哈利自己逃出了月經的房子。半夜，他正獨自在街上走著，突然看見壹只可怕的黑狗。幸運的是，壹輛來自魔法世界的騎士巴士及時趕到，救出了哈利，並把他帶到了倫敦。在倫敦，哈利度過了壹段快樂的時光。他不僅看到了許多奇怪的魔法物品，還完成了自己的論文。奇怪的是，他還遇到了壹本叫《死亡預兆》的書，封面是他離開月經家那晚看到的黑狗。壹種不祥的預感讓哈利覺得會有可怕的事情發生。
暑假結束時，哈利還在倫敦見到了他的兩個好朋友赫敏和羅恩。從他們口中，哈利得知了壹件可怕的事情。小天狼星——那個據說背叛了父母的惡棍——從阿茲卡班逃出來，他的目的很可能是繼續傷害哈利。
當哈利聽說小天狼星要傷害自己時，他並不害怕。在回霍格沃茨魔法學校的火車上，他遇到了攝魂怪，壹個讓他毛骨悚然的怪物。是阿茲卡班監獄派來逮捕小天狼星的，哈利波特每次碰到攝魂怪都會暈倒。幸運的是，新的魔法老師魯平教授幫助了哈利。
哈利·波特和他的兩個好朋友羅恩和赫敏正在進入霍格沃茨魔法學校的第三學年。這些青少年被迫面對他們最大的恐懼，去對付壹個危險的逃犯和壹群本該保護他的攝魂怪。
魔法學校又開學了，來了很多新同學。哈利也回到了他的同學和朋友身邊。新老師的新課程讓他的生活又變得新鮮刺激。新來的魔法老師魯邦的課非常有趣，但是占蔔課讓哈利感到更加害怕。斯內普仍然像以前壹樣反對他。有趣的是，海格也當了老師，教他們養壹些奇怪的動物。有壹天，海格教他們靠近巴克比克(壹只巨大、兇猛、脾氣暴躁的鷹頭獅)，小壞蛋馬爾福激怒了他，於是巴克比克踢傷了馬爾福。
被巴克比克打傷的馬爾福立即向魔法部告發了海格。他想取消海格的教師資格，處決鷹頭獅巴克比克。在巴克比克被處決的那天，哈利、赫敏和羅恩來到了海格的小屋。他們想安慰海格。出乎意料的是，他們在小屋裏沒有找到海格，卻發現了壹只神秘的黑狗和羅恩的寵物鼠。
哈利和他們三個好奇地跟著黑狗和斑斑，發現他們鉆進了壹個隱蔽的山洞，於是他們爬了進去。爬了壹段漆黑的路後，哈利和其他人來到壹所小房子前，他們突然被嚇了壹跳:在房間裏，壹個蓬頭垢面的男人正和壹個侏儒以及斯內普教授打架。斯內普教授告訴哈利，那個不修邊幅的人就是殺死哈利父母的小天狼星。
看到殺死父母的敵人，哈利憤怒地揮舞著魔杖，指向小天狼星。就在這千鈞壹發的時刻，壹個人突然沖進房間，把哈利打倒在地。這個人是魔法老師魯邦教授。原來小天狼星不是殺死哈利父母的人。事實上，真正的兇手是壹直潛伏在羅恩身邊的老鼠。這只老鼠實際上是詹姆和莉莉的另壹個朋友小矮星彼得。
原來在學校，詹姆、小天狼星、魯邦和小矮星彼得都是好朋友。由於魯邦的狼人身份，其他三個好朋友設法學會了阿尼瑪格斯，壹種可以把自己變成動物的魔法。詹姆是壹只牡鹿(以哈利的守護神的形式)，小天狼星是壹只大狗，小矮星變成了壹只老鼠。每當月圓之時，魯邦變成狼，詹姆和小天狼星就變成牡鹿和大狗與它搏鬥，防止它傷害別人，而小矮星的老鼠則跑到打人柳那裏按住靜態開關，這樣就可以通過秘密通道到達傳說中鬧鬼的“尖叫小屋”，讓魯邦遠離人群，度過那個難熬的夜晚。魯邦沒有被他的好朋友拒絕，因為他是壹個狼人。相反，他壹直受到詹姆和小天狼星的保護。另壹方面，小矮星總是因為有詹姆和小天狼星這樣的朋友而受寵若驚。
