星際聯盟瘋狂尋找致遠的先鋒水晶被哈爾西搶走了。受晶體影響，飛船在躍遷過程中被困在時空泡中。為了修補飛船的漏洞，和斯巴達安東-044和李-008都死了。
他們來到叛軍基地修理飛船，並與叛軍達成了暫時的和平。哈爾茜修理了琳達。在發現約翰遜患有鮑倫綜合征後，哈爾西給了中士兩個芯片，壹個用於常規分析，另壹個用於可能殺死約翰遜的源文件。她讓中士決定把哪壹個給哈裏森。
哈爾西認為人類的失敗是不可避免的。她將水晶交給洛克利爾保管，然後和凱利壹起秘密駕駛反抗軍首領的飛船，希望能拯救更多斯巴達人的生命(奧星三期)。哈爾茜把這次叛逃看作是自我救贖。洛克利爾破壞水晶是為了防止它落入追星聯盟手中(這家夥也是英雄)。
科塔納得知，星際聯盟艦隊正在集結，準備攻擊地球。數百艘戰艦集結在不屈的導師基地(星際聯盟的壹個指揮控制中心)周圍。事實上，這些艦隊是在真理先知的指揮下，他已經知道地球是人類的家園星球，並獲得了她的位置。但他並沒有將這壹重要消息告知懺悔先知和慈悲先知，而這支龐大的艦隊主要由鬼面獸指揮。真理先知打算借它。
中士帶領斯巴達炸毀了星際聯盟不屈牧師的反應堆，維康批準了他的行動。Vitkon和Harrison航行到地球報告即將到來的星際聯盟入侵，然後他們意識到僅僅讓地球得到很好的防禦是不夠的，於是他復制了先鋒水晶，航行回到了不屈牧師的位置。士官長等待斯巴達成功啟動反應堆自毀程序後撤離到安全地帶，但Grace-093還是死了。維特康和哈裏森帶著尚正義沖向即將爆炸的反應堆。星際聯盟集結的500艘戰艦被先鋒水晶吸引到尚正義。隨著反應堆的爆炸，幾乎全部被毀，只有12幸存。維特康和哈裏森壯烈犧牲，軍士長等5人帶著光環和洪水的信息和珍貴資料返回地球。
因為環帶04被摧毀，戰艦尚正義號被人類俘虜，博愛之城的高層先知決定對為此負責的指揮官Thel'Vadam發起審判。提爾·瓦達姆是尚正義所屬的特別正義艦隊的指揮官。在戰爭中立下汗馬功勞的蒂爾被議會指控為異端。他無法繼續指揮艦隊對抗人類。他只能成為早已被先知汙名化的仲裁者(仲裁者)，從事存活率極低的自殺任務。
真理先知將不屈犧牲的湮滅視為壹個小小的挫折，他命令塔羅斯將幸存的12艘戰艦集結在指定位置，這些戰艦後來被用作懺悔者進攻地球的增援(援軍)。
先知自白獨立得知地球上有壹個通往方舟的傳送門，卻不知道那是人類的家園星球。他只帶領兩艘攻擊航母和13巡洋艦攻擊地球。此時，胡德司令正在軌道防禦平臺(ODP)開羅站擔任中士，被約翰遜上尉和凱斯上尉授勛。老隊長基思的女兒米蘭達·凱斯(Miranda Keyes)代表父親出席了儀式。她是穿著琥珀色盔甲的輕型護衛艦的艦長。由於懺悔者的攻擊，儀式倉促結束。胡德司令命令哈珀的第五艦隊返回軌道防禦平臺。人類艦隊以巨大的數量優勢擊敗了星際聯盟特遣部隊，但也遭受了不小的損失。
在UNSC艦隊的攻擊下，星際聯盟的兩艘航母繼續深入。即使科塔那在開羅站用MAC炮攻擊了莊嚴的苦修，也沒有阻止它向地表的新蒙巴薩城進發。
星際聯盟用反物質炸彈炸毀了軌道防禦平臺的雅典和馬耳他站，還在開羅站安放了炸彈。中士奉命找出星際聯盟在開羅站安放的炸彈，並在途中救下米蘭達上尉，讓她登上琥珀銥星。中士帶著找到的炸彈獨自跳入太空，利劍攔截器在星際聯盟航母朱比利日的反應堆核心開了壹個缺口，中士將炸彈推進缺口徹底摧毀。
先知告解在新的蒙巴薩城內和周圍部署了地面部隊。為了摸清星際聯盟的意圖，中士奉命活捉先知懺悔者。中士和海軍陸戰隊登上的三只鵜鶘在舊蒙巴薩遭到聖甲蟲攻擊，重新集結，向新蒙巴薩B區推進。他們在河道裏困住了聖甲蟲，中士摧毀了它。然後是約翰遜。
星際聯盟的部隊撤到莊嚴告白處準備撤離。與此同時，第五艦隊開始命令ODST登船逮捕懺悔者。在部署過程中，愛德華·巴克領導的A(阿爾法)-9小組不得不接受ONI的秘密指示，他們的著陸點被重新定向。莊嚴的告白突然有了氣氛的轉變，胡德司令批準了米蘭達的追擊計劃。琥珀銥跟隨莊嚴的告白進入過渡空間。新的蒙巴薩城在過渡中被摧毀，許多沒有登陸的ODST受到了EMP的影響，幸存者分散在城市各處(更多細節在下壹期《地球戰爭》中)。
