商朝的主要政治制度是內服外用制度。
內服是商人自己家族的活動區域，外服是商人家族之外的國家。商王通過兩種不同的管理制度來處理自己家族和投降外國人的事務。於是，商王控制了聯盟的實際權力，與各國形成了支配和被支配的關系。但商王對聯盟參與國的控制力是有限的。各國基本保持了原有的社會結構，除了對商王應盡的義務外，都有很大的自主權。換句話說，商朝中央與地方的關系不是通過中央與地方的直接人事控制來維持的，而是通過地方部落國家在商強大的軍事力量下與中央建立盟約的方式來維持的，也就是錢穆所說的“諸侯承認皇帝是天子”。
商朝的官職分為兩類:中朝官職和王績以外的官職。在內部官員中，有外部法院行政官員和內部法院行政官員。最高行政長官，又稱“阿、保、尹”，是協助商王決策的“相”。朝代的高級官員統稱為清人。“三公”是人們設置的尊稱，不是永久的。此外，還有負責占蔔、祭祀和記錄、占蔔和祈求鬼神的“史”、記錄和保管古籍的書(又稱藏史、內史)、武官之師、樂師之師、少師等。朝廷命官是為皇族服務的官員，主要是主事的總督和信任的大臣。我管理王室的壹切具體事務，包括掌管征糧、牧、獵、酒、王車、侍奉商王車(也叫仆禦)、武官雅、護衛雅大隊、教育貴族子弟的鄉村長者、居住在外地的“長者”。駐外官員主要包括方、侯、伯等首領，為王朝效力的人，以及守衛邊境的衛兵。
商朝實行貢賦制時，還有勞役地租的“輔助”，即要求農民幫助耕公地(原生地)，所得全部歸統治者所有，約占農民收成的十分之壹。殷征收賦稅，以充實蘆臺和巨橋。商朝的政治理念是神權觀念籠罩下的政治思想，商朝統治者“敬鬼”“敬神”。奉行的最高政治原則是依神鬼旨意治國。