這部作品分為前傳、暗戰、英雄戰三個部分。
Aquanet在次大陸的戰爭完全介紹(手寫，月光石本人回答)
幾千年前，道路原本是人類和龍族的。那時候人類很渺小，害怕巨龍，但是龍很喜歡這種生物，所以就接近人類。慢慢地，人類開始與龍族生活在壹起。
但隨後，龍發生了巨大的變化，巨龍開始失去理智變得狂放，開始攻擊包括人類在內的所有生物，人類陷入了滅絕狀態。
後來，神龍之王娜迦找到了解決辦法:龍成員封印了龍的力量，變成了人類，這樣他們就可以保持理性。
結果以娜迦為首的龍變成了人。但是以大地龍王梅迪烏斯為首的龍族拒絕了娜迦的建議，繼續保持龍族的實力，於是大地龍族變得狂放。
娜迦選擇了壹個人類:蓮，壹個出生在阿利蒂亞的年輕人，娜迦給了他神劍法西昂和封印之盾。
憑借著封印之盾克制住的龍的力量和法爾西昂破解的蚯蚓的神秘力量，連最終封印了梅迪烏斯，成為拯救人類的英雄。
那時，連身邊有許多英雄。戰後，英雄們分別建立了自己的理想國。當時，水網公主和年輕的廉相愛了，但水網貴族瞧不起年輕的廉，強迫公主嫁給了壹個巨人。這個人後來偷走了封印之盾上的五個圓球，用賣掉它們的錢擴張了自己的領地，最終建立了神聖的Aquanet王國。
然而，連很不高興。在他回到意大利並建立國家後，他從未結婚。連死後，他的弟弟繼承了王位。之後，這條礦脈就成了阿麗塔皇室的血脈。神劍法西昂成為了阿麗塔的珍寶。
這些是前奏。隨著時間的推移，多魯阿帝國的梅迪烏斯封印逐漸削弱。後來，卡丹發生了壹件重要的事:卡丹最高祭司收了兩個弟子，其中小弟子嘎日夫年輕好學，成就顯著，遠超其兄。但加托看穿了加裏福心中的黑暗，於是將光明的魔力和最高祭司的位置傳給了他的大弟子。加裏富對此很生氣，內心的欲望和黑暗逐漸膨脹。
加裏福爾逃脫後來到多魯阿，在那裏解開了梅迪烏斯的封印以復興多魯阿帝國，並秘密聯系了格魯尼亞、馬其頓和格拉等王國，為多魯阿帝國重返人間做準備。
然而，加裏富的野心並不是讓帝國統治世界。他打算控制梅迪烏斯和帝國，自己成為真正的主人。於是，他暗中煽動格拉王國背叛阿歷西亞:先是讓帝國軍進攻阿奎特及其周邊地區，誘導阿歷西亞國王出兵。阿麗塔和格拉是傳統盟友，所以國王阿麗塔毫不猶豫地和格拉壹起進攻。然而格拉王被加裏福爾引誘，突然叛變，斬斷了阿力提的亞軍。國王阿利蒂亞死了，神劍法西昂被加裏福爾拿走了，這是唯壹能對付梅迪烏斯的武器。
與此同時，由於阿誇網亞王的昏庸無能，阿誇網亞軍瞬間被帝國軍擊敗，亞王隕落。帝國壹方的將軍，格魯尼亞的黑騎士加繆，進入國王的首都，囚禁了所有的王室成員。在梅迪烏斯的指揮下，王室被斬首，但加繆為了保護妮娜公主，為了妮娜背叛了帝國，最後放了妮娜，為了她分手。妮娜離開王度逃到奧爾良王國後，加繆被帝國抓獲。
與此同時，馬其頓公主密涅瓦遇到了草原之狼哈丁，並被他深深打動。在親眼看到戰爭的悲劇和壹些事情後，她開始怨恨帝國的暴行和哥哥的野心。
