語言學家I.J. gelb認為Babil這個名字是對壹個更早的城市名字的模仿。赫茨菲爾德描述了古代伊朗的城市巴威爾，巴比爾這個名字可能是對巴威爾的模仿。大衛·洛厄爾認為最初的巴比倫和伊萊是平等的。《聖經》中的《創世紀》第十章說，名叫寧錄的國王是巴別塔的創始人。瓊·奧茨在她的書中的陳述——巴比倫意味著上帝的通道——並沒有被現代學者所接受。
公元前19世紀左右，美索不達米亞平原南部的大片地區被亞摩利人占領。亞摩利人是來自北部黎凡特地區的遊牧部落。他們是閃米特人，就像生活在巴比倫和亞述的阿卡德人壹樣。但前者本來就不是農民。他們采用半遊牧的生活方式，圈養綿羊。隨著時間的推移，亞摩利人糧商崛起，在美索不達米亞平原南部的幾個城邦建立了自己的王朝。最著名的有伊欣、拉爾薩、埃什努納、拉加什和後來的巴比倫。
古巴比倫時期
第壹個巴比倫王朝是在公元前1894年由壹個名叫Sumu-abum的亞摩利人酋長建立的。他宣布從鄰近的城市國家卡紮盧獨立出來。不像蘇美爾人和阿卡德人，亞摩利人不是美索不達米亞的土著人。他們來自西部的土地，是半遊牧的蘇美爾入侵者。公元前21世紀至公元前20世紀，美索不達米亞北部的古亞述帝國強大的國王們介入亞摩利人，控制了美索不達米亞南部的阿卡德城邦。但在亞述人將註意力轉向殖民小亞細亞後，亞摩利人終於開始取代南方的土著統治者。
巴比倫控制著它周圍的壹小塊領土，它壹直籠罩在更古老、更強大的城邦的陰影下，如亞述、埃蘭、伊欣和拉爾薩。大約壹個世紀後，它成為漢謨拉比短暫王朝的首都，情況發生了變化(公元前1792年至公元前1750年)。漢謨拉比因將巴比倫的法律編入漢謨拉比法典而聞名。這對法律思想產生了深遠的影響。
漢謨拉比統治後，整個南部美索不達米亞平原被稱為巴比倫尼亞。幾個世紀前，北部平原被亞述統壹了。漢謨拉比死後，他的帝國迅速崩潰。直到公元前1595年，亞摩利王朝壹直統治著面積大大縮小的巴比倫尼亞。此時，屬於印歐語系的赫梯人從小亞細亞入侵。
赫梯人掠奪巴比倫後，說孤立語的加西特人從古伊朗西北部的紮格羅斯山脈而來，隨後入侵，占領了巴比倫，領導了壹個王朝。這個王朝持續了435年，壹直持續到公元前1160年。在此期間，巴比倫城改名為Karanduniash。
然而加西特巴比倫最終成為了他們的美索不達米亞同胞——北方的中亞述帝國(公元前1365年-公元前1053年)和東方的埃蘭的附庸。在加西特時期，這兩種勢力經常幹涉、掠奪或控制巴比倫。公元前1235年，亞述國王圖庫爾提-尼努爾塔神奪取了巴比倫的王位，成為第壹個統治巴比倫的亞述國王。
據估計，從公元前1770年到公元前1670年，從公元前612年到公元前320年，巴比倫是世界上最大的城市。可能是第壹個人口超過20萬的城市。據估計，其城市面積最大為890至900公頃。
到公元前1155年，在亞述人和埃蘭人的不斷侵略下，加西特人失去了對巴比倫的控制。然後美索不達米亞南部壹個說阿卡德語的土著王朝第壹次統治了這個地區。但是巴比倫很弱小，是亞述的附庸。其無能的國王無力阻止西閃米特語系的移民進入和發展巴比倫尼亞——公元前11世紀的移民由埃蘭人和蘇泰人組成，公元前10世紀以迦勒底人為主。公元前11世紀晚期，亞蘭人曾短暫統治過巴比倫。
亞述時期
