阜寧縣屬於3個地貌單元:
縣城西部，即廢黃河以東、射陽河-燕崗河以西的地區，屬於黃淮平原，是黃河奪淮後大量泥沙形成的淹沒區，面積843平方公裏，占阜寧縣總面積的58.5%。西部廢棄的黃河大堤和灘地真實高度為8 ~ 12米，向東逐漸降低。
縣城東北部，即串場河-燕崗河以東地區，屬濱海平原，實高1 ~ 1.5m，面積240平方公裏，占阜寧縣總面積的16.68%。
縣城南部和西南部屬於何麗霞平原，面積356平方公裏，占阜寧縣總面積的24.74%。地面真高壹般為1.5 ~ 2.5米，西南端的馬家蕩地區只有0.8米左右。