死亡原因長期以來壹直有爭議。大多數記錄顯示，亞歷山大在巴比倫飲酒後患上了瘧疾。況且傷寒可能是另壹個兇手。還有壹種理論認為他死於嚏根草中毒，同謀者可能包括他的妻子羅克珊娜，他的部安提帕特和他的老師亞裏士多德。但中毒說受到羅賓·萊恩·福克斯的質疑，因為古希臘很長壹段時間缺乏毒藥。美國疾病控制和預防中心在2004年7月最新壹期《新傳染病》上發表多篇論文，討論“亞歷山大死於西尼羅病毒”的說法。
中毒理論
當時(普盧塔克說)，沒有人懷疑他是被毒死的，但有壹個說，5年後出現了壹些消息，於是他的母親奧林匹婭斯處決了很多人，並下令找人把安提帕特的兒子伊奧拉的骨灰撒到風中，因為據推斷是他毒死了他。有歷史學家指出，是亞裏士多德給了安提帕特壹個刺殺國王的計劃，毒藥完全是他提供的。統治大部分已知世界的國王死後，各種謠言到處傳播，這並不奇怪。投毒者是伊奧·拉斯的說法很快就傳遍了雅典，演說家狄摩西尼建議大家投票感謝伊奧·拉斯。壹些流傳至今的故事，但缺乏佐證，可能支持亞歷山大和菲斯提安先生不是自然死亡的說法。有壹個關於壹個馬其頓軍官的故事，他目睹了發生在哈馬丹和巴比倫的事情。當亞歷山大從印度回來後，他害怕自己會成為下壹個清洗的目標，於是他去咨詢了壹個算命師。他該怎麽辦？算命先生告訴他不要擔心；菲斯提安和亞歷山大很快就會死去。幾天後，菲斯提安真的死了，亞歷山大也在壹年內去世。兩人都是喝了純酒後不明原因的高燒而死。壹位醫生從藥理學的角度提出了自己的看法，認為慢性馬錢子堿中毒是最有可能的解釋。不管是不是巧合，植物學家席德·奧布拉斯(Sid Obras)是亞裏士多德的弟子和朋友，他曾經提到過這種物質的用途和用量，並表示“掩蓋其苦味的最好方法就是，哪怕是用在純酒中”。)後來有人說是亞裏士多德自己幹的，因為他發現自己幫助制造了壹場災難，但普魯塔克只說:“起初，亞歷山大對亞裏士多德評價很高，愛他勝過愛他的父親...但是最近幾年，他漸漸對他產生了懷疑。他實際上從來沒有傷害過他，只是他的友誼失去了原來的熱情和愛情，很明顯兩人已經漸行漸遠了。”像許多關於亞歷山大的故事壹樣，我們永遠不會知道真相。酒精中毒和中毒導致肝衰竭的癥狀當然是相似的。時至今日，大多數學者都否認投毒說，但也有人不排除亞歷山大和赫爾·菲斯提安是被毒死的。壹群幻想破滅且憤怒的高級軍官密謀毒死亞歷山大並非不可能。他以前的許多朋友和親信現在都被他們親眼所見的東西嚇壞了，東方主義的奢侈風格，隨意殺人的狂怒，也許最糟糕的是他們自稱為神。他們認為他已經變成了壹個暴君，獨斷專行，喜怒無常。亞歷山大的老師亞裏士多德自己說:“沒有人能自由地忍受這樣的統治。”
激光照射理論
亞歷山大大帝的死吸引了全世界的目光。很多人搜集資料，調查分析，認為他的真正死因是:長期接觸激光。兩千多年前，誰掌握了激光技術，可以用來殺人嗎？說起來不可思議。原來，亞歷山大占領波斯壹座城市後，城裏的貴族向他貢獻了壹頂王冠。皇冠上鑲嵌著壹顆泛著紫色光芒的巨大紅寶石。亞歷山大戴著它到處炫耀他的威嚴和力量。科學家發現紅寶石在陽光下會發出壹種特殊的天然激光。因為亞歷山大長期戴著這頂鑲嵌紅寶石的金冠，他成了自然激光的受害者。