原來，他在諸葛誕造反時，曾聯系過吳棟，派歷史悠久的吳剛帶著兒子諸葛瑾去吳棟做人質，請求幫助。雖然諸葛誕戰敗被殺，也被司馬昭滅族，但他的兒子諸葛瑾留在東吳救了他壹命。諸葛亮在東吳也得到了重用，任右將軍、副軍師，後成為大司馬。
諸葛亮在吳棟期間，跟隨丁奉攻打合淝，但以失敗告終。279年，晉武帝司馬燕率軍攻克東吳，諸葛亮奉命與東吳丞相張炎領兵，結果慘敗。諸葛瑾帶領數百人逃走。在路上，他遇到了張贊，並邀請他壹起離開，但張贊拒絕了。最後，他們分別落淚。東吳滅亡後，諸葛亮不見了，引起了壹個人的註意。
這個人就是司馬燕，西晉開國皇帝，司馬昭的兒子。司馬燕不想殺諸葛瑾，但是想見他。原來兩人是青梅竹馬！司馬懿在世的時候，娶了諸葛誕的兒女公婆，讓三兒子司馬周娶了諸葛誕的女兒諸葛瑾的妹妹。司馬燕和諸葛亮從小就認識，關系很好。東吳滅亡後，司馬燕知道諸葛亮壹定在她姐姐家。
於是，司馬燕來到狼邪王宓，想要見諸葛瑾。沒想到，諸葛瑾聞訊後避之不及，跑去廁所。司馬燕還不滿足，還追著他到廁所，說:“沒想到今天會遇到妳。妳還記得當年竹馬的恩情嗎？”諸葛亮回答說:“真可惜，我不能畫我的臉，再看我的臉！”後來晉武帝想加諸葛亮為輔佐，被拒絕了。"他拒絕禮拜，回到了村子裏。"
當諸葛誕被司馬昭殺死後，由於這個原因，諸葛瑾“從來不上朝”。西晉滅亡後，諸葛亮家族迎來了輝煌時刻。317年，邪王司馬睿在建康稱帝，建立了東晉王朝。司馬睿是司馬懿的曾孫。同時，他還有壹層身份。他是諸葛誕的玄孫，也就是說，諸葛瑾是司馬睿的叔祖。當然，這個時候諸葛瑾已經去世了，但是他的兒子還活著。