當伏地魔掌權的時候，鳳凰社的所有成員，包括詹姆和莉莉，都轉入地下工作。那時哈利剛剛出生。詹姆和莉莉住在蛇發女怪山谷的壹個秘密地方。他們的藏身之處受到“忠誠詛咒”的保護，他們的好朋友小天狼星成為他們的秘密守護者。當時情況非常危險。小天狼星擔心他的秘密守護者的身份會被伏地魔利用來傷害詹姆和莉莉。於是，他做了壹個決定，那就是讓卑微的小矮星彼得代替他成為詹姆和莉莉的秘密守護者。他認為小矮星不會引起伏地魔的註意。然而，小矮星天生的懦弱和膽怯讓他屈服於伏地魔。他出賣了自己的靈魂，成了伏地魔的仆人。他告訴伏地魔詹姆和莉莉藏在哪裏。詹姆和莉莉死了，但小哈利活了下來。伏地魔成了漂浮在人間的遊魂。
當小天狼星得知小矮星的背叛時，他瘋了。他找到了小矮星，想和他決鬥。小矮星知道自己比小天狼星好不了多少，就在倫敦的壹條街上施放了爆炸咒，殺死了十三個無辜的麻瓜，還切下了自己的壹根手指放在爆炸現場。做完這些後，他變成了壹只老鼠，從下水道裏逃了出來。當魔法部的傲羅到達現場時，他們想當然地認為小天狼星是因為害怕罪惡而逃跑，並且殺死了那麽多無辜的麻瓜。他們逮捕了小天狼星。小天狼星因為失去好友的巨大悲痛和告密者的深仇大恨而變得絕望，毫無反抗地被投入阿茲卡班監獄。而小矮星則被視為抵抗敵人的英雄，他被截斷的手指成為他“英雄事跡”的證據。
當哈利終於相信了真相，他終於明白小天狼星是忠誠的，他是哈利的教父。當小天狼星和魯邦準備殺死小矮星，為詹姆和莉莉報仇時，哈利阻止了他，因為他認為小矮星應該受到審判，他的罪行應該被公之於眾，這樣小天狼星才能被證明無罪。沒想到，小矮星變成了壹只老鼠跑了。
小天狼星、魯邦、哈利、羅恩、赫敏和斯內普沖過去想抓住小天狼星，卻被哈利嚇呆了，他們壹起回到了城堡。沒想到，是月圓之夜。沒有喝藥水的魯邦去了夜空，看到了滿月，變成了壹只狼，開始攻擊變成了壹只大狗的小天狼星。小天狼星抵擋不住攻擊，摔倒了。其余的人都驚呆了。正在這時，攝魂怪來了。數百個攝魂怪穿過湖面，來到哈利和小天狼星面前，遠處傳來魯邦的嚎叫聲。此時的哈利已經虛弱到無法變身守護神保護大家。就在攝魂怪要親吻哈利的時候，壹個身影出現了，變成了守護神，趕走了攝魂怪，拯救了大家。哈利相信那個人影是他的父親詹姆。
當哈利、羅恩和赫敏回到城堡時，鄧布利多提醒赫敏，她可以用時間轉換器拯救“不止壹條生命”。哈利和赫敏帶著時間轉換器回到了午後。他們藏在海格的小屋外面，放走了巴克比克，讓劊子手的手空空如也。然後，他們在打人柳外面等著，等著魯邦變成狼人。壹切都在重演。哈利渴望再次看到救他們的那個身影，但是那個身影沒有出現。這時，赫敏突然意識到救他們的人其實是哈利本人。哈利由此相信，自己的力量可以幫助他渡過難關。
此時的小天狼星已經被斯內普關了起來，因為真相還沒有被大家知道，小天狼星即將再次被投入阿茲卡班監獄。哈利和赫敏不得不趕緊去救小天狼星。他們穿過樹林找到了巴克比克，釋放了小天狼星，讓小天狼星在巴克比克逃走了。
當哈利和赫敏做完這壹切回到城堡的時候，時間剛好指向他們通過時間轉換器離開的時間。他們成功地做到了，但是他們改變了歷史，沒有被任何人發現。
這是劇情。