哈利自己逃出了月經的房子。半夜，他正獨自在街上走著，突然看見壹只可怕的黑狗。幸運的是，壹輛來自魔法世界的騎士巴士及時趕到，救出了哈利，並把他帶到了倫敦。在倫敦，哈利度過了壹段快樂的時光。他不僅看到了許多奇怪的魔法物品，還完成了自己的論文。奇怪的是，他還遇到了壹本叫《死亡預兆》的書，封面是他離開月經家那晚看到的黑狗。壹種不祥的預感讓哈利覺得會有可怕的事情發生。
暑假結束時，哈利還在倫敦見到了他的兩個好朋友赫敏和羅恩。從他們口中，哈利得知了壹件可怕的事情。小天狼星，那個據說背叛了父母的反派，從阿茲卡班逃出來，他的目的很可能是繼續傷害哈利。
當哈利聽說小天狼星要傷害自己時，他並不害怕。在回霍格沃茨魔法學校的火車上，他遇到了攝魂怪，壹個讓他毛骨悚然的怪物。是阿茲卡班監獄派來逮捕小天狼星的，哈利波特每次碰到攝魂怪都會暈倒。幸運的是，新的魔法老師魯平教授幫助了哈利。
哈利·波特和他的兩個好朋友羅恩和赫敏正在進入霍格沃茨魔法學校的第三學年。這些青少年被迫面對他們最大的恐懼，去對付壹個危險的逃犯和壹群本該保護他的攝魂怪。
魔法學校又開學了，來了很多新同學。哈利也回到了他的同學和朋友身邊。新老師的新課程讓他的生活又變得新鮮刺激。新來的魔法老師魯邦的課非常有趣，但是占蔔課讓哈利感到更加害怕。斯內普仍然像以前壹樣反對他。有趣的是，海格也當了老師，教他們養壹些奇怪的動物。有壹天，海格教他們靠近巴克比克(壹只巨大、兇猛、脾氣暴躁的鷹頭獅)，小壞蛋馬爾福激怒了他，於是巴克比克踢傷了馬爾福。
被巴克比克打傷的馬爾福立即向魔法部告發了海格。他想取消海格的教師資格，處決鷹頭獅巴克比克。在巴克比克被處決的那天，哈利、赫敏和羅恩來到了海格的小屋。他們想安慰海格。出乎意料的是，他們在小屋裏沒有找到海格，卻發現了壹只神秘的黑狗和羅恩的寵物鼠。
哈利和他們三個好奇地跟著黑狗和斑斑，發現他們鉆進了壹個隱蔽的山洞，於是他們爬了進去。爬了壹段漆黑的路後，哈利和其他人來到壹所小房子前，他們突然被嚇了壹跳:在房間裏，壹個蓬頭垢面的男人正和壹個侏儒以及斯內普教授打架。斯內普教授告訴哈利，那個不修邊幅的人就是殺死哈利父母的小天狼星。
看到殺死父母的敵人，哈利憤怒地揮舞著魔杖，指向小天狼星。就在這千鈞壹發的時刻，壹個人突然沖進房間，把哈利打倒在地。這個人是魔法老師魯邦教授。原來小天狼星不是殺死哈利父母的人。事實上，真正的兇手是壹直潛伏在羅恩身邊的老鼠。這只老鼠實際上是詹姆和莉莉的另壹個朋友小矮星彼得。
原來在學校，詹姆、小天狼星、魯邦和小矮星彼得都是好朋友。由於魯邦的狼人身份，其他三個好朋友設法學會了阿尼瑪格斯，壹種可以把自己變成動物的魔法。詹姆是壹只牡鹿(以哈利的守護神的形式)，小天狼星是壹只大狗，小矮星變成了壹只老鼠。每當月圓之時，魯邦變成狼，詹姆和小天狼星就變成牡鹿和大狗與它搏鬥，防止它傷害別人，而小矮星的老鼠則跑到打人柳那裏按住靜態開關，這樣就可以通過秘密通道到達傳說中鬧鬼的“尖叫小屋”，讓魯邦遠離人群，度過那個難熬的夜晚。魯邦沒有被他的好朋友拒絕，因為他是壹個狼人。相反，他壹直受到詹姆和小天狼星的保護。另壹方面，小矮星總是因為有詹姆和小天狼星這樣的朋友而受寵若驚。
當伏地魔掌權的時候，鳳凰社的所有成員，包括詹姆和莉莉，都轉入地下工作。那時哈利剛剛出生。詹姆和莉莉住在哥德裏克山谷的壹個秘密地方。他們的藏身之處受到“紅色忠誠詛咒”的保護，他們的好朋友小天狼星成為他們的秘密守護者。當時情況非常危險。小天狼星擔心他的秘密守護者的身份會被伏地魔利用來傷害詹姆和莉莉。於是，他做了壹個決定，那就是讓卑微的小矮星彼得代替他成為詹姆和莉莉的秘密守護者。他認為小矮星不會引起伏地魔的註意。然而，小矮星天生的懦弱和膽怯讓他屈服於伏地魔。他出賣了自己的靈魂，成了伏地魔的仆人。他告訴伏地魔詹姆和莉莉藏在哪裏。詹姆和莉莉死了，但小哈利活了下來。伏地魔成了漂浮在人間的遊魂。