但此時的朱元璋對應天並不滿意，所以沒有正式立應天為國都，原因有三:壹是歷史上以應天為國都的朝代都很短暫；二是因為天氣偏向東南，不方便控制全國；第三，應天地處江左，城防有隱患，作為國都不是很理想。
朱元璋出兵攻占汴梁(今河南開封)後，有人建議建立汴梁。朱元璋非常重視，親自到汴梁實地考察。他認為，汴梁雖然位置適中，但無險可守，四面受敵。地形明顯不如南京。但朱元璋考慮到宋朝都城是舊都，當時西北未定，需要將宋朝都城作為運糧、運草、補充兵力的基地，於是借鑒了古代南北兩都的制度，以應天為南京，汴梁為北京。南京這個名字就是從這個時候開始使用的。
洪武二年(1369)八月，朱元璋平定陜西，定都之議再起。主要候選城市集中在長安、洛陽、應天、汴梁、北平，大臣們各抒己見，各引古議今。“或曰關中危固，金城天府；或者在洛陽天地，四方朝貢，道路適宜，汴梁也是故都；或者可以說北平元宮完整，可以保存民力。”朱元璋看到大臣們的意見很難統壹，誰也說服不了誰。他甚至異想天開地提出以林好(元代稱濠州，洪武七年改名鳳陽，今安徽鳳陽縣)為都城的設想。朱元璋說，建都林好是“取天下之中而立，定四海之民之意”。林好是朱元璋的故鄉，在這裏建都，顯然包含了朱元璋祭祖回鄉的私心。但大臣們不敢反對。因此，朱元璋下令在建造林好都城時要遵循南京條例。就這樣，明朝開國之初，南靖(應天)、京(汴梁)、中都(林好)並存。
之後朱元璋壹直有以鳳陽為大明都城的想法。只有劉基(著名傳說劉伯溫)堅決反對。他認為鳳陽根本不適合做國都。"鳳陽雖是帝王鄉，卻不是都城."
洪武三年(1370)，太祖朱元璋采用漢高祖劉邦把天下首富遷到關中的辦法，下令搬遷鳳陽14萬戶。江南壹帶的富戶全部遷到鳳陽，不準私自離開。因為東南被朱元璋的宿敵張士誠占領，這裏的很多人都對張士誠有所貢獻。實際上，朱元璋此舉是為了打擊東南地區的文人和地主階級。
這些江南富人被迫背井離鄉。雖然他們不敢公開回到原來的地方，但他們偽裝成乞丐。以逃離大漠為名，趕回江南老家探親掃墓，第二年又回到鳳陽。時間長了，就成了習慣。鳳陽花鼓是東南地區著名的民間歌舞，其中最著名的是:
我住在瀘州和鳳陽，以前是個好地方。自朱元璋誕生以來，十年有九年饑荒。
其實這首名曲並不是反映鳳陽每年的饑荒，而是指每年江南富人為逃避饑荒而裝乞丐的奇景。
洪武八年(1375)四月，朱元璋突然改變主意，下令停止修建。此時已經建了六年了，宮殿也挺大的。大家對此感到不解。朱元璋解釋說，停建的原因是浪費人和錢。但這顯然有更深層次的原因。朱元璋身邊的英雄很多都是他的老鄉，江淮人在高官中占了很大比例。江淮豪傑以成績為榮，經常違法亂紀，在朝結黨營私。朱元璋稱帝後不久，開始加強中央集權，對諸侯任人唯親非常警惕。他擔心建都鳳陽會助長江淮集團的勢力。事實上，朱元璋壹生都在苦心經營加強皇權，他的大臣們大多沒有好下場，包括劉基。
洪武十壹年(1378)，朱元璋正式下詔，以南京為都城，多年懸而未決的都城問題正式結束。歷史往往因為偶然因素而改變方向，城市的命運也是如此。就這樣，汴梁和鳳陽與歷史的機遇擦肩而過。
朱元璋稱帝後，開始修建南京城墻和宮殿。周莊富豪沈萬三，史稱“聚寶盆”，富如敵國。當時朱元璋攻打張士誠，張士誠堅守蘇州八個月，得到蘇州鄉紳的大力支持。破城後，朱元璋對張士誠有貢獻的人恨之入骨，於是對江南地區額外加錢，每畝7鬥5升糧。對沈萬三采取了加稅政策。沈萬三是個精明的商人，他主動拍朱元璋的馬屁，希望得到安寧。朱元璋下令修建南京城時，沈萬三“幫助修建了都城的三分之壹”，也就是今天南京城墻的中華門到水西門壹段。城墻修好後，朱元璋還算滿意，就沒對沈萬三怎麽樣。但是明朝的校對員還是時不時來沈萬三找點事，其實就是想訛點錢。沈萬三只是個生意人，他不想惹這些人。他壹勞永逸地提出為明軍出錢。結果他犯了朝廷大忌。朱元璋大怒，認為壹個老百姓居然要獎勵皇帝的軍隊，是別有用心。好在馬史女王心地善良，順口說道:“民富於敵，民不祥。不祥之人，天將為禍，陛下有何懲罰！”沈萬三保住了性命，財產被沒收，人被發配流放雲南。他是個士紳，養尊處優慣了，沒受過這種苦，不久就死在雲南了。其骨不敢運回江南水鄉，葬於大理。
