秦朝的嶽提到分封制的事，秦始皇有點煩了。但宰相李斯等人認為“三代之事不足為慮”，主張郡縣制，並指責春等人“師古不師今”、“師古害今”，對秦始皇觸動很大。最後，秦始皇同意了李斯的觀點，采納了李斯“焚書”的建議，下令將所有外國的史籍、私人收藏的儒家經典、哲學家的著作等古籍交由官員限期銷毀。同時，禁止談論“詩”、“書”、“前事不忘”，違者將被判死刑，甚至死刑。焚書之後，百姓若想學法，可以拜官為師。
當時焚書的具體方法是:除了那些有關醫藥、占蔔、種樹的書籍外，凡是秦史家沒有記載的史書，但民間收藏的《詩經》、《尚書》、《百家爭鳴》之類的書籍，在命令下達後30天內交地方官焚燒；今後，凡私自談論古籍內容者，將被判死刑；用古代的理由攻擊時政，全家都要被處死；如果官員對此壹無所知，他將被判處同樣的罪行。那些被命令在到達後30天內不得焚書的人將被懲罰在臉上紋身後在長城上苦幹四年。凡是願意學習法規的，只能向官員學習，不允許偷偷向以前的古籍學習。
就這樣，從首都鹹陽到偏僻的農村，到處都是被燒毀的書籍，大量的古文化書籍在無情的大火中化為灰燼，中國文化史上第壹次滅絕性的大災難從天而降。焚書的惡果不僅毀壞了許多重要的先秦典籍，而且對春秋戰國以來活躍的思想領域和理論探索者造成了致命的打擊，堵塞了秦代探索學術自由的道路，阻礙了先秦諸子百家思想文化融合的進程。
焚書的硝煙還未散去，“坑儒”風波又平起。“騙儒”的直接原因是方士侯生、盧生等人諷刺了先帝後逃亡。
戰國以來，陰陽五行學說盛行，壹切煉丹都是由陰陽五行演繹出來的。在燕齊沿海地區，出現了壹批講仙術的方士。他們宣稱渤海有三座神山，蓬萊、方丈、瀛洲。山上的宮殿都是用金銀打造的，裏面住著很多神仙，山上生長著長生不老的丹藥。秦始皇稱帝後，為了長生不老，迷戀長生不老之道，不惜重金派遣徐福、韓忠、後宮、史聖等人尋找長生不老之藥。由於多次嘗試未果，秦始皇不滿，脾氣越來越暴躁，易怒，喜怒無常。
侯生和魯生是當時秦始皇身邊的方士。由於他們長期尋求神仙和靈藥，他們也很緊張。根據秦律，藥不應驗，就要處死。他們從醫生的經歷中得知自己的命運會很糟糕；從秦始皇的暴無常，感覺自己的末日就要來了。他們對秦始皇“暴性自用”、“專職獄吏，獄吏僥幸”嗤之以鼻。他們互相商量著:像這樣靠懲罰和殺戮來建立權力，貪婪而強大的人，不能為他求仙藥。於是侯生和魯生悄悄拿了秦始皇的錢，約好了逃跑。秦始皇大怒。他以為自己已經豐厚的回報了魯勝，對他很好，但是侯勝和魯勝卻用這樣惡毒的話來汙蔑自己甚至逃跑，決定嚴懲。於是秦始皇下令讓神醫調查那些在背後誹謗他的文人。被逮捕審問的人受不了這種殘酷的懲罰。為了給自己開脫，他們把別人壹個個引出來，四處爬，壹下子查出460多名方士、儒生有嫌疑。秦始皇壹怒之下，沒有詳細審問核實，就讓人在鹹陽城外挖了個大坑，把他們都活埋了。事實上，在這460多人中，真正反對秦始皇的只有少數人，大部分人都是帶著怨氣死去的。始皇帝的長子傅肅認為這樣做太殘忍了。他對秦始皇說，天下初定，遠處的貴州頭還沒穩。“學生皆誦孔子之教，今皆歸案，恐天下不安。”秦始皇不僅沒有醒悟到自己的殘暴，還把傅肅貶到了尚軍。從史書記載來看，阿沁秦始皇焚書坑儒的事實是清楚的。但也有人認為，這件事之後還有壹些問題，比如秦始皇是誰的坑？
章太炎、顧頡剛等大師指出，焚書確實是事實，但從未發生過。秦始皇的怒火直指方士。按理說，當時坑裏的460人是方士而不是背誦孔子的儒生。至少在這400多人中，儒家學者寥寥無幾。《鹽鐵論》說:“燕齊士解鋤頭，辯仙魔，故有數千人有誌於鹹陽。”投手中沒有煉丹師，這無論如何也說不過去。秦始皇時期儒生在社會上的地位高於戰國時期，方士覆滅後儒生的社會政治地位並未受到影響。之後皇帝東巡，齊魯地區的七十位儒生被任命為博士，跟隨他到泰山舉行禪修。在漢代，儒家對此並不太在意，也很少有人談及。西漢中期，人們說起這件事，只說“坑殺術士”。沒人說是坑殺儒生。
是桑弘羊在西漢第六年(公元前81)第壹次把這件事描述為“詐儒”。但事發壹百多年了，說法的準確性存疑。但這種說法在後世被很多人繼承，而且愈演愈烈。盡管如此，仍有部分儒生對此持謹慎態度，如韓愈、蘇軾等，仍稱之為“捕殺學士”、“屠夫”。
大部分人認為有欺騙儒家的，而這400多人中，儒家占了大多數。而且根據壹些史料記載，秦始皇似乎不止壹次地欺騙儒家。唐代顏師古引用魏宏《漢書·禦制文序》和孔《尚書·正義》說:“秦始皇焚書後，擔心天下人不遵其法令，遂召眾學生，凡到鹹陽者，皆拜為郎，前後七百人。很快它就被命令在冬天裏山坑山谷溫暖的地方種瓜。當甜瓜成熟時，他請朱升博士談論它。儒生冬天種瓜真的很困惑。吵得大家各說各的觀點。於是始皇帝讓大家都去看看，並派人提前在這個地方設置了機關。儒生到來後，大家還在互相爭論。秦始皇命令人們觸發機關，從上面填土。很快所有儒生都被壓在下面，不壹會兒就沒聲音了。”魏宏的記載，當然是來源於傳聞，這件事在史書中是沒有記載的。不知道和之前的“坑儒”是不是壹回事，因為沒有證據所以今天也無法得知。
從那時起，驪山溫孤也被稱為坑儒谷，在漢代，它也被稱為成儒鄉。有學者考證，此谷位於臨潼縣城西十公裏的洪慶堡，洪慶堡舊稱密文堡。據劉修明先生實地考察，坑儒谷位於今臨潼西南五裏的壹條窄而深的山谷中，“溫泉水脈縱橫，反季節可生果”。山谷兩邊都是高坡陡山。只要扔黃土石頭，守著谷口，進去的人別說幾百，就算上千也逃不掉。
有人認為秦漢時期的儒生也做過方士，方士也可能做過儒學。侯生和魯生在給秦始皇找藥。明明是魔術師，他攻擊秦始皇的話聽起來卻和儒生壹模壹樣。從當時的實際情況來看，始皇帝是迷信煉丹的，純粹的儒家思想顯然是不可接受的，所以儒生同時研究煉丹或者拋棄儒家思想專門研究煉丹應該是可以的。