東漢末年大亂後，曹操首先舉起了“封天子以令諸侯”的大旗，吸引了眾多名士，如潁川的於迅、荀攸，北海的孔融、關寧，冀州的崔琰等。曹操利用這些名士統壹北方。統壹北方後，曹操開始進行政治變革，企圖代表漢朝自立。曹操的這種行為首先遭到了名士們的反對和制止。於是建安十三年後，他開始通過殺孔融來殺名人。與此同時，曹操發布了三條求賢令。三令求賢的主要意義在於，它在統治階級內部第壹次公開提出了對儒家忠孝榮譽的異議。曹操此舉意義重大，造成了魏晉時期思想觀念的大分裂。同時，三求賢令提出了以後玄學要討論的主要課題，即名、實、才、名、法。
黃初元年(222年)，曹丕正式稱帝。當曹操到達明帝時，他開始糾正和改變新制度。齊王曹芳執政時，在革除舊制度的基礎上，開始建立新的統治意識。《子同治鑒》在談及曹魏祖孫三代的功績時，曾引用的話說:“武帝(曹操)建鴻基，避亂救洋為魏太祖，文帝(曹丕)順天理革命，故應賜禪定為魏高祖，與(曹睿、)合為壹體，使中國清明，禮樂為魏烈祖。”大意是，曹操自己創業，曹丕以禪得天下，曹操是修正易制，建立曹氏的人。後來的形而上學是在新的統治秩序確立的基礎上形成的。
正始時期，隨著王弼《老子註》、《周易註》、《論語解》的出現，玄學開始形成。王弼的玄學充分發揮了老子的自然思想，崇尚自然規律，認為自然規律是淩駕於自然和社會之上的主宰。天地之間的壹切都是按照自然法則運行的，垂死的東西任其自生自滅。任何試圖阻止和拯救他的努力都是徒勞的。同時期的玄學家夏侯玄說:“天地由性運，聖人由性運，自然人亦道。”這正符合夏侯惇所說的“自古以來，民主就是能除民害，還民於民”的說法。王弼及其玄學學者用自然運動變化論粉碎了漢代君權所賦予的蔔筮理論，認為國家的興亡和朝代的更替是遵循自然發展的趨勢，從而為曹魏王朝的產生找到了理論依據。同時，王弼以舊學改造儒學，以自然解釋名教，論證曹魏政權的永恒性。
王弼註《老子》的目的主要是“尊本重利”，王弼說“老子之書，幾乎就是壹句話，唉！這只是本金和利息的終結。“王弼認為，本質與目的的關系是無與有的關系，即自然與道的關系。王弼在論述其關系時指出，無形的無名是萬物之祖，世間萬物都是由無形而生，依賴於無名。但是，無不是獨立於存在的實體，只有通過具體的形象，不拘泥於具體的形象，才能把握其真正的意義。王弼具體論證的方法論是返樸歸真，得意忘形。王弼將其擴展到以虛無有為為中心的各個領域，表現為天為天人、玄學與玄學、道與器、倫理為德、自然與情感、認識論為意與言、靜與動、政治思想為自然與名、無為與有為，從而建立了壹個完整的思想體系。
王弼玄學的最終指向在於政治，而王弼玄學在政治上要解決的壹個根本問題就是儒家與自然的結合，這是由當時曹魏的現實政治所引發的。曹丕稱帝後，為加強統治力量，改變了曹操後期打擊名士的政策，實行“九品中正”制度。九品其實是在努力兼顧當時統治集團中軍士和普通階層的利益。士為名士士紳，蜀為與曹操共修天下之人，軍旅出身。士人與普通人的平衡表現在選舉制度上的才性兼容，思想上的自然與名教統壹，社會生活上的文質兼治。總的來說，儒家為主文，道家為質。司馬懿曾經問過玄學家夏侯玄，誰負責政治。夏侯玄說，應該采取質量的規則，他主張質量和文化的規則。以上說明玄學的出現是直接為曹魏政治服務的，所以這個時期的玄學不能說是貴族階級的代表理論。從玄學代表人物的出身來看，他們都是來自曹氏集團，言和是曹操的養子，王弼是曹爽當政時的太郎，夏侯玄是曹爽集團的中堅力量。
