有壹天，黃帝得到壹本《陽符經》，他苦練陣法，用夔皮做鼓面，用雷獸的骨頭做鼓槌，並請來天神，重新率兵與蚩尤決戰。兩軍交戰，黃帝下令擂鼓，鼓聲震天響，蚩尤的士兵聽得喪魂失魄。蚩尤看見自己要敗，便率領士兵勇猛上前，兩軍殺得天昏地暗，血流成河。蚩尤戰敗，在逃跑中被夔皮鼓的鼓聲震得不能行走，黃帝把蚩尤捉住，把他給殺了。後來，黃帝尊蚩尤為“兵主”，還把他的形象畫在軍旗上，用來鼓勵自己的軍隊作戰。
盡管各說略有差異，但蚩尤與黃帝曾經交戰是無疑的。戰爭過程則更為曲折，且極具神話色彩。蚩尤善戰，“制五兵之器，變化雲霧”，“作大霧，彌三日”，黃帝“九戰九不勝”、“三年城不下”。《龍魚河圖》載黃帝“不敵”蚩尤，“乃仰天而嘆，天遣玄女下授黃帝兵信神符”，即依靠女神“玄女”的力量方才取勝。壹說黃帝借助風後所作之指南車方在大霧中辨明方向，獲得勝利。
蚩尤的結局，傳說多稱兵敗被殺，或者臣服於黃帝，並主軍事！後來天下又亂，黃帝畫蚩尤的形像，威懾天下，天下都以為蚩尤不死，並且居黃帝之幕府，於是“八方萬邦皆為弭服”。
軒轅黃帝戰蚩尤，是中國傳說時代極其重要的事件。黃帝勝利之後，壹統中原地區，成為華夏正統。