孔子整理了商朝最重要的書籍不是嗎？

不是，孔子主要是整理了周朝的典籍，具體來說就是《周易》，然後寫了壹本書，《春秋》。好像沒有其他作品了。《論語》是他的弟子寫的，不是他的作品。

另外，夏朝崇尚樸素，商朝崇尚鬼神，周朝崇尚人文主義。孔子沒有談到怪力的困惑，所以他不會專門整理商朝的書籍。《論語》也有描述:殷我能言，宋我不能征。意思是我能理解和表達商代的文化，但宋代的文化資料——商代的延續——不足以考證。可見這件事當時並沒有塵埃落定。