帶著怨氣死去的。
秦始皇焚書坑儒，目的是統壹思想，壓制那些反對中央集權的思想和言論，但他的焚書不僅摧毀了秦以前長期積累的文化財富；坑了儒家，害死了很多精神財富的創造者。從此以後，秦朝朝廷中真正有學問的人大大減少，而專門欺上瞞下的漢奸，如趙等，逐漸成為秦始皇身邊的重要人物，秦朝開始走向衰落。