明朝初期行政區劃沿用舊制，鄉不變，但分仁、任虎兩鎮，縣計兩鄉九鎮，統壹所有都城。鄭風鄉轄鄭玄、金沙、合恩和安仁。壽寧鄉轄仁壽、孝道、舉人、仁仁、蓋坪五個區。
洪武五年(1372)，實行鄉、裏(坊)、都、圖制。
鄭風鄉鄭玄巷:方勝平、宜都、杜爾統壹在壹張地圖上。還有馮芳，十六都，十七都。
鄭風鄉安仁裏:十九都、十八都、二十都、二十都、二十都、二十都、二十都、二十都、二十都統壹在壹張地圖上。
鄭風鄉的孝:六都、四都、三都半的統壹圖景。九都、五都、七都、八都、三都壹半統壹。
壽寧鄉任守利:十壹都、十都、十二都統壹成壹張地圖。十四都、十三都、十五都統壹成壹張地圖。
清朝順治十七年(1660)，縣內有2個作坊，5個鄉。
方勝平:轄縣城(含縣前埔、中街埔、縣後埔、玉山埔)和六墩、嘉陽、草埔、夏津、鐘石、下亭、嶺頭、上湖、石榴洋、東坑、香溪口；晨陽、浮山、塔頭、橋東、都史、馬坪、西苑等自然村。
以及馮坊:轄上、官莊、臺頭、鄭鋪、後龍、前坪、火燒橋、績溪、土城、潭口；張邊林、半山、赤鋪、臺樓、院頭、西前、前坪、上寨、馬坑；班苓、白雲寺、西山、前陽、後陽、陸毅、庫山、橋頭、大雄堂、臺樓、大段、李璐、塘下等自然村。
京山鄉:轄阪中、虎頭、梭羅嶺、巷尾、西頭鋪、天坑、郟縣、下山龍、名山寺、沙城、塘邊、阪頭、車前、夏航、上墩、仁西洋、夏商、夏萍等。
梁靜鄉:轄蒲鴿、高厝前、九峰嶺、功德寺、坑頭、桂陽、爐前；白巖寺、羅平、鐘山、正堤、葫蘆門、礁脊、橋頭；岔口、童兵、魯西、板尾、塔莊、矮樓亭、柯陽仙；葛頭、地藏寺、積善寺、西溪、董熙、樓仔、下莊、羊頭、連寨；橋頭、勝分、馮憑、牛叫橋、柴嶺、陳山洋、藍鬥洋、李陽、塘下、水門裏；坦亭、四角寨、上元寺、李玲、墓邊、下殿塘、下板洋、山邊厝等自然村。
淳化鄉:轄羊尾、宮厝、坑口、灌陽、渝水、計都、範陽、芹菜嶺、汪洋、橫坑；池源、侯景、寶山、羊頭、觀音寺、盤亭洋、東風頭、西麗、西平、錢坫、五厝後、上坑寨、大榕阪、天地、未夕；聯埔、夏露、天喜寺、來潮寺、鳳陽、圪頭、田中(在森林裏)、信義、山頭、下洋、楊莊、石鎮、赤邊、機頭等自然村。
綏來鄉:轄金沙塘、稷山、下溪、上溪橋、分期、前面、紀昀、寶豐、下路、傑尼、東坑、橫坑、小源頭、廣坑、岱才、下謝、谷陽、朱陽山、龍公閣、敖兵、浪塘洋等。五峰橋、裏山頭、朱墩、廣濟巖、福肯吉、保安寺、常工、田中、西巖、文利龍、白亭、前阪、下黃石、坑口、遊賽(遊臺)等自然村。
懷德鄉:轄山倉、後金、雲山、陽頭、上竹、朱霞、後坊、西苑、洋邊、羅橋、杜塘、前洋、後洋、下寮坑、汶陽；徐莊、楊典、班苓、巫山、賀鑄、高港、七鬥、倉後堡、江源、馬尚；關震、隆堯橋、南坑、楊過、局、淩薇、橋頭、墓嶺、公主居、單縣、魯恒、東山；感德洋、積善寺、廣南珠、前場、濟源、小薺、西平、大王坑、後石、上地源；湯壽橋、巖頭、溫塘、鮑斯、貝利山、關山、曲坑、牛倩、唐林、槐林、甄氏、馬洋、潭津尾、馬坑、下堡、李佳怡、班苓、貝隆、山頭頭、高陽；桃園、潘寨、羊尾壟、前洋、後洋等自然村。
後來由於縣上駐點種糧，又建立了壹個鄉。乾隆二年(1737)，海防削縣，另建鄉。無法核實該鄉鎮的名稱和管轄範圍。
民國時期，清制度還是壹開始就被打擊的。
民國4年(1915)縣內五區共設七個保安團:壹區第壹團轄壹、二、十六都；二區二團轄三、四、六都；第三團轄第五、七都；第三區第四團轄八、九、十都；第四區第五團轄十壹、十二、十五首都；第六團轄十四、十七都；第五區第七團轄十九、二十、二十壹、二十二、二十三、二十四都。同時在區以下設置保險，保險以下設置護甲，護甲以下設置卡牌。
65438+2007年9月，縣組織法實施，縣內設5個區公所。2003年5月，實行嘉寶制，嘉寶和賈加劃歸區辦事處。2005年8月，區公所撤銷，改為區公所。全縣有3個區辦事處，30家聯合保險公司，187家保險公司，2071家保險公司。民國27年地區部不變，縣調整為19聯保、142保、1665A。29年6月，地區部不變，取消聯保，建立16鄉鎮，嘉寶不變。
2008年，閩清縣轄11鎮5鄉:梅城鎮、阪東鎮、池源鎮、梅溪鎮、百丈鎮、鐘白鎮、塔莊鎮、東橋鎮、雄江鎮、荊沙、黃生鎮、雲龍鄉、上蓮鄉、三溪鄉、朱霞鄉等等。