逃到奧爾良後，尼娜公主在奧爾良國王和哈丁的幫助下，舉起了反對帝國的旗幟。
這是暗龍和光之劍的前傳，也是整個故事的開始。
緊接著，逃離家鄉的阿利蒂亞王子馬爾斯響應妮娜公主的號召，在希達父親的幫助下率領自己的軍隊在阿奎奈次大陸登陸，並壹路行軍，加入奧爾良軍隊，正式組建反帝聯盟。尼娜公主作為名義上的領袖，將實際的軍事控制權分別掌握在馬爾斯和哈丁手中。在聯軍的攻擊下，本來就不得人心的帝國軍開始撤退。馬其頓公主密涅瓦在馬爾斯壹行救出妹妹瑪麗安後，帶領白衣騎士加入反帝行列。帝國軍壹個接壹個地節節敗退，帝國的盟友也壹個接壹個地被攻破:格拉王國因為背叛和攔路首先被馬爾斯攻占，格拉國王去世。後來火星解放了阿利亞，再後來，是格魯尼亞。雖然妮娜是個騎士，但她是個騎士。
後來馬爾斯率軍攻打馬其頓，斷了帝國所有兵種。然而，沒有法爾西昂，梅迪烏斯不可能被打敗。要打敗加裏福並找回法西昂，就必須驅散黑魔法的惡靈。因此，在加托的指導下，馬爾斯收回了星辰之球，並成功擊敗了加裏福尼亞。最終，馬爾斯打敗了梅迪烏斯並將其封印，帝國滅亡，黑暗戰爭結束。
以上是新暗龍和光之劍的內容，然而，故事並沒有結束。
暗戰結束後，因為阿奎特王室被斬首，妮娜作為公主無法直接繼承王位，所以阿奎特貴族希望妮娜公主嫁給壹個國王繼承王國。當時，阿利蒂亞的馬爾斯王子和奧爾良的哈丁國王都是後備人員。但馬爾斯和希達是青梅竹馬，對妮娜沒有太多好感，而哈丁卻愛著妮娜，曾經為妮娜舉起反抗帝國的大旗。所以在大臣們的遊說下，妮娜決定不辜負希達和馬爾斯的感情，選擇了哈丁。
哈丁娶了妮娜，成了Aquanet之王。在登基之初，哈定不僅付出了巨大的努力，還對妮娜非常好。然而面對哈定，妮娜總是靈光壹閃。最後，哈丁知道，馬爾斯和自己都不是妮娜的心，而只是黑騎士卡繆！
哈定心灰意冷，而這個時候，本該在黑暗戰爭中毀滅的加裏富，居然復活了，給了哈定黑暗之珠。哈定很快被黑暗之珠控制，變得冷血殘忍，而黑暗之珠也給了哈定巨大的力量。於是，哈定開始對外擴張，不斷挑釁周邊國家，發動了壹系列戰爭，最終建立了阿誇內特亞洲帝國，成為第壹代皇帝。
哈定性情大變，開始實施的暴政引起各國不滿。當哈丁打算壹舉消滅格魯尼亞，不斷挑姿態，進行高壓統治，掠奪統治，打算屠殺格魯尼亞王室的時候，格魯尼亞老將軍勞倫斯舉起了反抗帝國的大旗。然而，早已做好準備的哈丁下令進攻格魯尼亞，並命令馬爾斯率領阿利蒂亞騎士團協助進攻。馬爾斯對勞倫斯的反叛感到驚訝，但面對哈定的命令，馬爾斯率領軍隊出征。見到勞倫斯後，勞倫斯把自己知道的壹切都告訴了馬爾斯，然後引爆自己的火藥自殺。
