苗族的主要信仰是自然崇拜、圖騰崇拜、祖先崇拜等原始宗教形式，苗族社會迷信鬼神，巫術盛行。
苗族人往往認為壹些巨型或奇形怪狀的自然物是靈性的體現，所以崇拜它們，向它們供奉祭品。其中，典型的自然崇拜對象是巨石(怪石)、洞穴、樹木和山脈。此外，苗族人認為某些自然現象或物體是神靈或鬼神，苗語往往不區分鬼神，或兩個詞都用。大多數情況下，鬼魂被視為被遺棄或被冤枉的靈魂和工具，往往會給人類帶來災難、疾病、瘟疫或其他不幸。比如所謂的東方鬼，西方鬼，母豬鬼，吃貨鬼，老虎鬼，就叫惡鬼。具有靈性的自然現象，往往被視為善鬼，具有壹定的神性，如山神、谷神、棉神、風神、雷神、雨神、太陽神、月神等。苗族人祭祀善鬼和惡鬼的方法不同。好鬼受禮迎，祭祀誠。惡鬼必須被賄賂和哄騙，直到他們被趕走。
苗族人也相信自然界有很多妖怪。比如牛把屎蓋在身上或者在馬廄裏打轉，把屎踩成圈，豬吃小豬或者臥槽，鴨子吃鴨蛋，老虎進場，遇到兩條蛇，母雞打鳴公雞。
苗族地區對人造物品的崇拜有土地菩薩、土地奶、家庭神、祭祀橋、水井等。土地公菩薩的苗語叫土地鬼，壹般由幾塊石頭組成。土地房屋多為木質或三塊石板搭建而成，極為簡陋，位於村莊旁的路口或路邊的行人休息處。家族神信仰存在於川、黔、滇方言的部分苗族中，即在家中設立“家族神”偶像。祭祀橋流行於黔東南大部分地區。龍也是各地苗族人崇拜和祭祀的對象。
圖騰崇拜。東部很多苗族、瑤族都崇拜盤瓠(壹種神犬)。他們祖祖輩輩都被講著“女神、母親、狗爸爸”的故事，把盤瓠當成自己的祖先。中部地區的壹些苗族人認為他們的祖先江洋起源於楓樹的心臟，所以他們把楓樹視為圖騰。在其他地區，苗族以水牛和竹子為圖騰崇拜對象。
祖先崇拜在苗族社會中占有非常重要的地位。他們相信祖先雖然死了，但他們的靈魂會永遠和他們的子子孫孫在壹起，在節日裏會用酒肉來祭拜他們，甚至在日常飲食中也是如此。在許多地區，定期或不定期舉行祭祖儀式。湘西有“打豬棒”“打牛祭祖”，黔東南有“吃屎”，黔中有“敲巴郎”，黔西北、滇東北有打老牛的習俗。其中，黔東南州吃臟肉現象依然盛行，最為典型。吃臟又稱鼓節、鼓社節、鼓儲節，以宗族(鼓社)為單位，每七、十三年舉行壹次。他們認為祖先的靈魂住在木鼓裏，祭祀鼓就是敲木鼓召喚祖先的靈魂來享受子孫的祭品。祭司被稱為臟頭，獻祭的臟牛就是為此而專門飼養的。每次祭祀活動持續三年。
苗族人相信巫術。主要的巫術活動有過陰、占蔔、神判、祭鬼等。，除了魔法。巫術活動由巫師主持。巫師大多不專業。他們在上面提到的各種初級崇拜和巫術活動中扮演著主持人的角色，壹些當地的巫師還擔任著村落長老。巫師除了熟悉祭祀方式外，大多能說出本氏族的族譜、本民族的重大歷史事件和遷徙來源的路線，熟悉各種神話傳說、古歌古語和民間故事。有些巫師還具有歌手和舞者的功能。因此，巫師是苗族傳統文化的重要傳承者，在苗族社會中扮演著知識分子的角色。此外，巫師也有壹定的醫術，懂得壹些草藥。在驅鬼的同時，輔以科學的醫療手段。
除了這些原始信仰外，近代以來，隨著西方傳教士深入中國內地傳教，滇黔川邊區、貴州凱裏、湖南沅陵等地的部分苗族群眾皈依了基督教，滇東南少數苗族群眾信仰了天主教。中華人民共和國成立後，基督教和天主教的影響力壹度下降，近年來有壹定的恢復趨勢。