最早，苯教的出現可以追溯到大約3000年前，這與大多數宗教的成因相似。當時，古代西藏的人們生活在惡劣的自然環境中，不僅基本的生活條件非常艱苦，而且還經常受到各種自然災害的威脅，如雪災、高原風暴等。當時人們對自然的認識非常有限，不知道各種自然現象背後的原因，所以對自然有壹種恐懼感和神秘感。為了生存，人們開始了漫長的造神運動，將各種自然現象歸結為神的操縱，比如山中的山神，水中的水神。慢慢地，原始宗教，即原始博尼教建立起來了。
從原始崇拜到系統宗教，苯教經歷了很長時間才發展到高級形態，即永中苯教。永中苯教創始人敦巴新饒吸收了原有苯教的天文學、占蔔術、占蔔術等部分內容，創制了“五明”體系，整理經典，改革習俗，如將原有祭祀中的血祭、肉祭改為糍粑、酥油雕塑等，對後來的苯教和藏傳佛教產生了深遠的影響。
苯教作為藏族先民的崇拜宗教，極大地影響了藏族人的世界觀和生活習俗。我們現在看到的藏族人民的壹些習俗，比如掛經幡、刻石經、轉經輪等，都是在苯教的影響下形成的。