動畫改編成動畫後順序可能不壹樣，但漫畫冊裏的每壹個字都是固定的；
787字後的主要故事是:
婚禮前夕(TV667~668)
FILE.793私家偵探
FILE.794遺傳信息
FILE.795回歸火焰的命運
壹個新的角色，安石頭，出現了~壹個在餐館工作的實力不錯的神秘偵探，將拜毛利小五郎為師。
偵探的噩夢(TV671~674)
文件. 796會見科倫坡
FILE.797扭曲的謊言和謎題
FILE.798偵探的噩夢
FILE.799兒童的好奇心和偵探的探究。
FILE.800三維交錯的思緒
柯南被綁架，世良真純、沖矢昴、安世頭同時上演精彩追蹤；海原愛在組織上對三人的回應中，回憶了壹休的承諾；組織最後出現了貝姐，波旁的真實身份就隱藏在三人中間！
壹點都不原諒(TV675~676)
FILE.801從不笑的人。
FILE.802，不要露出那種表情...
被曲解的803文件的結尾
刀疤男再次出場~那個讓世良缺席的“從來不笑的人”；沖矢昴和赤井秀壹之間有什麽聯系？
FILE.807最強的前身
FILE.808後期掃墓
警察前輩們口中的“第壹名”；安世通和警方有什麽千絲萬縷的聯系？
泡沫、蒸汽和香煙(TV684~685)
809室文件裏的痕跡
FILE.810泡沫、蒸汽和香煙
FILE.811專業道具
重賽和海原愛；蕭艾對沖矢昴的強烈好奇心；沖矢昴的“私人領地”是解開其身份之謎的鑰匙嗎？
工藤優作未決事件(TV690~691)
FILE.812工藤優作未解決的事件
FILE.813金怡君
FILE.814妳是柯南吧？
神秘小說家工藤優作十年前放棄了這項調查...為什麽兇案現場用血印出的“死”字，會讓辛屹父子在十年前得出截然相反的結論？十年後，“死亡”的封印再次出現。為了調查此案，沖矢昴的世良真純在工藤屋被“砸”了，卻意外發現了“另有其事”的真相...................................................................................................................
宮野誌保燈下孤獨的影子
FILE.815自己的網站◆
FILE.816絕境燈塔◆
FILE.817燈下孤獨的影子◆
為了拯救被困火海的少年偵探團，海原愛吃了解藥變回了宮野誌保；但是它被孩子們拍了下來，這個組織得知蕭艾有危險！
神秘列車
FILE.818神秘列車(出發)◆
FILE.819神秘列車(隧道)◆
FILE.820神秘列車(頭等)◆
FILE.821神秘列車(穿越)◆
FILE.822神秘列車(攔截)◆
FILE.823神秘列車(排煙)◆
FILE.824神秘列車(終點站)◆
壹列神秘的火車，各行各業都出現過；除了三個最新的主線人物:世良真純、安世頭、沖矢昴；還有金酒，貝爾摩等。目的是根除叛徒雪莉！灰色平原危機四伏，柯南和各方助力驚險動作。最後，海東·黑羽喬裝成宮野誌保，躲過了波旁的追殺...
世良真純實際上是赤井秀壹的妹妹，但她其余的身份仍然未知。
安石頭真的是組織的高級成員，波旁。他壹直是壹個長得像赤井秀壹的“刀疤男”。
是的。為了讓真正的赤井秀壹出現。
已經出現在舞臺上的沖矢昴也參與了主線，並且睜開了眼睛——赤井秀壹的眼睛。但是他到底是誰還沒有給出明確的答案。
FILE.827解謎的鑰匙◆
由於柯南在案件中極為活躍，安世頭將懷疑的目標從毛利小五郎轉向柯南。
FILE.844今日水果◆
FILE.845我們的領域
FILE.846魔鎖◆
世良真純的秘密逐漸被揭露了。在844字和845字中，有證據表明心怡和小蘭很可能之前見過世良真純(柯南對她的小虎牙很熟悉，小蘭以為在海邊見過)；846字結尾，柯南悄悄走出來:“妳是不是在什麽地方見過我？”揭開了柯南在File.844的問題但是石良心裏想:“對不起，我不能告訴妳這個。現在不是時候……”不僅意味著石良可能見過新壹，還意味著石良更有可能知道柯南的身份，更有可能知道柯南的秘密。
文件的目的第850章波旁酒◆
FILE.851朱迪的回憶◆
FILE.852赤井秀壹信息◆
貝爾摩和亞蘇托(波旁)偽裝成案件知情人混入柯南和朱迪之間，偷聽柯南對美國聯邦調查局的幫助以及赤井秀壹“失職”的相關細節...年輕人的新年占蔔、小喪的《好運》、柯南的《猛》；柯南的身份在波旁已經暴露。預計波旁會將註意力從雪莉轉向柯南...................................................................................................................................................
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