其中，希波克拉底用著名的“四體液學說”(血液、粘液、黃膽汁、黑膽汁)解釋了人類患病的原因，強調疾病是由四體液失衡引起的，與外界因素(氣候、空氣、水源、生活方式等)的影響密切相關。).例如，傳染性瘟疫主要與有害空氣有關，而“壞空氣”來自腐爛的有機物。這種觀點是18和19世紀的瘴氣理論的萌芽。
修昔底德和希波克拉底對傳染病病因的看法基本壹致。他在闡述自己親身經歷的雅典大瘟疫時，不僅拋棄了由來已久的神罰論，還排除了斯巴達人在雅典供水系統投毒的陰謀論。更重要的是，他還考慮了人類的政策和自然原因。他提出雅典的瘟疫應該起源於埃塞俄比亞，通過海洋傳播。
伯裏克利的錯誤政策使得雅典人滿為患，空氣汙染嚴重，並引發了大規模的瘟疫爆發。他還明確指出，發病率最高的醫生是“與病人接觸最頻繁的醫生”，成為古代西方國家第壹個註意到並記錄疾病傳播現象的人。上述關於流行病的希臘新學說，挑戰了上帝或上帝懲罰人類的謬論，使人類對流行病的認識向前邁進了壹大步。
羅馬學者接受了希臘學者關於鼠疫感染現象和原因的觀點，但未能制定出應對鼠疫傳播的有效機制或策略。歷史學家李偉、詩人盧克萊修(公元前94年-公元55年)、農學家瓦羅(公元前65438年+公元065438年+公元06年-公元27年)、姆萊萊(4-70年)、百科全書式的作家老普林尼、醫學家蓋倫(Claudius Gelele)。
雖然他們未能找到全面有效的診療方案，但他們對傳染病病理學的理論思考和實踐建議，為後世流行病理論的進步做出了應有的貢獻。
盧克萊修，拉丁詩人和哲學家，是第壹個討論傳染病原理的古羅馬作家。他認為病原體是瘴氣中疾病的種子，呼吸和接觸是傳播途徑。
在《物質性理論》第六卷中，他借用了希臘哲學家阿那克薩哥拉(公元前500年-公元前428年)和伊壁鳩魯(公元前3465438年+公元前0年-公元前270年)的“疾病的種子”理論，提出有害的種子來自於外界或由地球本身組裝而成，汙染了空氣。人類和牲畜因吸入有毒空氣而生病，並將其傳染給護理或接觸他們的人。
羅馬對傳染病的觀察和對傳染原理的初步認識，雖然不能從根本上防控瘟疫，但對當時的統治者和社會應該有壹定的指導作用。大瘟疫爆發時，當時的帝國政府、醫生和民眾采取了壹些科學合理的措施來防止疾病的傳播和蔓延，並進行災後救助，以維持社會的基本運轉。
帝國政府雖然沒有形成系統的防疫體系，但也采取了壹系列合理的措施防止疾病的傳播和蔓延，並進行災後救助，維持社會的基本運轉。例如，凱爾·奧裏洛頒布了壹部關於埋葬和墳墓的嚴格法律，禁止在羅馬埋葬屍體，要求將屍體運到城外焚化後再埋葬，並規定運屍車不得在市中心行走，必須繞城行駛。甚至禁止貴族在莊園內建墳，埋葬被感染和病死的親友。
在原始的、非理性的認知下，多神教徒和基督徒都把神秘可怕的瘟疫歸咎於神靈的幹預或懲罰。他們通常采取求神驅邪、占蔔辟邪等巫術活動，以及精神上純潔、肉體上去除替罪羊等“凈化”行為。
然而，壹些精英，如農學家、醫生和歷史學家，並沒有坐等這場災難。他們不僅記錄了有價值的疫情信息，還對疫情特點和原因進行了初步的科學研究，提出了隔離、少聚、潔浴、焚香消毒等許多有利於人民防疫抗疫的合理建議。這些科學認識和建議對羅馬應對瘟疫起到了直接或間接的指導作用。