1，2077 10 10月23日，核戰爭爆發，主角壹家進入避難所11。
2.2227年，學院傭兵“克羅”進入111號避難所，將謝恩帶走。
3.2287年10月23日10，沈睡了210年的主角離開避難所11，進入聯邦廢土。
那麽謝恩在2227年到2287年這60年左右的時間裏做了什麽？
其實很簡單。謝恩是聯邦廢土最強的地下科研組織研究所的首領(自稱是學院董事會推薦的代理首領，但遊戲中沒有能命令謝恩的人)。玩家前期的主要任務是尋找與謝恩相關的線索。在康科德的自由博物館與墨菲的母親(壹名誌願占蔔師)交談後，“聯邦之寶”的主要任務是尋找妳兒子的第壹步:找到並進入聯邦中的中立定居點——鉆石城，找到能幫助妳在鉆石城找到妳兒子的人，也就是鉆石城的私家偵探尼克·瓦倫丁。在尼克的幫助下，妳會找到偷走主角兒子的傭兵克拉夫。擊敗克拉夫後從克拉夫身上找到的科技成分可以讓妳探索克拉夫的記憶，找出進入學院的方法(尼克懷疑學院帶走了謝恩)。當妳進入學院，妳會明白學院的領導“父親”是主角的兒子，主角認為他的兒子在2287年的前幾年被帶走了。然而事實是，在2227年，謝恩已經成為了壹個六七十歲的老人(帶走謝恩的傭兵因為接受了學院的科技，壹直保持著相對年輕的狀態)。
遊戲有四種結局，其中三種是殲滅學院，也就是對付兒子自己管理的科學組織，剩下的是保住學院。廢土四派(義勇軍、學院、鋼鐵兄弟會、鐵路)只有學院和義勇軍守著，但如果學院守著，兒子也壹樣會死。在學院線劇情的最後，謝恩會告訴妳他得了癌癥，用學院的技術是治不好的。在主角幫助主學院鏟平鐵血兄弟會和鐵路這兩個學院發展道路上的障礙後，謝恩將因病去世，並將在去世前把學院領導的位置交給主角。