那裏有許多有毒的植物和危險的動物。
走在大峽谷裏，隨處可見許多在其他棲息地很難找到的蘭花。從濕熱的山谷到冰冷的山腰，從巖石到樹木的枝椏，即使是深秋，峽谷裏依然郁郁蔥蔥，開滿了麝香蘭、貝母、大蒜等花卉。據介紹，大峽谷的蘭花有50多個屬，150種。
在峽谷茂密的森林中，有壹片由丁奉、格氏栲和魏紫組成的熱帶低山半常綠雨林。其中有通麥櫟林和姜雲櫟林，它們正由各種亞熱帶山地常綠闊葉林向溫帶針葉林過渡。它們在幹濕季都有明顯的落葉季節，很特別。所以國內有學者稱之為半常綠闊葉林。
據生態學家鄭偉烈介紹，在大峽谷中，海拔2500至2600米的地方，有雲南鐵杉、青岡和雲南櫟組成的針闊葉混交林。從2600米到3600米，有雲南鐵杉林、墨脫冷杉林、大果紅松林組成的亞高山針葉林帶。3600米至4000米之間，有杜鵑花灌木和柳樹、金銀花組成的雜灌木；4000米至4500米為高山流石灘植被；4500米以上是冰雪帶。不同的物種在不同的植被帶繁殖。