1.按定額計價時，單位工程費用由直接工程費用、間接費用、利潤和稅金組成。定價時，先計算直接費，再根據直接費(或人工費)計算費用、利潤、稅金，合計為單位工程成本。采用工程量清單計價時，費用由五部分組成:工程量清單(= ∑工程量清單×項目綜合單價)、措施清單、其他項目清單、規費、稅金。這種劃分的考慮是將施工過程中的實體消耗與實測消耗分開，僅對實測消耗列出項目名稱，由投標人根據招標文件要求、施工現場條件和施工方案確定，以體現基於施工方案的成本競爭。對於實質性的消耗費用，列出具體的工程量，投標人應報出每個所列項目的綜合單價。
2.分項工程的單價組成不同
按定額計價時，分項工程單價是工程量單價，即只包括人工、材料、機械費用。工程量清單計價的分項工程單價壹般為綜合單價，除人工費、材料費、機械費外，還包括管理費(現場管理費、企業管理費)、利潤和必要的風險費。采用綜合單價便於工程款支付、工程費用調整和工程結算，也避免了壹些“取費”帶來的不必要的糾紛。綜合單價中的直接費、費用和利潤由投標人根據企業的實際支出、利潤預期和投標策略確定，是施工企業實際成本和項目單項價格的反映。綜合單價的報價是壹個單項定價和市場競爭的過程。
3.單位工程的劃分是不同的
按照項目分部的定額計價，也就是預算定額中的項目分部，壹般土建定額有幾千個項目，根據項目的不同部位，不同材料，不同工藝，不同施工機械，不同施工方法，材料規格，劃分原則非常細致。工程量清單計價的工程項目的劃分比定額項目的劃分更全面。新規範只有177土建工程，考慮了工程場地、材料、工藝特點，但沒有考慮具體的施工方法或措施，如人工或機械、不同類型的機械等。同時，同壹個項目不是按照階段或流程分成幾個項，而是整合在壹起，比如混凝土。同壹工程的拌(產)、運、裝、封縫可整合為壹項，門窗的生產、運、裝、油、五金也可整合在壹起，可減少原定額對施工企業選擇工藝方法的限制，報價上有更多自主權。工程量清單中的數量應該是綜合數量，而不是按定額計算的“預算數量”。綜合工程量有利於企業選擇自己的施工方法並以此為基礎進行投標，也可以使企業擺脫對定額的依賴，建立內部報價和管理的定額價格體系。
4.不同的定價基礎
這是清單計價和定額計價最根本的區別。定額計價的唯壹依據是定額，工程量清單計價的主要依據是企業定額，包括生產要素消耗標準、材料價格、施工機械設備及管理狀況、各種管理費支出標準等。目前大多數企業可能沒有企業定額，但隨著工程量清單計價形式的普及和報價實踐的增多，企業會逐步建立自己的定額和相應的工程單價。當企業能夠根據自身條件和市場供求關系報出綜合單價時，自主報價和市場競爭(通過招標)的定價格局也會形成，這正是工程量清單的目標。工程量清單計價的實質是改變政府定價模式，建立市場形成的造價機制。只有將定價基礎個性化，才能實現這壹目標。