2089年，考古學家伊麗莎白·肖(Elizabeth Shaw)和查理·霍洛韋(Charlie Holloway)在蘇格蘭斯凱島做考古時發現了壹個古老的瞬間，發現這是壹張星圖，與在其他幾個不相關的古文明遺址中發現的數字壹致。他們認為這是外星人造訪地球的記錄，人類是外星人創造的。他們把外星人稱為“工程師”，把發現的星圖視為邀約。
韋蘭公司年邁的首席執行官彼得·韋蘭(Peter Weyland)提供了壹支探險隊的資金，讓他們登上普羅米修斯號，根據地圖前往遙遠的星球LV-223。在航行過程中，船員處於休眠狀態，人形機器人大衛監控著旅程。當這艘船於1993年抵達目的地時，船員們得知他們的任務是找到工程師。此次任務的負責人梅雷迪思·維克斯(Meredith Vickers)下令，未經她的允許，船員不得接觸外星生命。
“普羅米修斯”號在壹座大型人造建築附近著陸，船員們組織了壹個小組進去檢查。在其中，他們發現了許多石瓶，以及壹個巨大的人形雕像和壹具頭部不同的外星人屍體。蕭找到了它的頭。他們還發現了很多其他的屍體，所以推測這個物種應該是死在那裏的。探險隊中的米爾本和費菲爾德對這次任務的真實目的感到不安，要求返回普羅米修斯，但他們在廢墟中迷路了。
普羅米修斯探測到壹場風暴迅速逼近，要求探險隊提前結束調查，返回母船。科考隊把外星人的頭拿到船上檢驗，發現工程師的DNA與人類壹致，但檢驗導致外星人的頭部碎片爆炸。大衛偷偷拿了壹個石瓶到船上，左邊的石瓶開始呈現黑色液體。
大衛打開石瓶研究裏面的黑色液體，不久霍洛韋進來說願意付出任何代價找到答案，於是大衛故意在飲料裏摻了壹點黑色液體，遞給毫無防備的霍洛韋喝。此後不久，肖與霍洛韋發生性關系，第二天霍洛韋在洗手臺鏡子中發現自己眼中有黑色異物閃動。
米爾伯恩和費爾菲德在大樓裏發現了壹個大石瓶。黑色的液體不斷從石瓶中滲出。壹只類似蛇的生物咬了米爾伯恩的防護服並殺死了他，然後噴出壹種腐蝕性液體融化了費爾菲爾德的頭盔，頭盔也掉進了壹片黑色的液體中。其他船員回來後發現了米爾伯恩的屍體。單獨行動的大衛找到壹個控制室，裏面有壹個幸存的工程師還在睡覺，還有壹張以地球為目標的星圖。
與此同時，霍洛韋的身體狀況急劇惡化，肖急忙將他送回普羅米修斯號進行治療，但維克斯拒絕讓他上船，在爭執之下她用火焰噴射器將他燒死。後來，當大衛為小進行醫學掃描時，他發現不能生育的小懷孕了。她害怕孩子可能與霍洛韋的死有關，於是用船上的自動手術臺從她的腹部取出壹個形似烏賊的生物。後來，蕭發現彼得·韋蘭也在船上。他打算請工程師幫他延長壽命，他也是維克斯的父親。
菲菲爾德突然變成壹個可怕的怪物，襲擊了普羅米修斯號的機庫，殺死了幾名船員，然後被其他船員殺死。普羅米修斯號船長Janek推測，這座人造建築是工程師的軍事設施，而黑色液體是致命的生物武器，它的失控導致了該設施的廢棄。他還相信這棟大樓裏有壹艘太空船。
韋蘭和其他幾個人在大衛的陪同下抵達控制室，肖緊隨其後。大衛叫醒了休眠的工程師，然後開始向對方解釋韋蘭的期望。沒想到，工程師扯下了大衛的頭，殺死了韋蘭和他的船員。只有肖成功逃脫，然後工程師重新啟動了飛船。肖告訴詹尼克，工程師的目標是地球，他打算在地球上釋放那種可怕的黑色液體來毀滅人類，並要求他停止工程師的飛船。
詹尼克跳出救生艇，將普羅米修斯撞上了壹艘外星飛船，導致他自己和另外兩名飛行員喪生。維克斯從救生艇上逃脫，但被被工程師嚴重損壞的船壓死。小上了救生艇，發現自己的外星人後代還活著，而且長得很大。大衛的頭部功能還是正常的。他警告肖，工程師還活著。工程師強行打開救生艇氣閘攻擊肖，肖放出外星後代保護自己。雖然工程師奮力掙紮，還是被怪物的產卵器制服並刺中喉嚨。
小找到了大衛的殘骸，大衛說他可以幫助小乘坐另壹艘外星人的飛船返回地球，於是他帶著大衛分離的身體前往另壹艘飛船，請求大衛幫助他前往外星人的母星，詢問他為什麽要毀滅人類。臨走的時候，蕭發出了壹條警告信息，不要去這個消息發出的星球，這個星球已經在無人居住了。
蕭離開星球後，壹個外星人從寄生在救生艇上的外星人胸腔裏鉆了出來。
擴展數據:
《普羅米修斯》的故事背景設定在公元21世紀，劇情圍繞壹艘名為普羅米修斯的宇宙飛船及其船員，根據地球眾多古代文物中發現的星圖，前往外太空尋找人類的起源。然而，當他們到達壹個遙遠的世界時，他們發現了壹個可能導致人類滅絕的威脅。
這部電影的發展早在21世紀初就開始了。最初的計劃是作為外星人系列的第五部電影。斯科特和另壹位導演詹姆斯·卡梅隆拓展思路，將前者於1979年上映的科幻恐怖片《異形》拍成了前傳。但由於2003年的《異形大戰鐵血戰士》率先開拍，電影的發展壹直處於休眠狀態。直到2009年，斯科特再次對最初的拍攝計劃表現出興趣。
斯帕茨為《異形》系列電影的前傳寫了劇本，但斯科特選擇了不同的劇情發展方向，以避免與之前的電影重復線索。2010結束的時候，林道夫加入進來重寫了斯帕茨的劇本。他和斯科特壹起開發了壹個發生在《異形》之前，與該系列沒有直接關系的故事。按照斯科特的說法，盡管電影和《異形》的故事發生在同壹個宇宙中，而且劇情在某種程度上與《異形》有著千絲萬縷的聯系，但《普羅米修斯》仍然探索了其獨立的神話和思想。