百家爭鳴的思想與秦始皇的統治相抗衡，嚴重阻礙了秦始皇統壹六國人民的思想。213之前，李四勸愚者“進則不誠，出則流言，自以為非主，異勢高，引群謗”。李斯還向秦始皇提出了焚燒古籍的三點建議:①除季芹、醫藥、占蔔、農經、哲人等歷史古籍外，應交由官府限期銷毀。30天內不上交的，處以鯨刑和苦役4年；(2)凡談“詩”“書”者，判死刑，非今者，斬盡殺絕，官不報者，同罪處理；(3)願學法者，當以官為師。秦始皇批準了李斯的建議。後來為了統壹前六國人民的思想，到處燒書。在不到壹個月的時間裏，除了季芹以外的六國史書，藏在民間的詩詞歌賦，中國秦朝以前的古典文獻，全部化為灰燼。只剩下秦國皇家圖書館的藏書。這壹事件在歷史上被稱為“焚書”。
燒書開始後的第二年，又發生了“坑儒”事件。秦始皇在秦國首都鹹陽坑殺了460多個術士。
秦始皇非常迷信煉丹術和方士，認為他們可以為自己找到神仙和真人，尋求長生不老藥。侯生和魯生這兩個方士看中了秦始皇，極力聲稱自己與神有聯系，因此可以得到壹種奇藥。但時間久了，他們的承諾和各種奇談怪論總是無效，騙局即將被揭穿。秦律規定:“不可兩面，不可考，死也。”於是，侯生和魯生合謀逃跑。出逃前，兩人散步，說秦始皇剛愎自用，是個專職獄卒。秦始皇知道這件事後，大怒，下令拷打鹹陽460多名方士，以尋找侯生和呂生。後來，所有相關的460名煉金術士都被殺死了。這壹事件常與後世焚書並列，統稱為“焚書坑儒”。但究其原因，所謂的坑儒，不過是被對方坑殺而已。當然不能說被殺的460多人中沒有儒生，都是方士，但從他們的代表可以推斷，被殺的主體應該是方士，但也有儒生被殺。
秦始皇除了在鹹陽殺了460多人，還下令壹批人向北方邊境移動。事情發生後，秦始皇長子傅肅為術士求情。秦始皇不僅沒有緩解他的憤怒，還把傅肅流放鹹陽，北扁的宋智慧被秦始皇下令殺了九族。史稱“伐宋調，殺九族”。
“焚書坑儒”壹直是秦始皇殘暴的證據，是中國歷史上極其殘暴的事件。目的是打擊死灰復燃的舊貴族政治思想，加強意識形態統治，但後果極其嚴重和深遠。雖然維護了秦朝的統治，但也加速了其政權的滅亡。不僅大量先秦文獻和古籍被焚毀，給中國文化造成巨大損失，而且對春秋末期以來壹直大力發展的自由思想精神造成致命打擊。