然而沈陽的災難並沒有就此結束，後來還經歷了壹場折騰。沈萬三死後，沈陽雖然失去了大部分財產，但依然繁華，財力雄厚。洪武末年，沈萬三的女婿顧與壹位名叫梁的美女發生了婚外情。梁的丈夫陳某是壹名智障人士。顧故意派人引誘智障的出來喝酒賭博，並暗中與梁交往。當的父親發現後，他計劃報復顧。但是，沈嘉有錢有勢，而陳嘉不是官員。他怎麽可能成功？恰在此時，藍玉謀反，的父親趁機誣告顧與藍玉合謀。只要涉及到海藍寶石的案子，就不再是私事了，馬上就成了要案。沈家和顧家的成年男子，當年都被處死，處死前都被嚴刑拷打，逼出沈的財產下落。孩子被放逐到南丹尾；婦女被送到桓伊局當奴隸。作為這次事件的主角，梁被他的嶽父，的父親逼迫上吊自殺。從此，號稱“江南首富”的沈萬三家族徹底沒落。
再來看南京故宮的建設。南京是舊王朝的古都，已經有大規模的宮城。但朱元璋拒絕使用舊王朝的宮城，計劃新建壹座宮殿。他主要是擔心舊宮風水不好，怕重蹈前朝短命的覆轍。劉基奉命為新宮殿選址。根據劉基的調查，宮城的位置應該在中山的“龍頭”前面，所以有“帝王之氣”。劉基選擇的風水寶地是燕雀湖所在地。
燕子湖位於紫金山南麓，原名千湖。燕子湖的名稱始於南北朝時期。據說梁武帝的長子蕭統謙遜好學，篤信儒釋道，尤其擅長文學。他贏得了梁武帝的青睞，被封為王子。蕭統31歲時，在玄武湖遊泳時不幸滑倒落水。後來雖然搶救過來了，但還是感染了感冒，死了。王子的早逝使梁武帝極為悲傷。他下葬的時候，特意把太子生前最喜歡的東西也埋了，就是玻璃碗和紫玉杯。作為西域貢品的琉璃碗，其實就是現代玻璃，在當時極為罕見，被視為稀世之寶。壹個參與埋葬過程的太監發財了，壹天晚上開始挖蕭統的墓。太監得到財寶後，迅速逃離。當朱雀在護城河上的浮橋上航行時，無數只雀類突然飛了進來，壹起攻擊太監。因此發現了它的蹤跡。當梁武帝得知麻雀在保護陵墓時，他非常驚訝，並頒布了詔令對王子的墳墓進行整修。封墓的時候，幾萬只燕子帶著泥土飛進來，築起壹個大大的墓袋，沒日沒夜地圍著，守護著太子的墓。因太子墓在前湖，後人稱前湖為“燕子湖”，又稱“太子湖”。宋代詩人楊秀芝(即楊貝)曾寫過壹首詩:“平湖之濱，可見高墳，千鳥自地來。”臉上無波，此華藻似楚君。”
歷史上的燕子湖相當有名，周長約30裏，面積很大。湖邊蘆葦叢生，各種水鳥經常棲息於此。湖光映襯中山，生機盎然，美不勝收。
就建造宮殿而言，燕雀湖地勢低窪，離外城太近，戰時容易受到城外敵軍的威脅，不是理想的地點。然而，就因為劉基把這裏判定為“龍頭”寶地，美麗寧靜的燕子湖從此消失了。為了修建新的宮殿，朱元璋動員了幾十萬民工填湖。由於湖勢較低，填湖工程非常龐大，需要大量的土石方，所以南京有“移三山填雀”的傳說，燕雀湖大部分填好後，為了防止地基下沈，在寺基下打入無數密密麻麻的木樁，蓋上巨條，再在上面修建宮殿，蓋上磚石結構的大水道。為了弄清內宮的水源，湖底鋪了大量雨石，讓湖水從城墻進入，繞著內宮彎曲。
