當時的青州刺史曹賁請求朝廷任命蘇軍為葉縣縣令，但蘇軍以生病為由拒絕接受任命。曹奔嫉妒蘇軍，獲得了大家的支持。他想成為壹個災難，想懲罰他。蘇軍害怕了，帶領數百弟子渡海南遷。到了廣陵，朝廷賞賜他遠道而來，任命他為鷹鷹將軍。適逢周建在彭城謀反。蘇君幫助官軍討伐周建，因功被任命為懷陵史，後升為蘭陵香。永昌元年(322年)，江州牧王敦造反，朝廷命蘇軍討伐王敦。蘇軍占蔔不吉利，猶豫不決，不肯前行。皇軍被王敦打敗，蘇軍投降了許儀。懷陵舊官許慎、艾毅也曾請求朝廷任命蘇軍為內史，朝廷認可他，賜他加奮威將軍的爵位。
泰寧二年(324)，任命蘇軍為臨淮土木史。王敦攻打都城建康，尚書命令郗鑒建議朝廷召來蘇君和劉霞幫助京都。王敦派蘇君的哥哥去勸蘇君:“既然能坐享富貴，何必來送死？”蘇君不聽遊說，率軍到京都，停在司徒舊居。由於長途跋涉和快速行進，士兵們非常疲勞。申沖和錢豐商議道:“北方軍剛到，經不起攻擊。進攻肯定會被打敗。如果現在猶豫，以後就很難制服了。”王敦君當夜去了朱朱，打開寨朱城門，正要出征。蘇軍帶領黃韓在南塘停下來，打敗了王敦軍。蘇軍跟隨郁亮打敗了申沖。王敦之亂平定後，蘇君升任特使、狀元將軍、溧陽文官。他加了壹個常仆，立少陵為公爵，占領了壹千八百個食邑。蘇軍本來就不是什麽大家族。他在混亂中把人們聚集成壹個家庭。臣服朝廷後，壹心立功，在平定王敦叛亂中為朝廷立下了汗馬功勞，威望逐漸提高。朝廷帶著壹萬精兵和精良的武器裝備，把江北托付給他。這時，蘇軍很得意。他自負，因為他有強兵，這助長了叛亂的意圖。他招納安撫亡命之徒，壹些犯罪的人逃脫了。蘇軍經常掩飾自己的躲藏。士兵越來越多，都靠政府供養，運輸車隊源源不斷。如果他們不滿意，他們將告上法庭。
泰寧三年(325年)，晉明帝·司馬紹去世，國民政府由宰相主持。衛戍軍郁亮要招蘇軍，蘇軍聽說要招他，就派司馬賀去見郁亮，說:“我在外面打賊打匪，實在無能，聽候朝廷調遣。如果我想得到法院的協助。”朝廷不聽蘇君的話，於鹹二年(327年)特發聖旨，招募蘇君為高級農夫，加常騎，並專任，讓弟弟蘇儀代替他接掌秦冰。蘇君壹直懷疑皇帝要謀殺他，所以他走到桌子上說:“從前，明帝拉著我的手，告訴我去北方與虎口作戰。如今中原未定，我為何要歸家？請賜青州偏遠小郡，讓我為朝廷效力。”法院還是不允許。蘇軍穿戴整齊，準備打電話，但還是猶豫不決。參軍對他說:“將軍要求去偏遠小縣城，是不允許的。恐怕沒有出路了。不如調兵遣將自衛。”如果蘇君順從，就不會被召。朝廷派人來勸他。蘇軍說，“臺灣政府說我要造反。我還能活著嗎？我寧願站在山上看球場，也不願到了球場再看山。以前國家危難，我卻過不了危險期。死兔烹狗，我卻要以死報答謀反者。”
蘇軍於是派許暉參軍聯合祖師，策劃起義，號召討伐郁亮。祖嶽派祖歡、劉旭去幫助蘇軍，蘇軍派黃韓、張謇去攻古蜀，進逼慈湖，殺了都督符濤和將軍司馬劉。蘇軍親自率領祖桓和劉旭數萬人從橫江渡河，進入淩口，與官軍作戰，屢戰屢勝。於是他掌管江陵舟山，帶領百姓順風放火，臺省府衙、軍營頃刻焚毀。於是攻占宮城，縱容士兵劫掠，侵占六宮，窮兇極惡，十分殘忍。驅逐朝廷官員服苦役，光祿勛王彬等人遭到毒打，被迫背著重物登上蔣山。脫光了衣服的男女，用破席子和爛草蓋在身上，沒草蓋的就坐在地上用土埋。哀嚎聲震動了宮城內外。當時政府有布匹20萬匹，金銀5000公斤，數億美元，絲綢數萬匹，其他物品也差不多。蘇軍把它們都燒了，丟棄了。只有郁亮兄弟因出具假信未被赦免。蘇浚被任命為驃騎統領兼尚書，被任命為尹，前將軍馬雄被授予將軍的稱號，祖桓被任命為將軍，益陽的被恢復為昔陽王，太宰兼尚書，司馬方的兒子司馬波也被恢復了原職。於是他被調到各個部門，安置自己的親戚和親信。政務都是蘇軍壹個人決定的。派入宜興，張謇、關商、弘惠入金陵。當時，溫嶠和陶侃已經在武昌發起叛亂。蘇軍聽到民兵興起，采取了在嘉寧參軍，返回占領石城，然後分兵抵抗叛軍的策略。蘇所領導的壹切都被打破了。文俏等人到達後，蘇軍將金城皇帝司馬燕遷到石城，強迫居民在後院聚集，以至於懷爾德命令他保衛花園城。文樵等人來了，在白石築了壹座堡壘。蘇軍率軍攻打要塞，差點被攻克。蘇到處搶劫，俘虜很多，軍力越來越強，所以起義軍士氣低落，很多人都有異心。朝中大臣來見起義軍，都說:“蘇軍奸詐，足智多謀，部下勇猛無敵。我們應該以天子的名義懲罰罪人，盡快消滅他；如果靠人的能力，不容易淘汰。”文巧生氣地說:“妳們都膽小。這是為了小偷。”但後來多次戰鬥失敗，文橋也怕蘇軍，關上攻打吳軍，燒了吳縣、海鹽、嘉興，把義軍全部打垮。黃韓再次進攻宣城，殺死了太守桓伊。關上又燒余杭，卻在武康被官軍擊敗，退守宜興。文橋、趙胤率領步兵壹萬人，從白石南下，向蘇軍主力挺進。蘇軍和匡效帶領八千人進攻。蘇軍令其子蘇朔、引數十騎，直抵趙陰，大敗趙。蘇軍見趙胤大敗，曰:“蕭肅可破賊。我不如蕭肅嗎？”他離開本部，帶領幾支騎兵北上深入敵陣，但沒有成功，準備沖回柏木皮。衙門彭生和李倩向他擲矛，蘇軍墜馬，被斬分屍，焚屍滅跡。