穆斯林不僅對科學的認知和實踐做出了卓越的貢獻，而且對被視為“偽科學”的“神秘學”也進行了不遺余力的探索。伊斯蘭教的“神秘主義”主要包括煉金術、相術和占蔔術(如土蔔)。他們被歸類為“偽科學”，因為他們使用神秘的符號語言。煉丹術是最重要的秘密，傳統的煉丹術其實是壹套完整的看待事物的方式，包括宇宙觀，壹般和冶金有關；還包括對靈魂的理解，這往往涉及到心理治療。所以煉金術曾經被認為是壹門科學和壹種方法。煉金術以“相融”理論為基礎，認為萬物的存在方式是“妳中有我，我中有妳”。所以壹個事物和其他事物是可以轉化的，不僅事物的壹般屬性可以轉化，性質也可以改變。所謂煉金術，是指在面對壹種以魔法石為象征的精神力量時，改變物質的形態和性質，但物質改變的前提是人內在精神的轉化。從表面上看，煉金術與物質世界密切相關，尤其是與礦物和金屬。可以說，化學發展史離不開煉金術。但從本質上來說，煉金術既不是原始化學，也不是純心理學。它利用煉丹過程中形成的礦物質和金屬的變化來促進人類靈魂的轉化。
伊斯蘭煉金術體現了壹種關於本質的哲學，這與古希臘赫爾墨斯神智學的壹般哲學和關於礦物和金屬轉化為黃金的特殊原理密切相關。這種本質哲學的理論基礎是亞裏士多德的形式物質論，認為宇宙萬物都來源於四種元素，四種元素。四大元素是熱、冷、幹、濕，四大元素是水、土、氣、火。四種元素通過相互轉化，組合成兩種元素，即硫和記錄。但這裏所說的硫和汞，並不是通常意義上的礦物質，其含義類似於中國傳統哲學中的陰陽，二者的結合就擁有了宇宙萬物。比如根據煉金術的理論，硫和汞以不同的比例融合，在某種神秘因素的作用下，可以產生各種金屬礦物。這四個元素，四個元素和兩個元素的關系。
在伊斯蘭歷史上，穆斯林學者長期以來壹直在爭論煉金術的功效，眾說紛紜。正統宗教學者大多反對煉金術和壹般神秘學，而大多數自然科學科學家和醫生接受煉金術的基本觀點，盡管他們不相信普通金屬可以變成黃金。亞裏士多德學派普遍鄙視煉金術，而照明學派則持肯定態度。例如，伊本·西納明確表示，他不相信普通金屬可以在煉金術中變成黃金，但他同意煉金術中的金屬成分理論。他的名著《治療書》中的金屬成分理論，是以煉金術中的硫汞融合理論為基礎的。
伊斯蘭煉金術繼承了古代東方煉金術傳統，主要是以亞歷山大為中心的赫爾墨斯神智學和中國的煉金術。穆斯林最早的煉金術是倭馬亞的哈立德·伊本·耶吉德王子。8世紀初，煉金術非常流行，其代表人物是賈比爾·伊本·哈揚(721-776)，他是十葉派第六任伊瑪目賈法爾·薩迪克(699-765)的弟子，其作品被伊斯瑪儀派奉為經典。賈比爾的《七十書》和《平衡書》壹直被認為是伊斯蘭煉金術的基礎理論著作，是用阿拉伯語寫成的關於煉金術的最重要的文獻。著名的穆斯林醫生和煉金術士拉琪開創了煉金術的新時代。他被認為是把煉金術發展成古代化學的創始人。拉基對化學的重要貢獻在於他對物質的分類，即把所有的物質分為礦物、植物和動物三類。他還詳細描述了許多化學變化，如蒸餾、慢燃和過濾。作為壹名醫生，他也對化學醫學感興趣。在傳統醫學史上，他是第壹個把酒精分離出來並用於醫療實踐的人。
煉金術與蘇菲神秘主義關系更密切。蘇菲神秘主義崇尚信徒的個體精神修煉，特別註重具有改變人靈魂效果的煉金術。蘇菲神秘主義用來表達這壹教義的許多術語直接來自煉金術。今天，不僅煉金術的語言仍然在蘇菲信徒中流行，而且煉金術活動也在壹些蘇菲傳教中流行。此外，蘇菲派所采用的心理療法也與煉金術密切相關，煉金術將煉金術視為壹門關於靈魂的科學。
煉金術和伊斯蘭藝術的關系也非同壹般。傳統優美的穆斯林詩歌和音樂，不僅深受蘇菲神秘主義的影響，還與煉金術融為壹體。這是因為據說煉金術可以影響人的靈魂，使其發生變化，而詩歌、音樂等藝術則與人的靈魂變化密切相關。此外，在伊斯蘭建築和工藝產品的造型藝術中，如書法和幾種圖案的表達，和諧是不可分割的。煉金術中提到的“平衡”和“協調”，在色彩和諧、結構對稱和象征意義上起著特殊的作用。所以，如果不了解煉金術對色彩效果、藝術造型等美學思想的影響，就無法欣賞帖木兒時代的清真寺建築和薩法維時代的地毯、掛毯。煉金術是連接伊斯蘭藝術技術與宗教精神和象征意義的橋梁，也是理解伊斯蘭藝術內韻的壹把鑰匙。