傳說南京城和故宮建好後，朱元璋率群臣登上紫金山，俯瞰京師風貌。南京96裏有13座城門，宮殿雄偉壯觀，在當時的世界上也是罕見的。朱茂·元璋非常自豪地親手建造了如此宏偉的都城，他炫耀地問大臣們:“我的都城是怎麽建造的？”大臣們自然是贊不絕口。只有14歲的四皇子朱迪說:“紫金山被裝上了大炮，大炮炮轟了紫金城。”朱元璋定睛壹看，不禁出了壹身冷汗。原來南京都城周圍山巒起伏，壹些重要的制高點都在城外，比如東邊的中山，南邊的雨花臺，北邊的幕府山，這是城防大忌。朱元璋生氣了，但當時沒有進攻。回宮後，他讓太監送壹盤橘子給負責規劃建城的劉基。劉基知道皇帝責怪自己計劃不周。他想剝橘子，抽筋吃肉。他嚇壞了，連夜逃進茅山避禍。
這當然只是傳說。但是，有壹個真實的故事，朱元璋因為寫牌匾被砍頭。
宮中每個門匾的“門”字都是直下到底，沒有向上的勾。“門”字的這種寫法，始於宋代。據說宋朝偏袒臨安後，玉蝶殿起火，廟門被燒光。再臣說，宮匾中的“門”字，有勾腳，末端有火筆，所以要把這些匾全部燒掉，才能避禍。從此以後，寫宮匾“門”的時候，最後壹個字是直下不歪。朱元璋打書詹西元題寫門匾。詹是明代著名的書法家。他去朝鮮是為了放棄家人。他經常為宮廷官職榜題寫匾額，人們以他的書為榮。詹西元寫的時候把最後壹個豎方向的“門”字勾得高壹點。朱元璋看後大怒，說:“我們要聚賢，詹西元卻要關門擋我的路。”然後下令將其切割。
盡管采取了各種有效措施，但在朱元璋的晚年，建在燕雀湖上的宮殿地基依然下沈。古代皇帝建造宮殿時，都是建在南低北高的地形上，意思是步步高升，壹代比壹代強，山河可以代代相傳。明故宮沈沒後，地勢南高北低。宮城前高後低，總讓人感覺情況不平衡。按照陰陽家的說法，這是亡國滅種的征兆。對於迷信風水的朱元璋來說，這是不祥之兆，他認為這對大明江山極為不利。朱元璋對都城南京感到有點美中不足，此時又多了壹層焦慮。
洪武二十四年(1391)，朱元璋派太子朱標視察關中，頗有遷都關中之意。當時明朝的主要威脅是蒙古草原上的北元殘余。遷都西北，可以加強北方邊防，穩定邊境。朱元璋沒有考慮北平，因為他想把它留給他最寵愛的第四個兒子朱迪作為封地。朱元璋的次子秦王對此事頗有怨言，因為如果國都遷到Xi安，他就沒有封地了。為此，朱元璋還扣留了秦王，但為了太子朱標的求情，差點廢了秦王。
朱標王子詳細考察了Xi和洛陽，對比了兩地的地形，並在朱元璋回國後贈送了壹張陜西地圖。朱標王子個人更傾向於選擇Xi安作為都城，因為Xi安曾經是西漢和唐朝的都城，充滿了王道氣息。
然而，世事難料，第二年太子朱彪就死了。原本可能再次輝煌的Xi安，再次陷入了壹段灰暗的歷史。直到公元1644年，反抗明朝的農民起義軍領袖李自成在Xi安稱王，定都Xi安，國號大順，改永昌。並發動大量民夫整修長安城，加高加厚城墻，加深加寬壕溝，比原來更加雄偉。朱標太子的遺願在朱朝的敵人手中實現，真是莫大的諷刺。然而，大順政權並沒有持續多久。很快，Xi安的高墻就被清朝的紅炮(實際上是明朝所有，把孔有德等人帶到了清朝)帶到了清軍手中。這種大炮是明朝的最新武器。清軍有了這種火炮後，野戰攻防能力大大提高。從那以後，Xi再也沒有機會成為國家的首都。
太子朱標死於壯年，白發人送黑發人。年近七旬的朱元璋受到重創，再也沒有精力和心情考慮遷都。當年年底，他親筆寫了壹篇文章《祭壹廚》，表達了自己的無奈:“我經營天下幾十年，壹切按古準備。然而，宮城縣的情況並不平等。本想遷都，如今老了，累了，天下初安，不想為民效力。而繁榮和浪費有幾個原因，只好聽天由命了。我只願以此心取經，祝福我的孩子。”可悲的辭職，聽起來真的很淒涼。這讓人覺得，即使是朱元璋這樣手段狠毒、作風強硬的皇帝，也有力所不及的地方。
都城事件成為朱元璋壹生最大的遺憾，直到去世也沒有得到妥善解決。朱元璋死後四年，他的繼任者惠帝·朱允炆的王位被他的叔叔朱迪篡奪，而朱允炆的生死不明。於是，很多占蔔師大做文章，把這種巨變歸咎於南京宮風水不好。