從此，司馬氏逐漸控制了國家大事。高平陵事件後，曹魏宗室遭受致命打擊，隨後司馬氏開始為魏國做準備。玄學家們的政治理想被司馬氏的篡權所粉碎，他們的政治理念與嚴峻的現實發生了激烈的碰撞。他們苦苦追尋的救世理論變成了泡影。因此，曹魏後期玄學的代表人物阮籍、嵇康開始從主張名教與自然的統壹到自然與名教的對立，主張從自然到名教的轉變。這壹時期的玄學有兩個特點:壹是對明教的輕視和批判。阮籍在他後期的著作《論大莊》和《大人先生傳》中，猛烈抨擊了名教的虛偽和欺騙，深刻揭露了那些“外表正常，言語正常，行為常規”的主人們，認為這些人終日“誦六經之教，學儒之跡”，實則是壹群鼓噪作色的偽君子，進而嵇康排斥儒學的態度更加激烈。主要著作有《答難養生》、《答張遼叔性學論》。第二，自我意識的覺醒。這壹時期的玄學家逐漸從政治失意轉向追求生命自由的精神境界。阮籍和嵇康存在的心理矛盾，代表了當時知識分子的憂患意識和人生追求。所以在他們那個時代，人的問題、自我意識、精神境界都成了時代的突出問題。阮、嵇雖然在理論上不如王、賀，但在當時的歷史條件下，他們卻開啟了壹場自我意識的運動。他們用人類的問題代替了宇宙的問題，用人類的哲學代替了政治哲學。如阮籍在《淮上詩》中寫道:“去的人不夠，來的人我不留。我想爬泰華山，和松子壹起遊泳...我寧願和鳥兒壹起飛，也不願和黃鸝壹起飛。黃維周遊天下，中道必安。”嵇康在《遊仙詩》中說:“在神秘園中嬉戲，遇故道黃道，教我自然之道，曠達童心。”
西晉是玄學盛行的時期，提倡玄學的主要是宗族階級。西晉氏族地位的確立主要有兩個原因。壹個是九品體系的演變，從產品和品質的相似，到重視人品和家世，而不重視才能或才幹。二是西晉五等爵位制和田官職制的規定。在這壹點上，宗族世代為官有了法律依據，與漢魏時期的情況有很大不同。宗族操縱選舉，控制朝政，所以西晉政權從壹開始就建立在深刻的社會危機之上。當時的情況是“眾人追風塵；當官的有幾千，沒辦法有所作為。”氏族掌權後，壹方面需要嚴格按等級制度維持現有地位，另壹方面又要求不受限制地發展自己的力量。在這種情況下，莊子的性與自由成為他們的理論工具，社會上掀起了壹股用莊子改造儒學的思潮。西晉中期思想家荀胥撰寫的《清心論》、《劉艾論》、《盤泥論》都不同程度地發揮了莊子的性與自由思想。在這壹波浪潮中，裴頠是獨壹無二的，寫出了《論對妳的崇拜》。與魏晉時期阮籍、嵇康的理論相比，他的理論走向了另壹個極端。裴頠指責鬼屋主要來自著名的宗教。他認為，主張貴武的人拋棄了禮儀的好壞，混淆了尊老次序，主張“尊先典，明義”。但就其理論本身而言，《崇友論》並不嚴謹，攻擊的地方很多。就其政治效用而言，不符合當時宗族的要求。因此，就連顧沛自己也說:
當時的玄學家大多致力於儒家思想與莊子思想的結合。元康年間王戎與阮湛的壹段對話典型地反映了這種情況。王戎問阮瞻:“聖賢重教，老莊自然，但目的不同？詹說:‘不會有雷同吧？’於是詹被容化為椽子，稱為“三字椽子”
郭象是西晉玄學大師。郭象玄學的核心是自發和逍遙。郭象說:“小與大雖不同，但若放在自滿的領域裏，就可以讓事物是什麽樣子，就可以稱之為什麽樣子。”郭襄認為，世間萬物都有自己的性別，這是無法改變的。性即自然，即本性，分智與愚，小與大，貴與賤。小、大、貴各得其所，這是大自然的原始和諧。如果人們不能遵守他們的職責，那麽這種和諧就會被破壞。要恢復和維持這種和諧，人們必須在自己的行列中自得其樂，窮人不應該羨慕富人，窮人不應該試圖高人壹等。這樣，世界就被統治了。
