朱元璋在建都鳳陽的過程中曾計劃與群雄逐鹿，朱元璋曾選擇金陵(今南京)作為根據地。金陵地勢險要，北面有長江天險，自古以來就是兵家必爭之地。三國、東晉、南朝宋、齊、梁、陳，五代十國的南唐都曾以此為都城。朱元璋攻取晉、陵後，改稱應天府。洪武元年(1368)正月，朱元璋在應天稱帝，上諭中稱應天為都城。
但朱元璋對應天並不滿意，所以應天沒有正式確立為國都，原因有三:壹是歷史上以應天為國都的朝代都很短暫；二是應天位於東南，不方便控制全國。第三，應天地處江左，城防有隱患，作為國都不是很理想。
後來朱元璋派兵攻占汴梁(今河南開封)後，有人建議建立汴梁都城。朱元璋非常重視，親自到汴梁實地考察。他認為汴梁位置適中，但無險可守，四面受敵，地形明顯不如南京。但考慮到汴梁是宋朝舊都，當時西北未定，需要將汴梁作為運糧、運草、補充兵力的基地。所以朱元璋借鑒了古代的南北京制，以應天為南京，汴梁為北京。南京這個名字就是從這個時候開始使用的。
洪武二年(1369)八月，朱元璋平定陜西，定都之議再起。主要候選城市集中在長安、洛陽、應天、汴梁、北平，大臣們意見不壹。眼看各路大臣意見難以統壹，朱元璋誰也說服不了，甚至異想天開地提出了以林好(元代稱濠州，洪武七年改名鳳陽，安徽鳳陽縣)為都城的想法。
林好是朱元璋的故鄉，在這裏建都，顯然包含了朱元璋想祭祖回鄉的私心。但大臣們不敢反對。因此，朱元璋下令在建造林好都城時要遵循南京條例。就這樣，明朝開國之初，應天、汴梁、林好並存。
之後朱元璋壹直有以鳳陽為大明都城的想法。只有劉基(也就是劉伯溫)堅決反對。他認為鳳陽根本不適合做國都。"鳳陽雖是帝王鄉，卻不是都城."
洪武三年(1370)，太祖朱元璋采用漢高祖劉邦學徒的辦法做天下首富，下令搬遷鳳陽14萬戶。江南壹帶的富戶全部遷到鳳陽，不準私自離開。因為東南被朱元璋的宿敵張士誠占領，這裏的很多人都對張士誠有所貢獻。朱元璋此舉實際上是為了打擊東南地區的文人和地主階級。
洪武八年(1375)四月，朱元璋突然改變主意，下令停止修建。此時已經建了六年了，宮殿也挺大的。大家對此感到不解。朱元璋解釋說，停建的原因是浪費人和錢。
其實還有更深層次的原因。朱元璋身邊很多英雄都是他的同輩，江淮人在高官中占很大比例。江淮豪傑以成績為榮，經常違法亂紀，在朝結黨營私。朱元璋稱帝後不久，開始加強中央集權，對臣下任人唯親非常警惕？。他擔心建都鳳陽會助長江淮集團的勢力。
遷三山填燕洪武十壹年，朱元璋正式發函，以南京為首都。多年來懸而未決的資本問題正式結束。
朱元璋稱帝後，開始修建南京城墻和宮殿。周莊富豪沈萬三，史稱“聚寶盆”，富如敵國。當時朱元璋攻打張士誠，張士誠堅守蘇州八個月，得到蘇州鄉紳的大力支持。破城後，朱元璋對那些為張士誠出力的人恨之入骨，於是對江南加稅，對沈萬三采取加稅政策。
沈萬三是個精明的商人，他主動拍朱元璋的馬屁，希望得到安寧。朱元璋下令修建南京城時，沈萬三“幫助修建了都城的三分之壹”，也就是今天南京城墻的中華門到水西門壹段。城墻修好後，朱元璋還算滿意，就沒對沈萬三怎麽樣。
但禦史們還是時不時的來沈萬三找點事，其實就是想訛點錢。壹勞永逸，沈萬三主動提出為明軍出錢。結果這句話讓朝廷犯忌。朱元璋大怒，認為壹個老百姓居然要獎勵皇帝的軍隊，是別有用心。多虧了馬史皇後的仁慈，她救了她的命，沈萬三的財產被沒收，並被送往雲南流放。沈萬三從沒吃過這種苦，不久就死在了雲南。他的屍骨不敢運回江南老家，葬在大理。
再來說說南京故宮的建設。南京作為舊王朝的古都，已經有了規模宏大的宮城。但朱元璋拒絕使用舊王朝的宮城，計劃新建壹座宮殿。他主要是擔心舊宮風水不好，怕重蹈前朝短命的覆轍。
