(1)落實補充耕地責任制，落實法律規定。建設單位負責為建設項目補充耕地，單獨選址。工程設備可以使用，國土資源管理部門可以根據規劃安排土地開發整理項目自行復墾。沒有條件自行復墾的，可以按照各省(區、市)規定的標準繳納土地復墾費，也可以委托當地國土資源管理部門組織復墾耕地。在土地利用總體規劃確定的城市、村莊和集鎮建設用地範圍內，由市、縣人民政府負責補充耕地。依法分批批準建設用地後向特定建設項目供地時，建設單位應當按照規定標準繳納土地復墾費，並委托當地國土資源管理部門組織復墾耕地。省級國土資源管理部門對各省(區、市)行政轄區內耕地占補平衡負有重要責任。
(2)實行項目掛鉤制度，確保補充耕地任務真正落實。補充耕地需要通過組織實施土地開發、整理和復墾項目完成。為保證責任單位履行法定義務，建設項目補充耕地必須與土地開發整理復墾項目掛鉤。土地開發整理復墾項目應當符合土地開發整理復墾專項規劃，從項目立項、規劃設計、項目建設到竣工驗收，按照項目管理程序和規定申報實施。建設用地報批時，補充耕地方案必須註明與補充耕地掛鉤的土地開發整理復墾項目名稱及相關信息。未與項目掛鉤的補充耕地方案，原則上不得批準建設用地。
(3)實行補充耕地儲備制度，提倡“先補後占”。為及時補充建設項目占用的耕地，該部文件倡導市縣先行墊付資金，實施土地開發整理復墾項目，將新增耕地指標劃入耕地儲備庫，建立補充耕地儲備制度。建設項目占用的耕地需要補充時，從耕地儲備庫中調出耕地指標，收取耕地開墾費。依法收取的土地復墾費應當專款專用，安排土地開發、整理和復墾項目。文件規定，城市建設分批用地必須先補，後占。當然，對於占用耕地量較大的個別選址建設項目，由於補充耕地的土地開發整理項目實施周期較長，也可以進行補充，但必須對項目進行驗收，確保補充耕地的真正落實。
(4)實行登記臺賬制度，努力補充耕地數據的真實性和可靠性。無論是“先占後補”還是“邊占邊補”，補充耕地都涉及大量數據，尤其是“先占後補”，會出現土地開發整理復墾項目新增耕地有較大指標納入耕地儲備，作為多個建設項目補充耕地的情況。因此，必須建立登記臺賬制度，實行嚴格管理。耕地占補平衡按建設項目進行評估。壹方面以登記臺賬為依據，另壹方面實地核查，確保補充耕地的真實性和準確性。
(5)實施按建設項目考核制度，確保補充耕地的數量和質量。根據法律規定，真正實現耕地占補平衡的措施是建設單位真正履行了法定義務，與建設項目掛鉤的土地開發整理復墾項目真正落實並通過驗收。因此，必須做好耕地占補平衡的評估工作，而且這種評估必須按建設項目進行。縣級以上國土資源行政主管部門應當按照“占多少、種多少”的原則，對依法批準的非農建設用地補充耕地方案的實施情況進行檢查核實。