裏面提到了十年後會測試外觀的機器。
柯南壹行人在露營結束回家的路上順道參觀了西多莫的壹座即將竣工的建築。
日本最高的雙塔摩天大樓。這座摩天大樓的主人也邀請了小五郎和小蘭參加開幕式，於是偶然間認識了柯南壹行。在秘書的帶領下，壹行人參觀了兩座完全相同的高科技雙塔摩天大樓。但是，這個時候，這個摩天大樓裏，有很多人和這個樓有著不同的關系！不久之後，第壹起謀殺案發生了...而且不可思議的是，“黑暗組織”的成員居然同時出現在大樓附近，讓人聯想到海原愛那幾天以來半夜都聯系過誰...而柯南的真實身份會被那些家夥發現嗎？而海原愛的真實身份是什麽？無論警察和其他人如何勸說，雙子塔的開幕儀式如期進行。為了查明這起發生在總層高300米的高科技摩天大樓裏的殺人事件的真相，柯南將與他的宿敵——強迫工藤新壹喝下毒藥縮小身體的兇手——展開史上最恐怖的攻防戰...兇手震驚了所有人，原因更出乎意料。獨特的殺人手法，黑色組織的出現，驚險的爆炸場面，可謂是劇場版的壹個巔峰。