南宋時期，道教以富友學派為主，內丹與富友相結合，吸收禪宗，依附儒家。除了傳統的三山富友學派，還有新興的道教學派。
北宋末，第三十代張繼賢創制的《正壹派雷法》，使正壹派顯示出新的生命力，成為道家學派的正式領袖。張繼賢著有《大道心論之歌》，根據天人感應思想，將“雷在體外”與“煉氣在體內”相結合，以制神守氣為修道之要。宋理宗召見第35代石天張克達，命其晉升三山富友，正壹派正式成為江南富友道家的領軍人物。
由石天道學演變而來的沈嘯派，以傳神雷法命名，代表人物為王文卿、撒手鐧，主張以內煉為外用之本。
天心派也是由石天道教演變而來，代表人物是雷石忠。天心佛法強調修行者必須內外兼修，法術才能有效。
由尚卿派衍生而來的衛青學派，以黃舜慎為代表，宣稱其符號來自衛青田原石天尊。它以內在的煉金術為基礎，外在的象征是目的，強調心與道的和諧。
東華派起源於靈寶派，創始人是寧全真。東華靈寶法講究內訓，規定每天清晨，靜心靜氣，達到開悟。
同樣是從靈寶派分化出來的，以為領袖，何聲稱徐真君派神祗傳授清凈明道，強調忠孝之德的實現，要求修行者“以忠孝為本”。
南宗起源於鐘離權和呂洞賓，上承張伯端、石臺、薛道光、陳楠，實際上是白玉蟾創立的。金丹南宗繼承了張伯端“雙修生，先生後性”的內丹理論，在修煉方法上融入了理學的至誠和禪宗的洞見，並將沈嘯雷法與內丹理論相結合，形成了獨特的內丹理論。白玉蟾強調內丹術的修煉，並將內丹術的過程和秘密歸結於心性。同時，他將內丹的修煉分為三個層次，十九種策略。在靜中，他按精煉氣化神，成就了金液大歸。
與金丹北宗的全真教相比，金丹南宗沒有固定的傳教組織，不主張出家。內丹術在儒生和官員中很流行，朱非常崇拜內丹術。曾以筆名寫《周易參同契》考證。北宋滅亡後，北方壹些漢族士人不願與金朝統治者合作，走上了隱居之路。在山東和河北，出現了漢族學者創立的道教新流派——太乙道、真道、全真道。
蕭寶楨在金熙宗年間(1138—1140)創立太乙，供奉主神五福太乙。太壹崇尚富友，他的三元佛法是由石天道家富友演變而來，同時也強調內丹術的修煉。蕭寶楨還模仿道教密傳，規定掌師必須改姓蕭；太乙集團以“人多生於憂患”為宗旨，註重倫理關系。
真實大道原名“大道”。晉代通帝二年(1142)，創始人自稱老先生下凡，授《道德經》九戒，教人忠君孝父母，待人真誠，愛生不殺生。這個概念在飽受戰爭摧殘的北方人民中也有所耳聞。大道教的教義是獨壹無二的。不講飛升煉凈，提倡自強不息，少私欲，壹柱香，尊天地，內丹“養氣養神”的修養最為重要。
王重陽創立的全真道繼承了鐘繇的內丹學思想。金海陵王鄭龍第四年(1159)，王重陽遇到了上天賜予的修煉秘笈，在鐘南山修建了壹座“活死人墓”，後來到山東傳教。他先後收了馬丹陽、譚處端、丘處機、王初壹、劉處玄、郝大通、孫不二等七位弟子，在山東、陜西、山東等地打出了“全真”的旗幟。王重陽的著作有《重陽全真集》、《立教十五論》等，闡述了全真道教的教義和內丹學思想，為道教的發展開辟了新的時代。
全真教骨幹文化素養高，著述甚多。從整體上看，它仍然繼承了鐘離權和呂洞賓的內丹學思想，並具有鮮明的時代特征:
壹、三教融合“儒釋道相通，三教從來不壹樣。”
其次，他的修煉方法以“全精、全氣、全定”為達到長生不老的最高境界，將降心見性的理論與傳統的煉精煉精得丹內丹相結合，代表作是丘處機的《大丹知止誌》。
第三，宗教實踐以“苦己利人”為原則，實行出家制度。
