公元276年，司馬睿出生在洛陽。他的祖父王司馬是司馬懿的私生子。曹芳在位時，魏帝封他為南安閣親王。
在曹時期，有壹本廣為流傳的預言書叫《宣史圖》，記載了“牛馬之後”的預言。司馬懿還請占星家關雎為他的後代算命。關羽占蔔的結果是宣石是好的。司馬懿大惑不解。後來他當了老師，他的勢力遍及全球。他手下的壹個大將金牛為他作戰，立下了汗馬功勞。司馬懿突然觸動了什麽，想到“後有牛，後有馬”的預言，心裏非常忌諱。怕金牛座以後對兒孫不好，就派人請他吃飯，還在酒裏下了毒。金牛座很大方。他不忍心防備，就莫名其妙的死了。
司馬懿以為金牛死後，他的子孫可以高枕無憂，但世事難料。司馬懿之孫司馬瑾攻瑯琊皇後，妻夏侯為妾。夏侯很浪漫。沒過多久，他就在王府裏勾搭上了壹個叫金牛的小吏，然後去了司馬睿。也就是說，根據這本史書，司馬睿並不是皇族的血脈，而是瑯琊王府中壹個小官金牛的兒子。正是因為“牛馬並進”的謠言，戰爭勇士金牛座被冤殺。後人戲稱司馬睿為牛瑞。比如明朝思想家李贄把東晉稱為“南晉牛家”，而不是司馬師。
“牛侯”指的是牛的兒子，是司馬的繼承人。史書多有記載，除《晉書》、《魏書》外，《鶴林尤魯容齋隨筆》均有所隱退。
司馬睿做皇帝的成功主要在於對王導、王敦等人的包裝和策劃。當司馬睿第壹次來到建業時，吳人並不把他當泡菜，因為他缺乏威望。過了壹個多月，也沒人來拜訪，讓他感到尷尬和失望，索性“以酒廢事”。在王導的勸解下，司馬睿從醉夢中醒來。為了提高司馬睿的人氣指數，王導和他的堂弟王敦利用3月3日的民間聚會，與其他名人壹起恭敬地騎在司馬睿身後，以顯示司馬睿的崇高地位。江東世家的達官貴人、榮等人見了，都拜了下去。鑒於王導和王敦兄弟的支持，司馬睿不僅給了他們高官厚祿，還和他們壹起治理國家。這就是“王與馬壹統天下”這句話的由來。
被疏遠後，王導還能保持冷靜，但王敦就沒那麽開心了。在他看來，王氏兄弟在東晉成為皇帝並定居江南起到了重要作用。大興三年，王敦到，表達對王導“短時間內見人”的不滿，並回憶了當年自己所說的話:“我與青、毛紅成了管家”。言外之意是指責司馬睿食言，過河拆橋。消息傳到朝廷，被王導送回，但王敦派人到司馬睿。《史記》中沒有記載司馬睿看到這個紀念館時的感受；但壹名朝臣公開表示他錯了，司馬睿的沮喪和憤怒是不可避免的，因此“皇帝更加害怕”。很快，“我以為鎮北是將軍，戴若思是將軍，又得知揚州奴才是兵，這樣才能拿下胡，才是真正的皇軍。”
王敦是個聰明人，不難看出司馬睿的別有用心。但是，著名的北伐祖逖的存在，使王敦知道他不是對手，所以他從來沒有敢這樣做。大興第四年九月，祖逖病死。王敦認為天下無敵，於是揭竿而起反抗朝廷，提上日程。永昌元年正月，王敦以殺劉魁為名再次上尚書，在武昌造反，江南宗族申沖也揭竿而起，紛紛響應。追悼會上，王敦以“隗囂頭懸半空，大軍晚走”相要挾投降。王敦兵到達蕪湖後，在上表中描述了丟西姆犯罪的故事，並要求司馬睿殺死丟西姆的故事。王敦甚至建議司馬睿如果不為所欲為就應該改過自新，就像伊尹的禁閉商人太宗太甲壹樣。司馬睿“怒不可遏”，說:“能忍就忍吧！”
怒是怒，但王敦的實力不容小覷。為此，司馬睿開始拉攏王導。永昌元年三月，司馬睿以王導為都督，親率大軍迎敵，召戴源、劉魁來援。但關鍵時刻，守城開門投降，王敦不戰而進石頭城。司馬睿命令刁燮、、等人奪回石城，但他們都遭受了沈重的失敗。戴源和刁燮被殺，去了石勒蘇益格。司馬睿被打敗了。官省雖散，但侍奉皇帝的只有兩個。
無奈之下，司馬睿對王敦說:“妳要去我那裏，但如果妳去得早，我就還妳這個惡。那妳為什麽要陷人於不義？”意思是，王敦，妳要想當皇帝，早點告訴我。我會給妳王位，做我的邪惡國王。為什麽要讓人民受苦？在歷代開國皇帝中，司馬睿是第壹個也是唯壹壹個能被朝臣如此難堪、如此懦弱、如此不光彩的人。
司馬睿的近似懇求並沒有打消王敦的野心。司馬睿眼看著王敦專橫跋扈，羞辱朝廷，蔑視皇權，卻無能為力。永昌元年十壹月，司馬睿死於極度的抑郁和懦弱，享年四十七歲。關於他的死，《資治通鑒》說“皇帝因焦慮、憤怒而得病，跳月，變醜而崩。”他說，“我怕別人被別人逼，活在不斷的悲哀中，生老病死。”說“閏月醜，皇帝崩於內殿”，而不提死因，顯然是為了挽回司馬睿的面子。
司馬睿死後，他的兒子司馬紹繼承了王位，繼續由王敦統治。泰寧二年六月，王敦病逝。鏟除黨羽後，司馬紹命令王敦“燒他的衣服，燒他的衣服，懲罰他”。最後，他為他的父親司馬睿說話了！