從發展的角度看，除了當前的糧食種業，中國的糧食安全還面臨著同樣需要高度重視的五大挑戰性矛盾:
壹是糧食種植面積難以保證。
在現有基礎設施和技術條件下，中國糧食供給能力的穩定必須有基本糧食種植面積支撐。然而，在現實中，中國在維持現有糧食種植面積方面面臨著不可避免的現實困難，主要原因有三個。壹個是耕地的“非農化”很難逆轉。在我國耕地後備資源十分有限的條件下，城市化和工業化快速推進帶來的耕地大規模減少趨勢仍在發展。甚至在土地增減掛鉤的過程中，形式上的占補平衡是以犧牲耕地的實際質量為代價的。大量良田的不斷減少，對糧食生產形成了顯著的“擠出效應”，通過增加耕地面積來增加糧食種植面積的空間極其狹窄。二是耕地“非糧化”不斷發展。推進土地集中和產業結構調整是我國農業轉型發展的基本方向。由於比較效益明顯較低，加速土地流轉的過程就是擴大高附加值經濟作物生產規模的過程。土地流轉規模越大，耕地“非糧化”發展越快。三是耕地粗放經營依然嚴重。雖然我國部分地區糧食規模經營取得較快發展，但大部分地區糧食生產中小農戶分散生產的基本格局沒有改變。農村青壯年勞動力大量外出後，農業生產老齡化的矛盾越來越突出，農民種糧積極性總體上仍然不高。不僅粗放經營十分普遍，而且耕地常年、季節性拋荒現象大量存在，嚴重制約了通過擴大糧食種植面積有效增加供給能力。
二是糧食供應鏈面臨全方位沖擊。
糧食安全不僅需要生產環節的安全，還需要形成前端農資、後端加工的完整供應鏈，保證糧食供應有序穩定。通過分析新冠肺炎疫情對中國糧食行業的影響，可以判斷對生產過程的影響是短期的，而對糧食供應鏈前端和後端的影響更為長期。從農資供應看，在整體經濟運行困難加劇的背景下，生產原材料和人工成本上漲趨勢難以遏制，大量中小農資生產企業陷入嚴重生存困境，部分企業甚至註定破產。毫無疑問，疫情對我國糧食供應鏈前端的影響更大、更持久，必然會對後續的農資供應產生較大影響，進而傳導到糧食生產過程。從糧食加工的角度來看，糧食價值鏈的復雜性和貿易運輸的重要性，使得國際糧食市場在疫情影響下的脆弱性前所未有。目前，國際糧食供應進入了壹個相對脆弱的特殊階段。疫情對全球食品供應鏈的嚴重影響，不僅會嚴重制約我國的食品加工業，還會使國際食品價格的上漲趨勢迅速傳導到國內市場，使本已處於微利狀態的食品加工業更難生存。這樣壹來，現有的加工能力可能會被動萎縮，對我國食品產業鏈的整體穩定發展造成更加不利的影響。
三是糧食規模經營主體發展能力不足。
與附加值更高的蔬菜、水果等經濟作物相比，糧食產業是傳統弱勢產業，尤其是小農戶分散的糧食生產方式效率低下，難以形成有競爭力的產業優勢。因此，發展多種形式的糧食適度規模經營是必然的發展選擇。正因如此，近年來，各級政府大力推進適度規模經營發展，糧食規模經營主體正逐漸成為保障我國糧食安全的重要主體。但必須清醒地看到，由於土地成本、農業成本、勞動力成本的持續上漲，糧食生產成本的“地板效應”在不斷上升，糧食生產的利潤空間十分有限。大量調查表明，絕大多數種糧大戶主要依靠政府補貼盈利甚至生存，因為鼓勵發展糧食適度規模經營的市場化機制尚未真正形成，許多種糧大戶整體上仍處於艱難的發展過程中，仍面臨發展能力不足、帶動力不強的突出問題，這構成了我國糧食供需脆弱平衡的重要影響因素。特別是在疫情影響和整體經濟下行壓力加大的背景下，糧食規模經營主體面臨更大的困難和挑戰。如何精準扶持，增強能力，提振信心，是中國確保可持續糧食安全必須解決的瓶頸問題。