劉基奉命為新宮殿選址。根據劉基的調查，宮城的位置應該在中山的“龍頭”前面，所以有“帝王之氣”。劉基選擇的風水寶地是燕雀湖所在地。
就建造宮殿而言，燕雀湖地勢低窪，離外城太近，戰時容易受到城外敵軍的威脅，不是理想的地點。於是，為了建造新的宮殿，朱元璋動員了幾十萬民工來填湖。燕子湖填平後，為了防止地基下沈，在寺廟地基下打入無數密密麻麻的木樁，蓋上巨條，然後在上面修建宮殿。因為填湖工程非常龐大。需要大量的的士石，所以南京有“三山填雀”的傳說。
據說南京城和宮殿建好以後，朱元璋帶領大臣們來到紫金山，俯瞰都城的風貌，炫耀地問他們:“我的都城建得怎麽樣？”大臣們自然是贊不絕口。只有14歲的四皇對朱迪說:“紫金山上布滿了大炮，炮彈打到了紫金城。”朱元璋定睛壹看，不禁出了壹身冷汗。原來南京都城周圍山巒起伏，壹些重要的制高點都在城外，比如東邊的中山，南邊的雨花臺，北邊的幕府山，這是城防大忌。朱元璋生氣了，但當時沒有進攻。回國後，他讓太監送壹盤橘子給負責規劃建城的劉基。劉基知道皇帝責怪自己計劃不周。他想剝橘子，抽筋吃肉。他嚇壞了，連夜逃進茅山避禍。
這只是壹個傳說。但是，有壹個真實的故事，因為寫了壹塊激怒朱元璋的匾額而被斬首。
“門”字直接向下到底部，沒有向上的鉤子。這種書寫方法始於宋代。相傳宋朝遷都臨安後，玉蝶殿失火，載臣說宮匾中“門”字有鉤足和火筆，故稱火。從此以後，寫宮匾“門”時，最後壹筆都是直下，不勾腳。朱元璋打書詹西元(明代著名書法家)書寫宮門匾額。詹寫的時候把最後壹個豎方向的“門”字勾的高壹點。朱元璋見狗後大怒，下令將詹西元斬首。
朱元璋壹生中最大的遺憾
盡管采取了各種有效措施，但在朱元璋的晚年，建在燕雀湖上的宮殿地基依然下沈。
古代皇帝建造宮殿時，都是建在南低北高的地形上，意思是步步高升，壹代比壹代強，山河可以代代相傳。明故宮沈沒後，地勢南高北低。宮城前高後低，總讓人感覺情況不平衡。按照陰陽家的說法，這是亡國滅種的征兆。對於迷信風水的朱元璋來說，這是壹個不祥之兆。朱元璋對都城南京已經感到有點美中不足，此時又添R層心臟病。
洪武二十四年(1391)，朱元璋派太子朱標巡視關中。頗有遷都關中之計。當時明朝的主要威脅是古草原上的北元殘余。繞道西北可以加強北方邊防，穩定邊境。朱元璋沒有考慮北平，因為他想把它留給他最寵愛的第四個兒子朱迪作為封地。朱元璋的次子秦王對此事頗有怨言，因為如果國都遷到Xi安，他就沒有封地了。為此，朱元璋還扣留了秦王，但為了太子朱標的求情，差點廢了秦王。
朱標王子詳細考察了Xi安和洛陽，對兩地進行了比較，並在朱元璋返回後向他贈送了壹張陜西地圖。朱標王子個人傾向於選擇Xi安作為首都。因為Xi安曾經是西漢和唐朝的都城，所以它充滿了傲慢。
然而，世事難料，第二年太子朱彪就死了。原本可能再次輝煌的Xi安再次陷入了壹段灰暗的歷史(公元1644年，起兵反抗明朝的農民起義軍首領李自成在Xi安稱王，定都Xi安。從那以後，Xi再也沒有機會成為國家的首都。
太子朱標死於壯年，白發人送黑發人。年近七旬的朱元璋受到重創，再也沒有精力和心情考慮遷都。當年年底，他親筆寫了壹篇文章《祭壹廚竈》，傳達了“我經營天下幾十年，壹切按古準備”的感慨。只有富裕城市在蕭條前後，情況就不多說了。本想遷都，如今老了，累了，天下初安，不想為民效力。而繁榮和浪費有幾個原因，只好聽天由命了。我只願以此心取經，祝福我的孩子。”
從此，資本就是壹件事。成了朱元璋壹生最大的遺憾，直到去世也沒有得到妥善解決。朱元璋死後四年，他的繼承人惠帝·朱允炆被他的叔父燕王朱迪篡位，朱生死不明。許多占蔔師對這壹劇變大做文章，並將其歸因於南京宮的風水不好。