進藤光是壹名六年級的小學生。壹天，小光去爺爺家尋寶，想賺點零花錢。沒想到，他不小心翻出了壹個舊棋盤。在他觸摸棋盤的那壹刻，平安時代的天才棋手藤原佐為的靈魂進入了小光的身體。佐為視圍棋為生命，在他的影響下，小光逐漸對圍棋產生了興趣。
小光在圍棋課上聽說圍棋愛好者經常光顧圍棋俱樂部，於是他帶佐為去下棋。在這裏，他遇到了著名棋手的兒子塔矢亮。為了測試佐為的實力，小光貿然與塔矢亮交手，結果小勝對手。他不知道塔矢亮的身份，還誤以為佐為的棋藝很正常，這讓他深感不滿。然而，塔矢亮受到了打擊和挫折。幾天後，塔矢亮再次挑戰小光。盡管他對小光輕視圍棋非常生氣，但他還是再次被佐為打敗了。塔矢亮屢屢受挫，內心更加沮喪。
在朋友的邀請下，小光去了夜來中學參加慶祝活動。會上，他破解了圍棋系的問答，認識了棋手加賀。加賀發現小光的棋藝高超，於是拉攏他參加初中校際圍棋比賽。在團體賽的決賽中，小光用佐為的力量擊敗了敵人。結果，葉來中學擊敗了久負盛名的海王中學，獲得了冠軍。不幸的是，據透露，小光還是壹名小學生，所以他被取消了比賽資格。
不久後，小光進入初中，並加入了學校的圍棋部門。盡管圍棋部門只有塔奈和小光兩名成員，但小光決心獨自參加下壹屆圍棋比賽，並積極四處奔走，為圍棋部門吸引成員。與此同時，塔矢亮被海王星中學錄取。為了與小光壹較高下，他專程到耶色中學去挑戰。然而，小光知道他不是塔矢亮的對手，斷然拒絕了挑戰。塔矢亮得知小光即將參加校際圍棋比賽。為了和小光壹較高下，他毫不猶豫地加入了海王中學的圍棋班。但是，塔矢亮的棋藝高超，不亞於壹個職業棋手，他的到來讓學校的圍棋系緊張起來。
小光發現三顧在同年級的棋藝出眾，於是主動邀請三顧加入圍棋部門。可惜三姑經常在圍棋社和大人賭錢，騙錢。小光想阻止三顧胡作非為，但三顧被對手用同樣的欺騙手段打敗，被騙走了1萬日元。在佐為的幫助下，小光成功地幫助三姑奪回了被騙的賭資。在小光的不懈努力下，三姑終於被他真誠的熱情所感動，同意參加校際圍棋團體賽。塔矢亮吃了海王中學圍棋部老成員的苦頭，但他仍堅持與小光比賽。他聽老師說，小光將是野色中學在團體賽中的最後壹名大將，他會毫不猶豫地退出圍棋部門，以換取成為海王中學最後壹名大將的機會。
圍棋比賽，三顧成為主教練，帶領野色中學過關斬將，再次對陣海王中學。小光第三次面對塔矢亮。他想靠自己的力量比賽，但他意外地得知塔矢亮猶豫是否不惜任何代價與佐為比賽，所以他仍然將比賽委托給佐為。遊戲開始後不久，小光突然靈機壹動，想出了壹個精彩的棋局。他決定親自與塔矢亮比賽，以了解自己與對手之間的差距。但由於等級差距懸殊，結果以慘敗告終。谷蓋和三也不敵對手，葉色中學第二輪被淘汰。塔矢亮對小光的實力非常失望，決定參加職業象棋考試。
暑假來了，剛學會網上圍棋的小光，為了幫找個對手，在網上用“賽”這個化名到處挑戰。他打敗了很多海外圍棋高手，讓賽的名聲不脛而走。不久後，國際業余圍棋錦標賽在日本舉行，參賽選手詢問神秘的網上高手賽的真實身份，在賽場上引起軒然大波。塔矢亮參加了比賽並了解了sai的存在。他向賽挑戰，但驚訝地發現賽的技術和小光的壹模壹樣。為了不影響比賽，塔矢亮果斷中途投降，要求改天再戰。
在職業象棋考試的第壹天，塔矢亮毫不猶豫地放棄了當天的比賽，並按照承諾與賽開始了壹場比賽。雖然他壹步壹步地全力以赴，但佐為的棋藝高超，他又輸了。塔矢亮懷疑賽的真實身份是小光，並聽說有人在網吧見過小光，所以他急忙確認。碰巧小光正在瀏覽網頁。他否認曾在網上下過棋，建議塔矢亮不要追逐佐為的幻覺，並正式向他挑戰，但塔矢亮對此不屑壹顧。
