博物館裏有四個展廳。第壹展廳主要展示納西族起源、部分出土文物、東巴文化及東巴文化大師、三江並流、茶馬古道沙盤、麗江民族服飾等。第二展廳主要展示東巴相關器具、東巴聖地及名村、東巴占蔔方法、納西傳統木屋等。第三展廳主要展示東巴象形文字、東巴造紙工藝、東巴經書在世界各地的收藏和傳播、納西東巴節的內容和形式。第四展廳,以前展出過納西族東巴教、神聖路線圖、東巴樂器和藝術品。現在由於與省外博物館交流,展出省外第壹次交流的民族服飾和文化。
館內有壹個很大的四合院,院內的墻市上陳列著麗江著名書畫家的作品。
麗江博物館每月第壹周和第三周的周壹閉館,其他時間開放。