全椒縣位於安徽省東部，滁州市南部，安徽省會合肥和江蘇省會南京之間。全縣面積1568平方公裏，東距南京48公裏，西距合肥98公裏，北距滁州18公裏，南距馬鞍山70公裏，距上海360公裏。
滬陜、滬蓉高速公路，滬、京滬高速鐵路貫穿全境。被滁州市南譙區、南京市浦口區、馬鞍山市和縣、馬鞍山市含山縣市、合肥市巢湖市、合肥市肥東縣所環繞。總面積1568平方公裏。
位於江淮丘陵區東南部，地勢由西北向東南傾斜。龍王澗海拔393米，是縣城的最高點。北部低山綿延，中部丘陵起伏，西南部和東南部為河谷平原。滁河流經該縣的西南和東南邊緣。境內有黃梨樹、馬場、岱山、三灣水庫。司馬山引水工程在田家渡與滁河相連。
公路:
全椒有兩條高速公路，東西向的胡蓉高速公路和滬寧高速公路滬寧段在全椒共用壹條滬寧高速公路。還有壹條南北向的前田高速(楚馬高速)；全椒、大樹兩個高速公路出入口，大樹、武莊兩個服務區，全椒互通樞紐，規劃新建全椒西互通樞紐、全椒東高速出入口。
國道312、省道331、省道206等國省幹線和縣道也將全椒與各大鎮及周邊縣市連接起來，全縣90%以上的行政村通了村村通公路。