民國年間，北洋直系軍閥首領吳佩孚帶兵經高邑，知道這裏是東林三君之壹趙南星的故裏，便訪見趙氏族人趙雲章，贈撥銀兩，重印了南星著述，修整了祠堂。
1947年春，陳毅元帥去阜平參加中央會議過高邑，將祠堂存藏的鐵如意帶去交給董必武，現存中國歷史博物館。
上世紀九十年代，原時任全國政協常委。曾任河北省代省長劉秉彥、原河北副省長顧二熊先後來到高邑參觀南星祠堂，均作了保護好，利用好文化遺產的指示。
各級有關部門都很關心趙南星祠堂的保護管理工作，且從實抓起。1982年，石家莊地區文化局撥專款維修，破堪久年的祠堂又呈原貌。
1993年，高邑縣人民政府提出擴建趙南星紀念館的意見，縣委書記、縣長王三堂作了此舉甚好，應力促的指示，責成副縣長尚增偉總指揮。向省文物局申請專款十萬元，同時捐款四萬余元，向南向西拆遷十八戶，征地九畝余，打好了擴建趙南星紀念館的基礎。所說的擴建趙南星紀念館，其實是高邑的縣博物館，因為趙南星文化具有本縣的地域性文化的特點 ，所以就用了趙南星的名字做紀念館的名字。
中***高邑縣委、縣政府十分重視傳統歷史文化的保護弘揚工作。2007年，由縣委書記崔欣元、縣長王雁南、縣人大主任李連平、縣政協主席陳金鎖親自主持召開了有特約國家文物局副局長張柏、省文物局副局長張立芳、市文物局局長劉正軍和副局長張獻中等出席的趙南星祠堂維修工程研討會，肯定了趙南星祠堂的文物價值，確定了科學管理保護的方案，即由省、市撥來修繕專款三十萬元，遂於2008年5月將其修葺如故。
自2009年以來，為更好的發掘利用歷史文化讓文物為兩個文明建設服務，前任局長李二剛和現任文廣新局局長胡誌喬皆看準文物所具有特殊的社會教育功能，拿主意，定方案，豐富充實趙南星的展示內容，從圖文到實物均做了科學的整理和編制，還將全國著名學者，原全國書協主席啟功先生給題字的匾額懸掛正門，使之形成了有益傳統教育的文化景點。