小鎮的名字來源於中國海軍營地的名字。清初，齊齊哈爾有水師營，以水師命名。當時水師營壹帶有小阿勒街屯、大巴爾胡屯、小巴胡屯，歸齊齊哈爾副總司令管轄。清末為黑水堂、龍江府所轄。民國時期屬龍江縣管轄。東北淪陷後期，水師營壹帶分為大民村和小阿拉街村。1945年“93”抗日戰爭勝利後，1946年6月劃歸隴東縣管轄。1948年3月撤銷龍東縣，歸第11區管轄的龍江縣。7月1951，劃歸齊齊哈爾市，農村管轄，6月劃歸榆樹屯區，1954。1956年5月，村並鄉，設水師辦鄉。1958 65438+2月，更名為和平人民公社海軍管理區。1961 8月，並加入全國人民農科。1962年由大民農科設立，1965年改為水師營公社，屬郊區管轄。1973劃歸昂昂溪區管轄。1984 1月，改海軍營。1990年9月，水師營滿族鎮改。
1993被林業部列為全國22個治沙實驗示範基地之壹。
1994被國家計委列為農村小城鎮建設壹百個試點單位。
1997年，滿清鎮由農村建起。
2000年，被國家體改委列為全國小城鎮綜合改革試點鎮。
2005年被評為省級文明鎮。