太乙路、珍島路、全真路建立後，成為野外漢族士人相互聯系的組織。為了爭取漢人，金朝統治者扶植了各種學派，其中金章宗是最“尊玄道者”。他與太乙道第三祖王初義關系密切，並下令編撰《大金玄都寶典》。同時，金朝統治者怕下層民眾利用道教鬧事，也對各種道教流派進行了諸多限制。蒙古人進入中原，建立了元朝。為了獲得漢族士人的支持，他們表現出對道教的尊重。晉朝時期，丘處機帶領弟子西行三萬五千裏到達中亞，這給了成吉思汗壹個機會。為了治國安邦，他應該尊天愛民，他應該無欲無求地長命百歲。他描述了“止殺保民”、“以孝治國”等治國之術。成吉思汗非常敬重丘處機，讓他掌管天下道教，並下令免除他的門役。丘處機回到燕京後，著手“體察民情”，幫助飽受戰亂的群眾，為元代全真教的大發展奠定了基礎。
全真教在尹誌平、李贄相繼主教後進入鼎盛時期:壹是門閥興盛，弟子眾多，高僧輩出；第二，燕京周圍修建了大量宮殿，遍布中原。第三，宋主持了“杜宣寶藏”的重建。元朝時，道教分為李希教和李希教兩派。李希的程受到元朝的推崇，成為正宗，改名為“真大道”，流傳地區擴大到全國。九祖張清智死後，真道逐漸合並為全真道。
隨著元朝統壹全國，全真教也南下傳教，先是武當山，後到江南各省，逐漸與金丹南宗融合。李道純、陳等南宗大師倡導並推動了南北宗的合並。全真道和南宗都是以內丹學說為基礎，以東華帝王、正陽帝、春陽帝為祖師，有著相同的理論淵源。陳提出的“五祖七真”傳承體系得到廣泛認同。慧遠宗(1333—1370)年間，全真教與金丹南宗正式合並，形成了新的全真教。至元十四年(1277)，元世祖授予第三十六代張天師宗言官方認可的石天稱號和領導江南道教的權力，龍虎派成為道教在南方的官方衙門。
與此同時，龍虎門也形成了壹個部落——焦璇。至元十三年(1276)，隨張宗言進京的張留孫受到元氏的青睞，留在了北京。他利用日益鞏固的政治地位，從龍虎山招募了許多道士來管理北京和江南的道教事務，逐漸形成了龍虎派。焦璇以“清靜為根本，儉而不敢為天下先”為宗旨；政治上榮譽卓著，公司負責人積極參與政治活動；思想上的儒家，如二祖吳權傑，崇尚理學，踐行忠孝；在宗教內容上，兼容各種新舊道家思想和道教。焦璇* * *掌管了它五代，元朝滅亡後回到了正儀。
1246年，元世祖召見了付曉道的第四祖太乙道，這標誌著太乙道被元朝正式承認。太乙傳至第七祖蕭天佑後，逐漸融合為正壹。
茂山宗在元代有了壹定的發展。它的活動主要集中在江蘇、浙江、蘇州和杭州，也在福建和江西。代表人物有杜道堅、趙思齊、張宇。
元世祖至元(1264-1294)末年，南昌道士劉玉重建了純明道的組織，重新詮釋了“忠、孝、凈”的教義，追求道德上的完美，用“懲怨、誠心”的修煉方法，達到了與道合壹的清凈境界。它的入世精神得到了很多學者的稱贊，在江西很受歡迎。
元代派後裔以莫為主，主要居住在江浙、江西、福建、廣州等地，在民間有較大影響。
元代衛青學派以黃舜慎為主，後由建寧、武當山等地向南北傳播。衛青雷法追求天人合壹、內煉外法相結合，同時也受到了朱成理學的影響。
東華派在元代的主要繼承人是林，他後來回到了正儀。
元代天心派的主要傳人是雷世忠，他自稱是魯真君賜給他的“混元六天道法”，所以也叫混元派。
新舊福田康夫道教各派的教義和法術非常接近，各派之間的相互融合由來已久，這為各派的統壹奠定了思想基礎。袁氏任命張天師主管江南道教，使龍虎派成為最具凝聚力的道教派別，為正和派的形成奠定了組織基礎。大德八年(1304)，元成宗封第三十八代石天張玉才為“正義之祖”，標誌著正義的正式形成。