自然崇拜
苗族的主要自然崇拜物是天、地、太陽、月亮、巨石、樹木、竹子、巖石和橋梁。在雲南金平麻栗坡的壹些苗族，每當莊稼抽穗時，他們都要祭祀“天地”，祈求天地讓莊稼豐收，這是苗族人崇拜天地的遺跡。
圖騰制度
苗族祖先有自己的圖騰。由於苗支系分布廣泛，所以他們崇拜的圖騰也很多。如鳳凰、楓樹、蝴蝶、神泉(盤瓠)、龍、鳥、鷹、竹等。黔東南苗族先民將楓樹作為圖騰崇拜，認為祖先起源於楓樹。此外，他們還將蝴蝶視為圖騰，認為自己的祖先江洋是“蝴蝶媽媽”所生。湘、鄂、川、黔交界地區的苗族先民仍以盤瓠為圖騰，至今這壹帶仍有許多盤瓠廟和辛努公。貴州西部苗族以鳥為圖騰。
祭祖
今天，祖先崇拜在苗族中仍然非常流行。黔東南苗族從最早的對楓樹蝴蝶的崇敬轉變為對人類始祖江洋的崇敬，江洋被視為苗族的祖先。每個鼓社都設立了壹個“鼓窟”，供奉“楊公”和“陽坡”。湘西苗族崇拜的祖先是儺公和儺母。為了祈求祖先的保護，各地都有大型的殺牛祭祖活動，如黔東南的鼓樂節，銅仁、松桃稱為“吃牛”或“彎牛”，黔西南、安順、鎮寧稱為“割牛”。湘西有“歸儺願”，祭祀“儺公”“儺母”。每逢節日，苗族人還舉行祭祖儀式。在很多苗族地區，每間廳堂中間都設有祖宗牌位，每天都有祭祀。
巫儺文化
苗族的鬼神信仰由來已久，新中國成立後仍很普遍，信仰的鬼神有幾十種。他們把鬼分為善與惡:認為善神能保佑人，所以要經常供奉祭品，而惡鬼與人合作，要祈禱驅逐。人們認為，要實現這壹目標，需要通過巫師來實踐巫術。巫師是人和鬼神的中介。他們有很高的文化素養，受到苗族人民的尊重。巫師施行的巫術主要有占蔔、占蔔、招魂等。