明末清初，這裏是鄭成功屯兵的山寨，叫嘉與寨，遺址尚存。後人還在半山巨石上分別刻“延平郡王園”五個摩崖大字。現辟為公園，四周遍種花木，石磴小路環繞峨巖峭壁和林陰之中。 站立西坡看鼓浪嶼，就象壹橫幅豎山水畫，是難得的觀賞角度。山頂嘉與寨旁建有嘉爾園，它是座仿古城堡建築，內有池溏水榭、亭臺樓閣、花圃草坪和天然石景，還有工藝精品“睡童”石雕。
原在鴻山與虎頭山夾峙之間的山坡上，殿堂畢具，雄偉莊嚴，是廈門本島以寺見稱的第二座寺院。寺後有古道通向南普陀寺以東海濱地區。兩山夾峙之間，四面通風，每當雨季，橫風吹雨，雨絲交穿如織，故有“鴻山織雨”的奇觀，為廈門八大景之壹。寺毀於清初“遷界”，乾隆間（1736—1795）復建。清季於兩山之間辟建“鎮南關”，降坡開辟通衢大道，“鴻山織雨”奇觀不復再見。 清光緒十五年（1889），漳州南山寺喜參和尚應邀來寺住持，重修鴻山寺。後來喜參和尚又轉往重興南普陀寺。民國初年，蔣以德居士獨捐巨資重修殿堂樓苑。民國十三年（1924），轉逢和尚獻南普陀寺為十方叢林時，鴻山寺隨之收為南普陀寺的下院。
20世紀20年代中，廈門佛教界興起佛化運動，有佛教青年居士蔡吉堂、葉青眼等人，發起組織“閩南佛化新青年會”，以鴻山寺地點適中，即以此為會址，建立“佛教宏誓會”，舉辦定期念佛會和講演會。時鴻山寺住持為臺灣青年僧人普松，他不僅全力支持，而且積極主動參加各項佛化活動。後來普松返回臺灣，住持由妙抉繼任。民國二十七年廈門淪陷，鴻山寺住眾大都離散內地，壹度廢圮，抗戰勝利後，轉由菜姑住持。