在整個新亞述帝國，巴比倫壹直處於亞述的統治或直接控制之下。在亞述的西納特拉·赫裏布統治期間，巴比倫經常發生暴亂，由迦勒底人的首領米羅達-巴拉丹領導，並與埃蘭人結盟。巴比倫城被徹底摧毀後，暴動被鎮壓了。公元前689年，它的城墻、廟宇和宮殿被夷為平地，瓦礫被扔進阿拉克圖。阿拉圖是早期巴比倫南部邊界的海。這壹舉動震驚了美索不達米亞的宗教良知。隨後，辛納特拉·赫裏布被自己的兩個兒子謀殺，人們向尼斯洛神祈禱，以彌補這座城市的毀滅。薩爾哈東(Salhadong)，西納特拉·赫裏布(Sinatra Hrib)的亞述繼承者，很快重建了古城，在這裏加冕，每年在這裏居住壹段時間。薩爾哈東死後，巴比倫留下他的長子，亞述的沙瑪什王子，在吳金統治下。沙瑪順·烏金(Shamashun Ukin)在因為巴比倫民族主義而變得狂熱之後，於公元前652年發動了壹場反對他的兄弟和主人阿蘇巴尼的內戰。阿什哈巴德在尼尼微統治這個國家。沙瑪士得到了向亞述投降的民族的幫助，包括兩河流域南部的埃蘭人、迦勒底人、粟特人和生活在兩河流域南部沙漠的阿拉伯人。
巴比倫再次被亞述人圍攻，盟友在饑荒中突然崩潰投降。阿什哈巴德凈化了城市，舉行了和解儀式，但沒有冒險與主(貝爾)握手。壹個名叫坎達拉努的亞述總督被信任來統治這個城市。阿什哈巴德死後，亞述帝國因為壹系列小規模內戰開始瓦解。三個亞述國王，Ashur-etil-ilani，Sin-shumu-lishir和最後壹個Sin-shar-ishkun，相繼統治。但是巴比倫和其他很多近東地區壹樣，最終利用了亞述混亂的狀態，趁機脫離了亞述的統治。然後亞述帝國被民族聯盟推翻，巴比倫人看到了另壹個神復仇的例子。
新巴比倫迦勒底帝國
巴比倫最終在迦勒底國王博納·布雷薩的統治下擺脫了亞述的統治。他與米堤亞人、波斯人、斯基臺亞人和西米裏人的國王基亞克薩雷斯結盟，並在公元前612年至公元前605年間摧毀了亞述帝國。巴比倫因此成為新巴比倫帝國的首都(有時可能被錯誤地稱為迦勒底帝國)。
隨著巴比倫恢復獨立，壹個建築工程的新時代隨之而來。博納·布雷薩的兒子尼布甲尼撒二世(公元前604年-公元前561年)使巴比倫成為古代世界的奇跡之壹。尼布甲尼撒二世下令重建所有的皇家庭院，包括重建七曜塔和建造伊師塔門，這是巴比倫周圍八個門中最宏偉的壹個。柏林的Pergamon博物館有壹個重建版本的Ishtar門。最初的伊師塔大門只留下了地基和散落的磚塊。
尼布甲尼撒還促成了空中花園(古代世界七大奇跡之壹)的建造。傳說他為想家的妻子安美依迪絲建造了這座花園。是否存在有爭議。雖然德國考古學家羅伯特·科爾杜威的挖掘被認為找到了它的地基，但許多歷史學家不同意它的位置，壹些人認為它與亞述首都尼尼微的花園混淆了。
迦勒底人的統治沒有持續多久。不清楚Neriglissar和Labashi-Marduk是迦勒底人還是土著巴比倫人。最後壹個統治者那波尼德斯(公元前556年-公元前539年)和他的兒子伯沙撒，攝政王，是來自哈蘭的亞述人。
波斯占領了巴比倫
公元前539年，新巴比倫帝國在奧比斯之戰中被波斯國王居魯士大帝擊敗。巴比倫著名的城墻真的是刀槍不入，只能從城門或者幼發拉底河進入。幼發拉底河在厚墻下退潮。在河流的流入和流出處配備金屬閘門，以防止有能力潛水和遊泳的入侵者進入閘門。居魯士(或他的將軍)制定了壹個利用幼發拉底河進城的計劃，並命令許多軍隊留在原地等待指示。直到巴比倫國慶日的晚上(壹般認為是但以理書第五章伯沙撒國王的宴會)，居魯士軍隊改變了幼發拉底河上遊的河道，使幼發拉底河的水位下降到人的大腿中間或完全幹涸。士兵在城墻下穿過河流。波斯軍隊占領了城市內部的外圍地區，因此市中心很容易被占領。希羅多德詳細描述了這壹歷史事件。希伯來聖經中也有提及。