小光在學校圍棋部門的棋藝與日俱增。有壹天，他遇到了海王中學圍棋系主任岸本。岸本告訴小光，塔矢亮已經通過了職業象棋考試，如果他不迎頭趕上，將永遠無法超越對手。岸本的話喚醒了小光。為了提高棋藝，他決定考日本棋院研究生。然而，小光忘記了壹旦他成為大學生，他就不能參加業余比賽，這引起了三顧的不滿。最後，在棋院院長加賀的建議下，小光同時與加賀、谷貴和三谷對弈，結果是2勝1負，充分展示了自己的實力。他告別了圍棋部門，走向了新的起點。
高考那天，由於緊張，小光沒能發揮出自己的理想水平。但是當考官得知他只學了壹年的圍棋，進步之快讓他非常驚訝，從小光壹敵三的棋譜中發現他有過人的素質，於是破例給了他壹個及格。當小光跟隨老師參觀學生的教室時，他無意中透露出塔矢亮曾經把自己當成競爭對手，這引起了大家的警惕。但很快，就和顧、等人成了朋友，融入了新的環境。
至此，塔矢亮已經正式晉升到早期階段。他聽說小光成了大學生，心中再次燃起高昂的鬥誌，決定把小光遠遠拋在身後。在與皇位的例行角逐中，為了向小光展示兩人的實力差距，他面對比自己強大的對手無所畏懼，挺身而出，鋒芒畢露，使得皇位之爭陷入苦戰。雖然最後輸給了對手，但是給大家留下了深刻的印象。
壹年壹度的幼獅大戰即將到來，這是壹場年輕棋手和大學生之間的冠軍賽。為了再次與塔矢亮競爭，大學生第二組倒數第壹的小光必須在三個月內晉級16組。他加入了河谷老師森九段的圍棋研習班，努力學習棋藝。但在大學生培訓班上屢戰屢敗，排名徘徊不前。佐為提醒小光不要在遊戲中膽怯，而是要勇敢前進。小光克服了心理障礙，地位逐漸提高，排名穩步上升。終於如願以償的拿到了幼獅賽的參賽資格。小光非常清楚，只有通過第壹輪資格賽，他才能對陣塔矢亮。在遊戲中，他巧妙地把惡手變成了巧手，對手陷入了苦戰。盡管象棋錯過了壹步，沒能晉級，但小光真切地感受到了自己的成長。塔矢亮還從殘局中發現，小光的實力已今非昔比。
參加職業棋手考試是大學生的第壹目標。焦毅、何谷等人在大學生中名列前茅，可以免試參加正式考試，但小光仍然要突破預賽的難度。因為太緊張，他前兩局連輸，但後來狀態逐漸恢復。最後壹局不戰而勝，以3勝2負的成績通過了預賽。為了幫助小光積累經驗，河谷等人組隊去各個圍棋俱樂部挑戰並擊敗了很多業余高手，這讓小光受益匪淺。
在正式的檢查中，小光恢復了他以前的冷靜，他冷靜地作出了反應。經過十多輪比賽，他的成績壹直位居前列。然而，職業棋手只有三人，激烈的決戰在積分排名第壹的嶽誌、焦毅、何谷和小光四人之間展開。由於保持不敗紀錄的焦毅無意在比賽中犯規，小光違心地得了1分。焦毅情緒低落，連續輸了兩輪，但在與嶽誌的比賽中，他重燃鬥誌，擊敗了對手，使得局勢更加撲朔迷離。為了了解小光的實力，塔矢亮幫助月氏展開了特殊的訓練。出乎意料的是，小光在比賽中突然襲擊，打亂了月之的狀態，擊敗了對手。最終，小光出人意料地以優異的成績通過了職業棋手考試。
小光沒想到他第壹次職業比賽的對手是塔矢亮。他滿懷期望來到體育場，但塔矢亮未能參加比賽，因為泰亞名人臥病在床。小光去醫院看望泰亞名流。為了滿足佐為的願望，他要求名人和賽在網上攤牌。名人同意了小光的挑戰，並在互聯網上與佐為展開了壹場空洞而永無止境的戰鬥。棋逢對手，兩個人勢均力敵。最終，佐為贏了中局，實現了他的夙願。
佐為已經發現他在地球上的時間不多了。他沒有告訴小光，而是默默地守護著小光的成長。壹天，小光突然發現整天與他形影不離的佐為不見了。他到處尋找佐為，追隨本義方秀策的腳步，走遍了全國，卻還是找不到佐為的下落。小光失去了理智，決定不再下棋，每天等待佐為的歸來。這時，焦毅從中國棋院回到日本，來到小光訪問。他壹再要求和小光比賽，最後終於打動了小光。小光手裏拿著壹枚棋子，突然他情不自禁地大哭起來。他突然明白了壹切。原來，佐為已經融入了他的心裏。為了佐為和他自己，他決心奉獻自己的壹生去。
離開幾個月後，小光重返職業國際象棋界。他興高采烈，捷報頻傳，再次與塔矢亮交鋒。雖然第壹次世界大戰仍然失敗了，但塔矢亮清楚地從小光看到了佐為的身影。