成為仲裁者後，提爾·瓦達米的第壹項任務就是將塞莎·茹米從門檻瓦斯礦中救出。在04光環被摧毀後，343邪惡火花發現了被困在這裏的Sesa' Rumee，揭示了光環的本質。Sesa' Rumee立即帶領他的手下造反，成為反對先知的異端。他到處傳播真相以獲得支持。
為了阻止仲裁者，塞薩爾·弗拉米在特定區域釋放了洪水魔，但他率領的叛軍很快也遭到了洪水魔的攻擊。仲裁者得知異端起源於被視為天使的343邪惡火花時非常驚訝，但仲裁者最終找到並殺死了塞薩爾·弗拉米，異端被平息。當他目睹了塔塔羅斯對343邪惡火花的粗暴回收，鬼面獸對天使的態度讓他憤怒。愛之城和星際聯盟艦隊離開了臨界星。
琥珀銥在莊嚴告白後立刻跳出躍遷空間，他們發現了另壹個光暈——05(人類變成了德爾塔光暈)。為了防止懺悔先知發射光暈，中士和ODST降落在軌道艙，試圖找到並殺死懺悔先知。中士到達懺悔先知所在的神廟後，天空中出現了兄弟會和星際聯盟的龐大艦隊。軍士殺了告解先知，逃出殿中。為了躲避星際聯盟航母的等離子攻擊，中士跳入湖中。
真理的先知開始實施他的計劃。他用壹只鬼面獸取代了千百年來壹直由精英把持的榮譽衛隊。並且通過對343個邪惡火花的不斷檢查，他了解到必須得到索引器才能發射光暈。這成了仲裁者的下壹個任務。他到達了洪水被塔羅斯幻影嚴重淹沒的圖書館。與此同時，米蘭達和約翰遜等人類士兵已經進入圖書館，洪水殺死了大量人類士兵。不過米蘭達還是拿到了索引器，隨後趕到的仲裁者驚呆了約翰遜。當米蘭達正與仲裁者搏鬥時，塔塔羅斯趕到，搶走了索引器，帶著米蘭達和約翰遜離開了。塔洛斯憤世嫉俗地承認，反對精英的行動是受到先知的啟發，仲裁者在震驚中被擊落在深淵中。屍腦獸的觸角抓住了他。
在屍腦獸的洞穴裏，警長終於見到了仲裁者。屍腦獸通過懺悔先知的懺悔切線(2401懺悔切線)和已經被吸收的05暈導向仲裁者揭示了真相。屍腦獸說服了軍士長兼仲裁者* * *阻止了光暈的開始。他把它們發給了兩個可能的索引器，警長被送到了博愛之城，仲裁者被送到了00。
軍士開始在博愛之城追尋真理先知和慈悲先知。此時，星際聯盟的大分裂已經開始，精英開始攻擊先知和鬼面獸。被洪水控制的琥珀銥星跳進博愛城墜毀，洪水開始蔓延。真理先知把索引器交給塔洛斯，命令他啟動05光環。真理先知和慈悲先知計劃沖向無畏號，但慈悲先知在離開前被洪水感染。真理的先知逃脫了。塔·塔羅斯和米蘭達、約翰遜乘坐兩艘幽靈船逃走了。警長後來來了，從可憐的先知那裏得知了真相。先知計劃乘無畏號去地球。為了阻止真理先知，士官長在科塔那的幫助下通過能量管道進入無畏艦。但科塔納自願留下來阻止洪水的蔓延，打算通過爆破琥珀銥反應堆再次做同樣的事情，但被屍腦獸捕獲。
仲裁者很快成為精銳叛軍的領袖。他們襲擊了鬼面獸的堡壘，被囚禁的約翰遜趁機逃脫。為了阻止塔洛斯啟動光環，仲裁者和約翰遜結成了聯盟，他們用聖甲蟲炸開了控制室的壹扇門，闖入了控制室。仲裁者試圖說服塔洛斯不要開啟光環，但愚蠢且忠於先知的塔洛斯對精英們恨之入骨。他按下米蘭達的手，強行啟動光環。仲裁者等人立刻向幽靈獸發起了攻擊。在消滅了其他鬼獸之後，仲裁者開始與Ta talos對抗。因為只有約翰遜帶來的離子束步槍能讓塔塔羅斯的護盾短時間失效，所以仲裁者和其他精英花了很長時間才殺死了塔塔羅斯。
同時，米蘭達逼迫343邪惡火花透露，簡單拿走索引器就可以停止光環啟動過程，但是妳必須殺死Ta talos Miranda才能拿到索引器。Ta talos被仲裁者殺死後，米蘭達拿走了索引器，05光環的啟動被終止。然而，這種異常的操作觸發了其他機制，使得銀河系中的其他五個光環進入待機狀態，可以在方舟中遠程啟動，只有地球有了通往方舟的傳送門。
為了提醒人類並定位方舟，米蘭達和約翰遜立即趕回地球，仲裁者帶領艦隊在343邪惡火花的幫助下清除了被釋放的洪水惡魔的威脅，隨後前往地球。
登上無畏號後，軍士長立刻遇到了大量的星際聯盟士兵。他試圖暗殺真理先知但失敗了，但他仍然殺死了許多敵人，並通過壹個幽靈逃離了無畏號。在無畏號的表面，他被命令盡快返回地球。