提前全額預算。非農建設項目申請初期，應充分考慮耕地占補平衡，在投資預算中安排耕地開墾資金。
耕地開墾費專款專用。地方收取的耕地開墾費應當專戶儲存，專項用於土地開發整理，確保占補平衡新增耕地的數量和質量。
加強統籌規劃。以土地利用總體規劃確定的規劃期耕地占用指標為基礎，以土地整理復墾開發專項規劃為平臺，統籌安排規劃期補充耕地任務，通過實施土地利用年度計劃，落實各年度補充耕地任務。
完善耕地儲備制度。建立健全補充耕地儲備庫，優先實施土地整理復墾開發項目。將可用於占補平衡的補充耕地納入耕地儲備，及時備案，統壹分配。
全面實行先補後占。壹個省(自治區、直轄市)、壹個市、縣報批建設用地前，要先完成補充耕地，做到先補後占。同時，建立耕地占補平衡臺帳，確保補充耕地的真實性。
加強補充耕地項目管理。嚴格加強占補平衡補充耕地項目管理，做好項目立項、設計、實施和驗收工作。采取工程措施和經濟措施，促進耕地土壤剝離利用，鼓勵新增耕地地力提升，提高補充耕地質量。
加強耕地占補平衡的動態監管。市縣國土資源管理部門負責補充耕地項目實施的跟蹤檢查和實時監管，並報國土資源部備案。建設用地審查，充分發揮建設用地監管平臺作用，核實補充耕地情況，確保耕地先補後占。
加強耕地占補平衡考核。通過年度省級政府耕地保護責任目標檢查或考核，重點檢查各地耕地占補平衡落實情況，並對發現的問題進行整改。根據檢查考核情況，派駐各地的國家土地督察局督促有關地方人民政府落實耕地占補平衡。
有條件的地方可以探索耕地占補平衡市場化運作模式，鼓勵社會資金參與補充耕地。
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《國土資源部關於全面實施耕地占補平衡有關問題的通知》(國土資發〔2009〕31號)第二條規定，耕地開墾費使用單位或市、縣、鄉鎮凡使用新增建設用地土地有償使用耕地的，按規定不得用於占補平衡；資金捆綁使用的，按比例確定可用於占補平衡的補充耕地面積。