在朱元璋征戰期間，李善長為他出謀劃策，並為他精心挑選叛逃者。在此期間，郭子興壹度因流言蜚語而對朱元璋產生懷疑，於是他試圖說服李善長站到自己壹邊。但李善長不為所動，於是朱元璋對他越來越信任和依賴。朱元璋召王武後，李善長被封為右郭襄。朱元璋正式稱帝後，開國功臣李善長成了韓國男。而且朱元璋還兩次授予李善長免死權，而他的兒子則被授予免死特權。
隨著權力和地位的提升，李善長日益驕橫，因此經常以稍微得罪他的官員的罪名起訴朱元璋。起初朱元璋對李善長很是保護，但時間久了，漸漸生出反感。在李善長被看重的同時，他的家族也得到了提升。其中，李善長的弟弟被提升為太仆寺丞，李善長的兒子被推舉為徐。
洪武十三年，明朝爆發了“胡案”。這件事是從胡開始的，他也是明朝的開國功臣之壹，曾經當過宰相。洪武十二年，胡因為不報占城國來朝貢的消息，對朱元璋大發雷霆，然後這件事就牽扯到了別的事情。隨著事情的逐漸發酵，塗傑和出來報告胡的陰謀。朱元璋對這壹系列事件非常憤怒，下令將胡處死。當時有多達3萬人參與此事。
三萬多人的生命並沒有徹底終結這壹事件。時隔多年，洪武十八年，“胡案”再次興風作浪。首先，父子被舉報為胡的黨羽。李存義父子確實與胡關系密切，而胡的侄女是兒子的妻子。但這壹告密事件很快在朱元璋的免死聖旨下告壹段落，李存義父子並未因此獲罪，只是被安置在崇明。次年，隨著林憲獄案的調查，胡與日本的交往被揭露。
大約兩年後，明朝的海藍將軍在沙漠探險時俘虜了壹個叫的人，這個人和胡有壹腿。然而李善長始終沒有把這件事告訴朱元璋，這件事兩年後才上報。而在此事被報道之前，父子又因為胡再次被捕受審。他們在審訊後的供詞中提到，他們曾在胡的要求下勸說李善長參加叛亂，但李善長不同意。
這些事件的曝光導致朝鮮許多朝臣寫信彈劾李善長。他們認為，李善長並沒有參與胡的謀反計劃，但他在知道胡意圖謀反的情況下並沒有將此事告訴朱元璋，因此也是壹大失誤。這些彈劾無疑將李善長推上了風口浪尖，而這時候正巧星象變了，占星占蔔結果說，即將到來的災難應該降臨到大臣們身上。在這種情況下，朱元璋總是下令將李善長及其家人斬首。