淳於越提起分封制的問題，秦始皇有點煩了。但宰相李斯等人認為“三代之事不足為慮”，主張郡縣制，並指責春等人“師古不師今”、“師古害今”，對秦始皇觸動很大。最後，秦始皇同意了李斯的觀點，采納了李斯“焚書”的建議，下令將外國的壹切史籍、私人收藏的儒家經典、諸子著作等典籍，交由官員限期銷毀。同時，禁止談論“詩”、“書”、“前事不忘”，違者將被判死刑，甚至死刑。燒書之後，民眾可以學習思想，讓他們向官員學習。
當時具體的焚書方法是:除了那些有關醫藥、占蔔、種樹的書籍外，凡是秦史家沒有記載，而由官府收藏的《詩經》、《尚書》和《百家爭鳴》的書籍，都要在命令下達後三十天內交給地方官焚燒。今後，凡私自談論古籍內容者，將被判死刑；如果他們用古老的真理攻擊現在的政治，他們全家都會被處死。如果官員對此壹無所知，他將被判處同樣的罪行。那些被命令在到達後30天內不得焚書的人將被懲罰在臉上紋身後在長城上苦幹四年。凡是願意學習法規的，只能向官員學習，不允許偷偷向以前的古籍學習。
就這樣，從首都鹹陽到偏遠的農村，到處都是被焚燒的書籍，大量的古文化書籍在無情的大火中化為灰燼，中國文化史上的第壹次滅絕從天而降。焚書的惡果不僅毀壞了許多重要的先秦典籍，而且對春秋戰國以來活躍的思想領域和理論探索者造成了致命的打擊，堵塞了秦代探索學術自由的道路，阻礙了先秦諸子百家思想文化融合的進程。
焚書的硝煙還未散去，“坑儒”風波又平起。“騙儒”的直接原因是方士侯生、盧生等人諷刺了先帝後逃亡。
戰國以來，陰陽五行學說盛行，壹切煉丹都是由陰陽五行演繹出來的。在燕齊沿海地區，出現了壹批講仙術的方士。他們聲稱渤海有蓬萊、方丈、瀛洲三座神山，上面生長著長生不老的丹藥。秦始皇稱帝後，為了長生不老，迷戀神仙之道，不惜重金派遣徐福、韓忠、後宮、史聖等人尋找長生不老藥。由於多次嘗試未果，秦始皇不滿，脾氣越來越暴躁，易怒，喜怒無常。
侯生和魯生是當時秦始皇身邊的方士。由於他們長期尋求神仙和靈藥，他們也很緊張。根據秦律，藥不應驗，就要處死。他們從醫生的經歷中得知自己的命運會很糟糕；從秦始皇的暴無常，感覺自己的末日就要來了。他們對秦始皇“暴性自用”、“專職獄吏，獄吏僥幸”嗤之以鼻。他們互相商量著:像這樣靠懲罰和殺戮來建立權力，貪婪而強大的人，不能為他求仙藥。於是侯生和魯生悄悄拿了秦始皇的錢，約好了逃跑。秦始皇大怒。他以為自己已經豐厚的回報了魯勝，對他很好，但是侯勝和魯勝卻用這樣惡毒的話來汙蔑自己甚至逃跑，決定嚴懲。於是秦始皇下令讓神醫調查那些在背後誹謗他的文人。被逮捕審問的人受不了這種殘酷的懲罰。為了給自己開脫，他們把別人壹個個揪出來，四處爬，壹下子查出460多名方士、儒生有嫌疑。秦始皇壹怒之下，沒有詳細審問核實，就讓人在鹹陽城外挖了個大坑，把他們都活埋了。事實上，在這460多人中，真正反對秦始皇的只有少數人，大部分人都是帶著怨氣死去的。始皇帝的長子傅肅認為這樣做太殘忍了。他對秦始皇說，天下初定，遠處的貴州頭還沒穩。“學生皆誦孔子之教，今皆歸案，恐天下不安。”秦始皇不僅沒有醒悟到自己的殘暴，還把傅肅貶為商都。
根據史書上的記載，秦始皇焚書坑儒的事實是比較清楚的。但也有人認為，這件事之後還有壹些問題，比如秦始皇是誰的坑？
章太炎、顧頡剛等大師指出，焚書確實是事實，但從未發生過。秦始皇的怒火直指方士。按理說，當時坑裏的460人是方士而不是背誦孔子的儒生。至少在這400多人中，儒家學者寥寥無幾。《鹽鐵論》說:“燕齊士解鋤頭，辯仙魔，故有數千人有誌於鹹陽。”投手中沒有煉丹師，這無論如何也說不過去。秦始皇時期儒生在社會上的地位高於戰國時期，方士覆滅後儒生的社會政治地位並未受到影響。皇帝東巡後，齊魯地區的70名儒生被任命為博士，跟隨他到泰山舉行禪修。在漢代，儒家對此並不太在意，也很少有人談及。西漢中期，人們說起這件事，只說“套住術士”。沒人說是誘捕儒生。
