判斷生物親緣關系的理論基礎是孟德爾遺傳分離定律。根據這壹規律，配子細胞形成時，成對的等位基因相互分離，分別進入各自的配子細胞。精子和卵細胞受精形成後代，孩子的兩個基因組來自母親和父親；因此，同壹對等位基因壹個來自母親，壹個來自父親。如果鑒定結果符合這個規律，不排除生物關系；如果沒有，將排除生物關系(變異除外)。大多數情況下，母子關系是已知的，需要鑒定假設的父子是否是親生的。這時，從母體和後代基因型的比較中，就可以確定孩子基因中可能來自父親的基因(OG)。然後觀察假想父親的基因型，如果沒有親生父親基因，就可以排除假想父親和孩子的親生關系。如果假設父親也有生父基因，就不能排除這個結果。如果在壹個案例中，母親是FGA-22/23，孩子是22/25，那麽通過比較可以確定生物父親基因是FGA-25。在這種情況下，假設父親1是FGA-22/24；假設父2的類型是24/25。假設父親1沒有親生父親基因25，那麽可以排除他和孩子的親生關系；相比之下，假設父親2有FGA-25，不排除與孩子有血緣關系。