馬爾斯聽到勞倫斯的遺言時非常驚訝。馬爾斯在格魯尼亞看到小王子和小公主後，對哈定的命令產生了懷疑，但此時的馬爾斯並不相信這是哈定的命令，認為可能是監管格魯尼亞的帝國貴族，拒絕交出王子和公主，並親自帶他們到亞城、阿誇內特去見哈定。於是，在哈定的授意下，阿利蒂亞成為了第二個叛徒，早已準備好的帝國軍壹舉攻占了阿利蒂亞城。這時候馬爾斯意識到哈定有問題，但是他不知道問題出在哪裏。在帝國軍的圍攻下，馬爾斯只能突圍。好在此時的帝國軍，因為哈定性情大變，內部也出現了分歧，無論是弓騎士隊長喬二久還是傭兵隊長阿斯特裏亞，內部壹些曾經的主力成員都對哈定的命令持懷疑態度。結果火星軍成功擺脫了帝國軍的糾纏，並成功說服了壹些原來的同伴加入。
為了知道哈定改變的原因，馬爾斯決定去卡丹尋找加托。到達卡丹後，他發現卡丹的副牧師奧羅恩和馬利克發生了爭執。最後，在他們的老師文迪神父的調解下，他們消除了分歧。這時，加托用“千裏傳音”的方法告訴馬爾斯，是加裏富用黑暗之珠控制了哈定的思想，而要打破黑暗之珠的力量，就必須找到光明之珠。因此，在加托和謝妮的幫助下，馬爾斯壹行開始尋找珍珠，並再次釋放了祁智。
找到另外四顆珍珠後，馬爾斯壹行終於對帝國進行了反擊。先是解放了阿利亞，然後攻打格拉，成功說服了對帝國不滿已久的格拉公主。後來在聯系了格魯尼亞和馬其頓的老參謀後，火星正式進入帝國。
哈定作為他的哥哥，命令奧爾良騎士團進攻盟軍，但是奧爾良國王也發現了他哥哥的問題。在遇到馬爾斯後，奧爾良國王命令奧爾良騎士保持中立並撤退。
最後，我來到了亞城，Aquanet。在阿莉蒂亞聯軍的攻擊下，守軍撤退了。馬爾斯拿著光之珠站在哈定面前。經過激烈的戰鬥，我終於用黑暗之珠打敗了哈定。臨死前，哈丁終於醒來，告訴了馬爾斯加裏福爾的陰謀，並說妮娜已經落入加裏福爾的手中。臨終前，哈丁告訴馬爾斯，他愛妮娜，希望她能原諒自己的無知。
所以，壹切都回到了多魯阿帝國。原來，梅迪厄斯又被封印了，為了復活梅迪厄斯，加裏富需要幾個血統高貴的純潔少女作為祭品。因此，阿利亞的艾麗絲王妃、阿奎特的尼娜公主、馬其頓的瑪麗安公主和阿奎特的劉冰小姐成為了他的候選人。為了救四個女人，馬爾斯開始集結軍隊，向帝國進軍。
最後大家又壹次打敗了加裏富，成功拿下了法爾西昂，五個圓球的回歸解放了封印之盾的力量。然而此時的梅迪烏斯，在不斷的憤怒和怨恨之下，變成了壹條黑暗之龍！即使封印之盾可以封印蚯蚓，也無法撼動暗龍，而被梅迪烏斯控制的四個修女居然開始保護暗龍！不打修女是無法打敗暗龍的，但是面對自己的至親，馬爾斯等人就不行了，暗龍就徹底覺醒了。這時，密涅瓦、小天狼星、朱利安和馬利克站出來，用他們的真誠打破了梅迪斯的黑魔法，成功喚醒了四位修女的心靈。於是馬爾斯再壹次單挑站在了梅迪烏斯面前。神劍劃破黑暗，美狄亞最終再次被封印。
可以說，兩部作品重置了SFC盾徽的神秘。當然，上下部分是分開的，光影的附加模式也是隨著前傳加入的。當年前傳是SFC衛星遊戲播出的，在國內幾乎不可能播放。