出獄後，他擔任秘書，繼續憤然著書，終於完成了《史記》的寫作。人們稱他的書為《太史公書》。它是中國第壹部傳記通史，對後世史學影響深遠。《史記》是壹部語言生動、形象逼真的優秀文學作品。司馬遷還寫了壹本書《報任安》，描述了他的牢獄之災和著書立說的雄心壯誌，為歷代所稱道。
司馬遷是中國歷史上偉大的歷史學家。“他因為直言不諱的建議而被監禁，但他因此更加憤怒。他寫的《史記》，古今中外著名的歷史學家，為中國人民和世界人民留下了寶貴的文化遺產。壹個，繼父，當歷史學家。
司馬遷，字子長，漢景帝，五年(公元前145年)生於龍門山腳下(今陜西省韓城縣)。
元豐三年(公元前108年)，司馬遷繼承父親司馬談的遺誌，入仕，開始從皇家圖書館中整理、挑選歷史典籍。司馬遷祖上並不十分顯赫，家族世代掌管太史公位。但司馬遷和他的父親卻以此為榮。在他們心目中，編撰歷史是壹項崇高的事業。他們為此奉獻了壹生。
司馬談壹直準備寫壹本連接過去和現在的歷史書。在父親的直接指導下，司馬遷十歲開始學習古代漢語。後來跟董仲舒學《春秋》，跟孔安國學《尚書》。司馬遷學習刻苦，進步很快，很有學習精神。
司馬遷的父親臨終時，拉著兒子的手，流著淚對他說:“...我死後，妳必須繼續做壹個太師。別忘了我畢生的願望是寫壹部通史。妳壹定要繼承我的事業，別忘了！”這壹語重心長的囑托極大地震動了司馬遷。他看到了父親作為歷史學家難得的使命感和責任感，也知道父親把未竟的事業寄托在了自己身上。司馬遷含淚低下頭，悲傷而堅定地回答:“兒子，雖然我沒有什麽才華，但我壹定會完成妳的心願。”
司馬遷立太史令後，有機會閱讀外界看不到的書籍和重要資料。這為他日後寫史記提供了良好的條件。但是，數據整理工作非常復雜。由於當時的書籍和國家檔案比較混亂，甚至沒有目錄可以查閱，司馬遷不得不從大量的木簡、帛書中尋找線索，對史料進行整理和考證。幾年來，司馬遷絞盡腦汁，下了很大功夫，幾乎每天都埋頭整理和考證史料。
司馬遷壹直銘記父親的遺誌，決心效仿孔子編纂《春秋》，寫出壹部同樣可以永垂不朽的歷史著作。公元前104年，司馬遷主持了歷法的修訂，同時正式開始撰寫他的巨著《史記》上篇。
第二，被閹割的真理
天漢二年(公元前99年)，司馬遷在壹心壹意寫史記的同時，遇到了意想不到的麻煩，就是醴陵事件。
這年夏天，漢武帝派他最喜歡的的弟弟，二司將軍李廣利率部討伐匈奴，另派李廣的孫子李陵陪同李廣利護送輜重。李廣引五千士卒出居延，獨深入稷山，苦受單於。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵殺了壹萬多匈奴，卻因為得不到主力的支援，彈藥耗盡，不幸被俘。
李陵戰敗的消息傳到長安後，武帝希望他能死。後來聽說他投降了，怒不可遏。滿清的文武百官看著，聽著。前幾天還誇李陵勇敢，現在又附和武帝，指責李陵罪惡。漢武帝向太師征求司馬遷的意見。司馬遷壹方面安慰武帝，另壹方面又痛恨那些見風使舵的大臣，竭力為李陵辯護。他認為李陵平時對母親孝順，對朋友忠貞，對人謙恭有禮，對軍人忠誠，經常不顧壹切為國家急用擔憂，是壹個國士的榜樣。司馬遷痛恨那些只知道保護自己和家人的大臣。現在他們看到李陵入侵不利，就盲目落井下石打人，誇大罪名。他對漢武帝說:“李陵只帶領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺敵眾多，立下了汗馬功勞。在沒有援軍，沒有彈藥和食物，走投無路的情況下，我們仍然奮勇殺敵。就連古代有名的軍人都這麽厲害。李陵本人雖然失敗了，但是殺了不少匈奴人，足以名滿天下。他之所以不死，而是投降匈奴，壹定是想找個合適的機會報答漢家。”
司馬遷的意思似乎是二師大將李光禮沒有盡到責任。他直言不諱的言論激怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺遠征失敗而歸的李廣利，下令將司馬遷投入監獄。
司馬遷入獄後，此案落到了當時惡名昭彰的酷吏杜周手裏。杜周對司馬遷嚴刑拷打，司馬遷忍受著各種殘酷的肉體和精神折磨。面對殘暴的官員，他從不屈服，也不招供。司馬遷在獄中不斷自問:“這是我的罪嗎？這是我的罪過嗎？”我是朝臣，不能發表意見。“不久，謠傳李陵率領匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，草率地殺了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因為這件事被判了死刑。
根據漢代刑法規定，減少死刑有兩種方式:壹是以50萬元賠罪，二是以“貪汙罪”論處。司馬遷官家窮，當然出不起這麽多錢贖罪。腐敗不僅殘酷地摧殘人的身體和精神，而且極大地侮辱人格。司馬遷當然不想忍受這樣的懲罰，他甚至在悲痛中想到了自殺。但後來他認為人總是要死的，只是“死重於泰山或輕於鴻毛”，死亡的意義就不壹樣了。他覺得如果自己就這樣“死在法律面前”，如果壹頭牛少了壹根頭發，那就壹文不值了。他想到了孔子、屈原、左丘明、孫臏，想到了他們的屈辱，想到了他們的驕人業績。司馬遷頓時覺得渾身充滿了力量，他毅然選擇了貪汙。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，但此時他已經沒有了怨恨和恐懼。他只有壹個信念，就是壹定要活下去，完成《史記》。“如果壹天九次住在腸內，就會突然死亡，但出去就不知道去哪裏了。”每次想到自己的恥辱，就覺得汗流浹背，背上沾著衣服。“就是因為他沒有完成史記，才忍辱負重的活了下來。
第三，發狠寫史書
司馬遷從元豐三年(公元前108年)後開始閱讀、整理史料、準備寫作，到太史公四年(公元前93年)基本完成所有寫作計劃，歷時十六年。這是他用全部的生命精力、心血、巨大的身心痛苦寫成的偉大作品，始終閃耀著光輝。
全書包括傳記十二部、世家三十家、列傳七十部、表十部、書八部、* * *五個部分，約52.6萬余。