使用人工合成物質不同：有機大米在生產加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、激素等人工合成物質，不允許使用基因工程技術；普通大米允許有限使用這些物質，並且不禁止使用基因工程技術。
土地轉換期不同：有機大米在土地生產轉型方面有嚴格規定，土地從生產其它食品到生產有機大米需要兩到三年的轉換期，普通大米沒有轉換期的要求。
種植目的不同：有機大米在種植生產的過程中，以過程管理為重對大米的的質量格外重視；而普通大米在種植生產過程中則以產量為主，為了提高普通大米的產量，在種植生長過程中可以使用化肥和農藥等。