西漢六年(81年前)最早將此事描述為“詐儒”的是桑弘羊。但距離事發已有100多年，說法的準確性存疑。但這種說法在後世被很多人繼承，而且愈演愈烈。盡管如此，仍有部分儒生對此持謹慎態度，如韓愈、蘇軾等，仍稱之為“捕殺學士”、“屠夫”。
大部分人認為有欺騙儒家的，而這400多人中，儒家占了大多數。而且根據壹些史料記載，秦始皇似乎不止壹次地欺騙儒家。唐代顏師古引用魏宏《漢書·禦制文序》和孔《尚書·正義》說:“秦始皇焚書後，擔心天下人不遵其法令，遂召眾學生，凡到鹹陽者，皆拜為郎，前後七百人。很快它就被命令在冬天裏山坑山谷溫暖的地方種瓜。當甜瓜成熟時，他請朱升博士談論它。儒生冬天種瓜真的很困惑。吵得大家各說各的觀點。於是始皇帝讓大家都去看看，並派人提前在這個地方設置了機關。儒生到來後，大家還在互相爭論。秦始皇命令人們觸發機關，從上面填土。很快所有儒生都被壓在下面，不壹會兒就沒聲音了。”魏宏的記載，當然是來源於傳聞，這件事在史書中是沒有記載的。不知道和之前的“坑儒”是不是壹回事，因為沒有證據所以今天也無法得知。
從此，歷山又被稱為坑儒谷，在漢代，它被稱為儒鄉。有學者考證，此谷位於臨潼縣城西十公裏的洪慶堡，洪慶堡過去也叫文保。據劉修明先生實地考察，坑儒谷位於今臨潼西南五裏的壹條窄而深的山谷中，“溫泉水脈縱橫，反季節可生果”。山谷兩邊都是高坡陡山。只要扔黃土石頭，守著谷口，進去的人別說幾百，就算上千也逃不掉。
有人認為秦漢時期的儒生也做過方士，方士也可能做過儒學。侯生和魯生在給秦始皇找藥。明明是魔術師，他攻擊秦始皇的話聽起來卻和儒生壹模壹樣。從當時的實際情況來看，始皇帝是迷信煉丹的，純粹的儒家思想顯然是不可接受的，所以儒生同時研究煉丹或者拋棄儒家思想專門研究煉丹應該是可以的。
“焚書坑儒”是否有利於社會發展，也是壹個歷史之謎。
很多人認為焚書坑儒沒有什麽好的效果。郭沫若認為:“書燒了，其實還是其次。自春秋末年以來，自由思想的精神實際上受到了致命的打擊。”林建明等秦漢史專家指出，秦始皇下令焚書坑儒，造成了中國文化的流失，先秦時期的許多重要文獻和古籍被焚毀。秦始皇為了追求長生不老，行使巨大的權力，肆意殺人，充分顯示了他的愚蠢和殘忍。有人進壹步認為，焚書坑儒是秦朝由盛轉衰，迅速滑向滅亡的轉折點。焚書坑儒的出發點是錯誤的，方法和手段是殘忍愚蠢的，效果是加速了秦朝的滅亡，所以應該徹底否定焚書坑儒。
有人認為焚書坑儒要具體分析，評價不能走極端。著名歷史學家嚴伯贊指出，焚書坑儒給古代文獻保存和學術教學造成了巨大損失。但在當時統壹與分裂鬥爭激烈的時代，秦始皇用這種手段打擊復活封建貴族政治的反動思想是有積極意義的。有學者認為，秦始皇焚書坑儒的做法在當時的歷史條件下有其進步的作用，但我們不應不加批判地贊揚秦始皇的措施。畢竟簡單粗暴的焚書做法對文化的發展是非常不利的。
也有壹些人對焚書坑儒持肯定的看法。著名學者何子全認為，不能單純從焚書的角度來看待秦始皇焚書。秦始皇焚書是兩次思想鬥爭的結果，壹次是當時進步與反動思想的鬥爭，壹次是進步與反動的政治鬥爭。焚書是禁止“是非”反動思想的壹種手段。為了取締反動思想而焚燒古代文獻是粗暴的，但卻是進步的。坑儒是焚書事件的延續，意義和焚書是壹樣的。學者們指出，秦始皇在那個歷史階段的政治方向是正確的，但他在實施的方法上並不高明。李斯的“焚書”建議並沒有完全變成始皇帝的制書，也沒有完全付諸實施。“焚書坑儒”之後，秦代包括儒學在內的文化學術的傳授並未中斷，《史記》的真實性逐漸得到證實，積極否定了“焚書坑儒”對古代文獻保存和文化學術的傳授造成重大損失的說法。至於“詐儒”事件，則是秦統治集團關鍵內部政治的典型表現。
今天看來，秦始皇焚書坑儒，目的是統壹思想，壓制那些反對中央集權的思想和言論，但他的做法太過分，太殘忍。焚書毀了秦以前長期積累的文化財富，坑儒殺了很多精神財富的創造者。從此以後，秦朝朝廷中真正有學問的人就大大減少了，而那些專門諂媚欺上瞞下的漢奸，比如趙，也逐漸成為了秦始皇身邊的重要人物，秦朝也確實從此開始走下坡路。秦始皇是壹個偉大的皇帝，他完成了統壹大業，同時他對人民實行殘酷的統治。