從生物遺傳學的角度看，非近親繁殖能最大程度保持物種的基因多樣性，最終具有優勢的後代會占據主導，有利於物種的演化；而在近親繁殖中，雖然有利於特有基因的延續，但劣勢基因也不容易被消除，不利於物種的演化。
近親繁殖的缺點
我們知道，人類近親結婚的話，生育的後代有較大可能存在先天性缺陷疾病，所以國家是禁止近親結婚的；其實對於地球上的其他生物，近親繁殖也會存在同樣的問題，比如有研究表明，大山雀近親繁殖的後代，死亡率比非近親繁殖高了7%，家豬近親繁殖的後代體質較弱，生長也比較緩慢。
我們從基因重組的角度很容易解釋其中的原因，地球生物經過上百萬年的演化，每個物種的基因都有壹定的復雜程度，比如人類有2~3萬個基因，狗有2萬個基因，水稻有近4萬個基因，小麥有10多萬個基因。
以人類來說，就是這2萬多個基因，精確描述了人類?畫像?，每個基因控制壹個或者多個性狀，比如決定妳是單眼皮還是雙眼皮、左撇子還是右撇子、黃皮膚還是白皮膚、以及血型等等性狀。
但其中壹些基因對人類來說是不利的，比如會造成紅綠色盲癥、鐮刀型貧血癥、血友病等等，在這些遺傳性疾病當中，絕大部分屬於隱性遺傳，有壹個表達為正常的顯性基因壓制著，如果是近親結婚，這些隱性基因被表達的概率大大增加，導致後代存在先天性缺陷疾病。
如果是非近親結婚，由於人類基因的多樣性，兩個非近親的人同時攜帶壹種隱性遺傳病基因的概率大大降低，有效避免了遺傳病的表達，而且基因相差較大的兩個個體，後代基因重組的多樣性大大增加，有利於該物種的進化，種群對環境的適應能力也大大增強。
近親繁殖的優點
當然，近親繁殖也是存在優點的，能最大程度保留自身的特有基因，比如壹些數量較少但是外型好看的寵物（狗、貓、豬等等），如果和其他品種的寵物進行雜交，後代就會失去原有寵物的外形特性，有時候只能進行近親繁殖，來保持後代的壹致性。
對於壹個物種而言，近親繁殖的特點是優者越優，劣者更劣，總的來說是缺點大於優點，尤其是對動物來說特別明顯，所以絕大部分高等動物最終都選擇了兩性繁殖來避免近親生育。
生物實例
在以前，歐洲的皇室家族為了保持自身家族的純正，皇室之間的通婚非常頻繁，導致很多因為近親結婚遺留下來的家族遺傳病，血友病就是其壹，患有血友病的人，表現為血液中的凝血酶不足，壹旦出現外傷就會流血不止，甚至有時候壹個小傷口就會導致失血過多。
大名鼎鼎的維多利亞女王就是血友病的攜帶者，而且維多利亞女王還是近親結婚（嫁給了比她小三個月的表弟），導致她的三個子女也患有血友病，最終血友病在歐洲皇室中蔓延開來，很多皇室家族成員都死於血友病。
科莫多巨蜥生活在印尼以及南非的少數島嶼上，數量只有3000多只，由於地理隔離的原因，科莫多巨蜥經常需要進行近親繁殖。
甚至在極端的情況下，雌性科莫多巨蜥的卵細胞可以發生分化，進而代替精細胞，與卵細胞結合為受精卵，實現孤雌生殖，孤雌生殖相對於近親繁殖來說多樣性降到了最低，但相對於自身物種滅絕的危險來說，這也是不得以的辦法。