後來，居魯士頒布法令，允許囚犯回家，包括猶太人，並允許囚犯在耶路撒冷重建寺廟。
在居魯士和後來波斯國王大流士大帝的統治下，巴比倫成為第九區的首都(南部是巴比倫，北部是亞述)。也是學習和科技進步的中心。在波斯的阿契美尼德時期，巴比倫的天文學和數學藝術獲得了新生和繁榮。巴比倫學者完成了星座圖。這個城市是當時世界上最強大的勢力波斯帝國的行政首都。兩個多世紀以來，它在這壹領域發揮了重要作用。許多重要的考古發現使人們對那個時代有了更好的了解。
早期的波斯國王試圖保持馬杜克的宗教儀式。但在大流士三世時期，苛捐雜稅和頻繁的戰爭導致了巴比倫主要聖地和運河的破敗，也導致了周邊地區的分裂。兵變經常發生。公元前522年(尼布甲尼撒三世)、公元前521年(尼布甲尼撒四世)和公元前482年(貝爾-希馬尼和沙瑪什-埃裏巴)，土著巴比倫國王短暫地重獲獨立。但是這些叛亂相對很快就被鎮壓了。巴比倫的城市和領土被波斯人牢牢統治了兩個世紀，直到公元前331年亞歷山大大帝的到來。
希臘化時期
公元前331年，波斯帝國阿切曼尼王朝的最後壹位國王大流士三世在戈加米拉之戰中被古希臘統治者亞歷山大大帝擊敗。那年10月，巴比倫落入年輕的征服者手中。土著人對這次入侵的描述指出，亞歷山大的統治並沒有擾亂人民。
在亞歷山大的統治下，巴比倫作為壹個學術和貿易中心重新獲得了它的榮耀。但是亞歷山大在公元前323年死於尼布甲尼撒的宮殿，然後他的將軍們——繼承者們瓜分了他的帝國。然後持續了幾十年的戰爭馬上打響了，巴比倫又壹次處於紛爭的中心。
持續的動亂基本上掏空了巴比倫城。壹塊公元前275年的泥板記載著巴比倫的居民被運送到塞琉西亞。這裏正在建造壹座宮殿和壹座以古名埃薩吉拉命名的寺廟。隨著這次驅逐，巴比倫的歷史實際上結束了，盡管壹個多世紀後，人們發現祭祀仍然在它的廟宇中舉行。到公元前141年，帕提亞帝國接管了這壹地區，巴比倫城已經完全被遺棄，無人知曉。
在波斯帝國時期
在帕提亞人和後來的薩珊波斯人的統治下，巴比倫(像亞述壹樣)作為波斯帝國的壹個省度過了九個世紀，直到公元650年。它壹直有自己的文化和人民。這裏的人們說著各種阿拉姆語，壹直以為自己的家鄉是巴比倫。他們的文化產品的例子經常可以在巴比倫的塔木德，諾斯替派的曼陀羅宗教，東方基督教和摩尼教中找到。基督教在第壹和第二世紀來到兩河流域，巴比倫是景教主教的所在地，直到阿拉伯/伊斯蘭征服。
穆斯林征服
7世紀中葉，不斷擴張的穆斯林帝國入侵並移民兩河流域。伊斯蘭化時期隨之而來。巴比倫被同化為壹個省。阿拉姆語和景教雖然今天依然存在(但更多集中在伊朗北部的亞述人中)，但最終被邊緣化。曼德拉主義的情況類似。來自兩河流域的土著民族，說東阿拉姆語的迦勒底天主教和亞述景教成員今天仍然認同巴比倫人/來自兩河流域的人/亞述人。
《聖經》的敘述
創世紀10: 10說:示拿的巴別是烏魯克，阿卡德，卡爾尼的鄰居。
巴比倫貫穿了整部希伯來聖經，包括巴比倫的囚徒。它也在幾個預言中占據顯著位置。在巴比倫失去其政治中心的地位許多世紀後，它在新約的啟示錄中被提及。壹些學者認為天啟文獻用它來指代羅馬帝國。