積極反抗清朝，企圖恢復視力。康熙下令撤藩。耿得知這個消息後，悄悄給鄭靜寫了封信，邀請他壹起去？* * *成千古功勛？鄭經立即帶著水軍等待出兵的消息，但是吳三桂起兵後，康熙暫緩撤銷其他藩王，耿沒有理由起兵，只好按兵不動。隨著吳三桂反清事業的日益興盛，忍不住想分壹杯羹的耿派人散布他是天命皇帝的謠言，並利用謠言起兵。耿是打的？再看？他打著旗號，成立小朝廷，招募官員，另發銅錢，很快在福建站穩了腳跟，他拉攏、聯合吳三桂、鄭經和劉晉中，試圖為清軍制造其他局面，使其忙個不停。
背後捅刀子，但是失敗了，耿仲晶利用康熙與吳三桂對峙的機會，分三路進攻清軍，但是由於清軍的重心在吳三桂，他很容易就成功了。康熙被耿在背後捅了壹刀，但又被吳三桂纏住，不得不對耿采取雙重手段，要麽打擊，要麽壓制。康熙下令剝奪耿靖南王的職位，囚禁其親屬，同時安撫耿的部下。甚至對於耿本人，康熙也宣布，如果他真心投誠，他可以把自己當作什麽事都沒有發生過。結果，耿被清兵打敗。此外，他和鄭靜互相猜忌。康熙用這個迅速安撫他的士兵和人民。鄭經順手拿走了他壹半的地盤，耿被削弱了。
無路可走，沒有兵馬和糧草的耿無奈投降，而仍忙於與吳三桂作戰的康熙卻沒有懲罰他。直到吳三桂去世，吳郡和鄭經氣候惡劣，康熙終於解脫出來對付耿了。耿仲晶不知道康熙的想法，寫信要求見皇帝，這是壹個陷阱。耿的兩個兄弟擔心康熙會壹起除掉他們，於是連夜上書彈劾耿以求自保。耿抵京後，康熙將他逮捕。三藩市事變平定後，康熙命耿等人斬首。