隨性灑脫，政治上是“內聖外王”。郭襄說:“神人今日所謂聖人。聖人雖在廟之上，其心與山林無異”，就是要把道教從遙遠的“山林”拉回現實政治，即在新的基礎上統壹道教與自然。
郭象學說是對王弼玄學體系的繼承和發展，王弼解決二者關系的方法是“尊本末利”。但是，在沒有溝通的問題上，有壹個無法解決的困難，那就是靜態的虛無。究竟如何才能生出儀態萬千的眾生之流？這讓王弼陷入了困境。這也是郭象玄學中不可回避的問題。郭象提出了壹種高於以往所有玄學家的新方法，即“個體化”理論，這在當時玄學家的歷史視野中無疑是壹種有效的論證方法。所謂個體化，是指事物之間的關系。郭象認為，從表面上看，世間萬物都是以自我為中心，獨立於外界條件，整個世界處於多元無序的狀態，但實際上並非如此，因為在每壹個具體事物的自我行動中，自然產生了壹種互利的效果。《萬物論註》說:“天高地劣，首適，足自足，有無交付？元雖有錯，必自求。”正是這種相與非相、相與非相的關系，使整個世界形成了壹個普遍的有機整體。郭象把這種相位獨立的作品稱為“獨壹無二”。
郭象將這壹理論擴展到社會政治，於是上下級、上下級、君臣、貴賤的等級區分也是壹種個體化。就每個個體而言，雖然多元對立，但都形成了壹個封閉和諧的小系統。就它們之間的協同作用而言，整個社會將形成壹個和諧的大系統。
郭象的理論反映了宗族階層的政治訴求。郭象的思想不是道家思想的簡單回歸，也不是儒家思想的變體。它是在新形勢下提出的壹種新的等級規則理論。西晉後期，隨遇而安成為社會主旋律。趙司馬倫年間，是玄學家，王彥是吏部尚書。當時著名的玄學人物如王成、阮鹹、阮湛、畢卓等大都受到重用。司馬越上臺後，幾乎把玄學家都用上了。司馬越壹拜恩師，就任命王君為古將軍，艾雨為軍師並獻上祭酒，胡牧為副使搞軍，阮秀興為兵，郭襄為主簿。
郭象玄學建構的是壹種新的封建統治格局，實際上是東晉後期。以宗族為主體的玄學家成為西晉後期西晉最大的離心力。他們試圖以毀滅西晉政權為代價建立新政權。永嘉元年(307)，西晉即將崩潰。此時，身為荊州統帥的王彥(大宗親，玄學學者)，以其弟王成為巡撫，以其弟王敦為青州刺史，囑托其二弟曰:“荊州有固江漢，青州有失海之虞，卿我在其中，謂之三窟。”建興元年(313)，懷帝在平陽被殺，住在長安的李帝下詔、司馬寶、劉昆討伐劉聰。然而，在宗族勢力的控制下，司馬睿拒絕出兵，這使西晉政權組織的最後壹次大規模軍事反擊流產。西晉滅亡了，但西晉的宗族並沒有和西晉“壹起拉倒”。相反，宗族最終以司馬睿的門面在江南建立了東晉政權，以玄學王成為首的“四友”、以楊曼為首的“中興四君子”、以郗鑒為首的“玄學八子”都成為政權的中堅力量。
所謂門閥政治，就是幾個大宗族集團輪流專政。門閥政治本質上是帝王政治，但並不完全等同於帝王政治。它是封建政權下的壹種新的政府形式。在這種政權下，皇帝只是氏族集團控制下的傀儡。
東晉門樓政治確立後，出現了新的矛盾，門樓內部出現了權力鬥爭和摩擦，中央集權被嚴重削弱，於是統治集團中有人試圖通過恢復儒學的地位來尋找出路。東晉前中期以後，玄學與儒學之間壹直存在鬥爭。東晉初期，王導等人主張儒學，殷浩主張玄學。到了穆迪時期，玄學出現了以於、會稽殷浩為首的兩派，儒學出現了以桓溫為首的兩派。最終，桓溫儒學獲勝，玄學開始退出政治舞臺，逐漸退化為養生之學，以葛洪和張占為代表。到東晉後期，采藥、隱居、導修之風甚盛。
東晉以後，玄學基本衰落，終結。